AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_fusions005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246481 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 E07_orf140 300 Mycoplasma pneumoniae, E07_orf140 Protein #1 putative 276 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #2 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #3 MG441 300 Mycoplasma pneumoniae, MG441 homolog, from M. genitalium #4 putative 110 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG439 homolog, from M. genitalium #5 putative 22 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG440 homolog, from M. genitalium #6 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein #7 P01_orf140 29 Mycoplasma pneumoniae, P01_orf140 Protein Motif 1 ACAAAACTTGCAAAAAGTTTTTGAGTATTTT 1 113 1 TTGTTTAGTTCAAAAAGCTTTCAATTTTAAC 3 265 1 GATTCTTAATAAAAAAGCTTTCATTTTTCAA 3 23 0 AAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCAT 6 82 1 GTTCATCCTGTAAAAAGTTTTAAATCTGATC 0 43 1 GAACCATTATCTAAAAGTTTTTTGGTTATTT 2 201 0 TAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACGAAGTTAA 0 158 1 ATTCAAAAAATAAAAGATTTGCATTTTGTT 6 9 1 GTAGAGTCCACAAAAAGTGTTCATCCTGTAA 0 25 1 TTCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAA 1 233 1 AAATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTAAAGAAA 0 64 1 TAAGCAACAATTAAAAGTTTTAAAATTATGG 3 190 1 TCCTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAA 6 249 1 AATAAATCAACTAAAAAATTTACTTTTTTAA 4 87 1 AACAATGAGACTAGAAGTTTTTCCTAAGGAT 2 169 1 GCTTCGAAATAAGGTTTAAAAA 5 5 0 TGGTTTGTTTTTAAATGGTTTGTATGTGTAA 2 64 0 ******* *** MAP Score: 28.3581 Motif 2 AAACAACAGATAATAACTTCTTTAAAAAAGTCTTACG 0 145 1 TTTCAATTAATTTCCTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCA 1 222 1 TTTCAATTAGTTTCCTCTTATTCAAAAGGATTTTCCA 6 237 1 AATTTCTGTTTAAACGTTATTTAAAAAATGAACTTTT 1 187 0 ACTTCTAGTCTCATTGTTGTTTAAAAATCAATGGAAT 2 150 0 AAATAATTTTTGGTTGAAAAATGAAAGCTT 3 3 1 AATTTCGGGTTTAACATTAGTTAAAAAATGAAATTTC 6 202 0 GTAAAAAGTTTTAAATCTGATCTAAAAAGTCTTCTTA 0 52 1 AACAAAGATAGCTTTTCTAATTTAAAAAGTTCATTTT 1 163 1 TGGGTTTTGGGATAAGCTATTTCAAAATCAAGATCCG 0 260 0 TTTGTTGGTATTTTTATTCATCTAAAAAATACTCAAA 1 132 0 TTAAACAAGATATTGATTTATCTAAAACAATCAAAAC 0 98 1 AAGCTGTTGGGTTTGTTTAGTTCAAAAAGCTTTCAAT 3 253 1 TTTTATTCATTTAATGCTTTCTAAAAACTTTTTTTTG 6 89 0 TATTCTAAACTGACTTTTAACTAAAAAAGTAGATCGA 3 65 0 AATGCATGATTTTGCTTTTTTGGAAAAGCCTTTTTAA 1 242 0 GCAATACCTATTTCACCTTCTTCAAAGCTCTGTTTTC 0 224 0 ATATCTTGTTTAATTGTTTCTTTAAGAAGACTTTTTA 0 74 0 TCAACTAAAAAATTTACTTTTTTAAAA 4 93 1 TTAAGTTAACTGATTCTTAATAAAAAAGCTTTCATTT 3 28 0 CTCGTCTAATTGACCATAATTTTAAAACTTTTAATTG 3 197 0 GTAGATAAAATTTACTTTGATTACAAAGTAAATTTAC 2 245 1 * * ** ** **** MAP Score: 27.0813 Motif 3 TCATCCTGTAAAAAGTTTTAAATCTGATCTAAA 0 45 1 CTTCTTAAAGAAACAATTAAACAAGATATTGAT 0 82 1 TGATTTATCTAAAACAATCAAAACTTCAGAAGG 0 111 1 TGAGTAGAGAAAAAGTGCTAACAAAACTTGCAA 1 93 1 AGTGCTAACAAAACTTGCAAAAAGTTTTTGAGT 1 106 1 ATTCATCTAAAAAATACTCAAAAACTTTTTGCA 1 121 0 TTAGATGAATAAAAATACCAACAAAGATAGCTT 1 144 1 TAAGAAGAGGAAATTAATTGAAATTTCTGTTTA 1 212 0 AGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATCATGCATTAT 1 248 1 TTACACATACAAACCATTTAAAAACAAACCAAT 2 64 1 CCTAAGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTAGAT 2 191 1 