AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246502
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	putative	300	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG338 homolog, from M. genitalium
#1	MG307	300	Mycoplasma pneumoniae, MG307 homolog, from M. genitalium
#2	putative	155	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium
#3	MG307	55	Mycoplasma pneumoniae, MG307 homolog, from M. genitalium
#4	MG307	217	Mycoplasma pneumoniae, MG307 homolog, from M. genitalium

Motif 1
AACGTTTACAAAATATAAAAGTTACGAAAAAA	0	32	1
AGTTACGAAAAAATGAAACAGTTGTATCTTGA	0	51	1
GAACTCACAAAATTGTAAAAGCGGTTTGAAGT	0	176	1
TAGCAGAACAAATTAAAAAGGCAGCGGAAATT	1	80	1
AAGGCAGCGGAAATTAAAACGCAAACCCCACA	1	97	1
TAAGGTTTTTAAATTTTAAAGCACCTCGATAT	2	78	0
TAAAAACCTTAAGCCAAAAAGTAAGCTTGCTT	2	99	1
TTGTTCTAAAAAAGAAAAAAGCAAGCTTACTT	2	117	0
CATTTAACGGAAACGAAAAGGCATATTTGGTG	4	28	0
ATTTTGATCAAAAGGATAAAGCAAACAAAGCT	4	126	1
GCTTTAACTGAAGCCTTAAAGCCTTACAAGGA	4	155	1
          ***  *******
MAP Score: 11.1035

Motif 2
AATGTTTTAATTGGGCAAAAGAACTCACAAAATTGTAAAAG	0	156	1
AGATGACATCTTTGCCACAAAAGTGGAACAAAAAACTAATC	1	30	1
ATCTAGGCAAGTTAGCAGAACAAATTAAAAAGGCAGCGGAA	1	68	1
GGCACTGTTGTTTTGCGAAATAAATCGCAAACTCAACAAAA	1	136	1
GGTTCAGTGAGTCTTCATAACGGTACCTTAATTTCTTTAAA	1	244	1
CCTAACAACTTTTTGCAAAAAAAGTTTAGAAATAATTTTTC	2	33	1
GTGCCGTTTGTTCTAAAAAAGAAAAAAGCAAGCTTACTTTT	2	115	0
TTAGGTCAAATTTATAACAAAGATAAGTTAAAGGATAAACT	3	13	1
       AGTTTTCAAACAAGGCGGCACCAAATATGCCTTT	4	3	1
GTTCGCGGTGTTTATCAAATCAACCTTTCAAGGTTTCATTT	4	55	0
AAGGCAAATTTTGATCAAAAGGATAAAGCAAACAAAGCTTT	4	119	1
          **   ** ** **      **
MAP Score: 9.1521

Motif 3
AATTTTGTGAGTTCTTTTGCCCAATTAAAACAT	0	157	0
GCAAACTATTATTCTTTAACGGACACACAATTT	0	277	1
CCCATTGCCCAAGCTTTAGATGACATCTTTGCC	1	13	1
CTTAAAACCAATCTTTTAGCTCA          	2	0	0
TAAGCCTAACAACTTTTTGCAAAAAAAGTTTAG	2	29	1
AAGCACCTCGATATTTTTGAAAAATTATTTCTA	2	59	0
TAAGGTTTTTAAATTTTAAAGCACCTCGATATT	2	77	0
AAAATTTAAAAACCTTAAGCCAAAAAGTAAGCT	2	93	1
GAGTAAGTTTATCCTTTAACTTATCTTTGTTAT	3	26	0
TGTTTGCTTTATCCTTTTGATCAAAATTTGCCT	4	120	0
AAAGCAAACAAAGCTTTAACTGAAGCCTTAAAG	4	143	1
          ** *******  *
MAP Score: 8.0612

Motif 4
AGATACAACTGTTTCATTTTTTCGTAACTTT	0	49	0
TGTAAAAGCGGTTTGAAGTTTTTCACCTTCA	0	189	1
AAGAATAATAGTTTGCTAATTATCTCATGAA	0	262	0
TTAGTTTTTTGTTCCACTTTTGTGGCAAAGA	1	38	0
TTTAATTTCCGCTGCCTTTTTAATTTGTTCT	1	84	0
TGCTTGTGGGGTTTGCGTTTTAATTTCCGCT	1	102	0
CTTTTGTTGAGTTTGCGATTTATTTCGCAAA	1	147	0
CTGGGTGCTGACTTGCTGTTTAAAGGTAGGA	1	207	0
TTACTTTTTGGCTTAAGGTTTTTAAATTTTA	2	92	0
AAAAAAGCAAGCTTACTTTTTGGCTTAAGGT	2	104	0
GCTAAGATTAGTTCGCGGTGTTTATCAAATC	4	75	0
TTAAAGCTTTGTTTGCTTTATCCTTTTGATC	4	131	0
          ****** ****
MAP Score: 4.59193

Motif 5
ATTGCTATGGTATATTTAAGCGGGACTTGGG	0	108	0
TGAAGGTGAAAAACTTCAAACCGCTTTTACA	0	189	0
AGCAAACTATTATTCTTTAACGGACACACAA	0	276	1
CTGGTATTCCTACCTTTAAACAGCAAGTCAG	1	200	1
GGTACCTTAATTTCTTTAAACACATCTACAG	1	265	1
GCTTAAAACCAATCTTTTAGCTCA       	2	3	0
AAAAGTTGTTAGGCTTAAAACCAATCTTTTA	2	15	0
AAGGTTTTTAAATTTTAAAGCACCTCGATAT	2	78	0
TAAAATTTAAAAACCTTAAGCCAAAAAGTAA	2	92	1
GGTTTAGGTCAAATTTATAACAAAGATAAGT	3	10	1
GGAGTAAGTTTATCCTTTAACTTATCTTTGT	3	29	0
          AGTTTTCAAACAAGGCGGCAC	4	0	1
TAAAGCAAACAAAGCTTTAACTGAAGCCTTA	4	142	1
CTTTAACTGAAGCCTTAAAGCCTTACAAGGA	4	156	1
          ** ********
MAP Score: 3.52253

Motif 6
TGATAAGAGGAACGTTTACAAAATATAAAAGTTAC	0	22	1
ACAAAATATAAAAGTTACGAAAAAATGAAACAGTT	0	39	1
TTTAGATGACATCTTTGCCACAAAAGTGGAACAAA	1	27	1
TAAGCCTAACAACTTTTTGCAAAAAAAGTTTAGAA	2	29	1
ATATTTTTGAAAAATTATTTCTAAACTTTTTTTGC	2	47	0
AAAATTTAAAAACCTTAAGCCAAAAAGTAAGCTTG	2	93	1
GGTTTAGGTCAAATTTATAACAAAGATAAGTTAAA	3	10	1
TGGTAAAGGCAAATTTTGATCAAAAGGATAAAGCA	4	114	1
          *** **    *****
MAP Score: 2.88826