TAAGATGGCAAAATTAACTAAATTGGCATTAAT 3 116 0 AGCAACAATTAAAAGTTTTAAAATTATGGTCAA 3 192 1 AAGTATTTTTAAACCATCTGACTAATCAATAAA 4 60 1 ACTAATCAATAAATCAACTAAAAAATTTACTTT 4 80 1 AAGTGCAAACAAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTA 6 72 1 AGAAAGCATTAAATGAATAAAAATACCAACAAT 6 104 1 GTTGTTATATAAATAATTAGAAATTTCATTTTT 6 183 1 TTCGGGTTTAACATTAGTTAAAAAATGAAATTT 6 203 0 GAATAAGAGGAAACTAATTGAAATTTCGGGTTT 6 227 0 GATTTTCCAAAAAAAAGCAAAATCAAAGAGTTA 6 265 1 *** * ****** MAP Score: 23.8399 Motif 4 CAATATCTTGTTTAATTGTTTCTTTAAGAAG 0 82 0 CTTCTGAAGTTTTGATTGTTTTAGATAAATC 0 112 0 AATTTAAAAAGTTCATTTTTTAAATAACGTT 1 181 1 AATGCATGATTTTGCTTTTTTGGAAAAGCCT 1 248 0 AAACTTCTAGTCTCATTGTTGTTTAAAAATC 2 158 0 ATAAAAAAGCTTTCATTTTTCAACCAAAAAT 3 15 0 ACTTAATCGATCTACTTTTTTAGTTAAAAGT 3 59 1 TTTTAAAACTTTTAATTGTTGCTTATTCCGC 3 184 0 TCTCCTCTTATCTCATTGTTTGTAAACAAGT 4 33 1 AACTAAAAAATTTACTTTTTTAAAA 4 95 1 AATGCAAATCTTTTATTTTTTGAAT 6 4 0 AAATGAAATTTCTAATTATTTATATAACAAC 6 183 0 TAATTAGAAATTTCATTTTTTAACTAATGTT 6 196 1 ACTCTTTGATTTTGCTTTTTTTTGGAAAATC 6 265 0 AAAGAGTTATTTTTACTGTTT 6 289 1 *** ******* MAP Score: 23.2831 Motif 5 TCTTAAAGAAACAATTAAACAAGATATTGATT 0 84 1 AGATATTGATTTATCTAAAACAATCAAAACTT 0 105 1 TTCGTAAGACTTTTTTAAAGAAGTTATTATCT 0 152 0 TGGTAATTTAAGTAAATAAAGTTAG 1 3 1 CACTTGTCACCCTTCTAACTAATGAATTGCAT 1 62 1 GTAGAGAAAAAGTGCTAACAAAACTTGCAAAA 1 96 1 GTATTTTTATTCATCTAAAAAATACTCAAAAA 1 130 0 GATGAATAAAAATACCAACAAAGATAGCTTTT 1 147 1 TGTTTAAACGTTATTTAAAAAATGAACTTTTT 1 186 0 TTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAAATCAT 1 242 1 TATTCCATTGATTTTTAAACAACAATGAGACT 2 149 1 TTCCTAAGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTA 2 189 1 AAAGCTTTCATTTTTCAACCAAAAATTATTT 3 9 0 TTAACTGATTCTTAATAAAAAAGCTTTCATTT 3 28 0 AAACTGACTTTTAACTAAAAAAGTAGATCGAT 3 64 0 GTAAGATGGCAAAATTAACTAAATTGGCATTA 3 118 0 TTAACTAGCTCGATTCAAATAAGTAAGATGGC 3 140 0 GAAAGCTTTTTGAACTAAACAAACCCAACAGC 3 255 0 AAAAGCTTTCAATTTTAACCAACCTTCTTCTT 3 277 1 CTCATACTAAATAAGAGGATAAAT 4 2 1 GACTAATCAATAAATCAACTAAAAAATTTACT 4 79 1 AGAAATTTCATTTTTTAACTAATGTTAAACCC 6 201 1 TTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCAAAATC 6 257 1 * ******* ** MAP Score: 10.0475 Motif 6 TTAAAGAAACAATTAAACAAGATATTGATTTATCTA 0 86 1 TAAAAATACCAACAAAGATAGCTTTTCTAATTTAAA 1 153 1 AACGTTATTTAAAAAATGAACTTTTTAAATTAGAAA 1 176 0 AAAAAATAATGCATGATTTTGCTTTTTTG 1 257 0 AGGATGAAATAACCAAAAAACTTTTAGATAATGGTT 2 195 1 TTTACTTTGTAATCAAAGTAAATTTTATCTACCACT 2 241 0 TTTTTGGTTGAAAAATGAAAGCTTTTTTATTAAGAA 3 16 1 CGGAATAAGCAACAATTAAAAGTTTTAAAATTATGG 3 185 1 AAGGTTGGTTAAAATTGAAAGCTTTTTGAACTAAAC 3 267 0 CTAATCAATAAATCAACTAAAAAATTTACTTTTTTA 4 81 1 ATTCAAAAAATAAAAGATTTGCATTTTGTT 6 4 1 AGTTTTTAGAAAGCATTAAATGAATAAAAATACCAA 6 97 1 GTTGTTATATAAATAATTAGAAATTTCATTTTTTAA 6 183 1 AAAAAAGCAAAATCAAAGAGTTATTTTTACTGTTT 6 275 1 ** ** ** **** MAP Score: 4.55137 Motif 7 TTCATCCTGTAAAAAGTTTTAAATCTGATCTAA 0 44 1 CAAAACTTGCAAAAAGTTTTTGAGTATTTTTTA 1 114 1 CTCTTCTTAAAAAGGCTTTTCCAAAAAAGCAAA 1 236 1 GAAATAACCAAAAAACTTTTAGATAATGGTTCT 2 200 1 AAATAATTTTTGGTTGAAAAATGA 3 1 1 GTTGAAAAATGAAAGCTTTTTTATTAAGAATCA 3 22 1 TGTTTAGTTCAAAAAGCTTTCAATTTTAACCAA 3 266 1 AAAATTGCAAAAAAAAGTTTTTAGAAAGCATTA 6 82 1 CTCTTATTCAAAAGGATTTTCCAAAAAAAAGCA 6 251 1 ***** **** * MAP Score: 1.84214