AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246538
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pmd1	300	Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe
#1	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#2	cysA	67	Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp
#3	MG412	241	Mycoplasma pneumoniae, MG412 homolog, from M. genitalium
#4	cbiO	157	Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium
#5	oppB	275	Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis
#6	rpsJ	93	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S10; similar to Swiss-Prot Accession Number P38518, from T. maritima
#7	VXpSPT7_orf112	246	Mycoplasma pneumoniae, VXpSPT7_orf112 Protein

Motif 1
AAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT	1	42	1
AGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTA	1	68	1
AAGTGGTATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTG	1	140	0
ATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT	1	234	1
ATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCT	3	88	1
AAGCAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGG	3	110	1
TAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATTGGCAA	3	123	1
AAGGAAACAATTGGCAAAGAATAAACGCCAGAA	3	139	1
GTGCTTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCTG	3	167	0
AATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA    	3	222	1
TTTCGAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCT	5	207	0
ACCCATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACA	7	64	0
TCAATGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAA	7	162	1
GCAAACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGT	7	198	1
          * ** *** ****
MAP Score: 15.9596

Motif 2
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAA	1	4	1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTA	1	24	1
TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTT	1	49	1
TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAAT	1	252	1
ACACTTTCGAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAA	5	210	0
AACTAGTCATATAAGATTAAGTTAGGCGTTT   	0	7	0
AATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATGGTT	4	115	0
TCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTA	0	238	1
CAAAAAAACGATACTAGTAAGTAC          	5	0	0
TTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTC	1	65	1
TGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAAGCGGC	7	166	1
          ****** ***   *
MAP Score: 10.9035

Motif 3
         AAACGCCTAACTTAATCTTATATGACTAG	0	1	1
     TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTA	1	5	1
ATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTT	1	26	0
TTCTTTAACATAATATTATCTTAATATTATTTACCTAC	1	51	0
GGTATTAAGATGCTACCAACGTGGTATTAAAATGTGCC	1	188	0
CCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAGATGCTAC	1	210	0
AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAG	1	253	1
  ACTAGTGCTAAAACTAACCAGATGTTGACCTGATCT	3	8	1
TTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCTGGCGTTTATT	3	158	0
     GTACTTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTT	5	5	1
GAATGTTTTGAACCACTAACAATGTTTTTAGCGACTAA	5	36	1
CAATGTTTTTAGCGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAG	5	55	1
AGTTTCTTTTAACAATTAAATGGGTCTTTTAAAGTGAC	7	72	1
          *** * ** *    * **
MAP Score: 7.00186

Motif 4
CCTAACTTAATCTTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATCTTTAA	0	15	1
AACAAATTTGTTTTCCATTTTCCTATATACCACTTTCTTTTTCG	1	138	1
GAGAGGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACCAATGGCCGTGGCA	3	78	0
AACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGTAA        	4	2	0
AAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTAATAATGGTT	4	46	1
TTTATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTA	4	88	1
    TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATT	4	127	0
AGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAATGTTT	5	19	1
TATTCGAAAGTGTTCAAGTATATTCTTAAACGTTTGGGTTTGGC	5	231	1
AGCGTAGTCATTTTGACCATCAAATTTCACCCTTAAGAACTGAG	6	57	1
GCTTTTTTGCTGTTAGTAAGTTTCTTTTAACAATTAAATGGGTC	7	54	1
ATTCCTTATCTTTTTCCAAACTAGTTTGCCGCTTGCAGGCCTTA	7	183	0
          * **      *   **  ***  *
MAP Score: 6.9396

Motif 5
AGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTAATAATG	4	42	1
TAGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGGTTACATCAAATCTTTCA	5	123	1
CAAGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTTTTTGCTGTTAGTAAG	7	29	1
GCGGGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATGATTATG	7	129	1
ATCGACCTCACCCTTATCAGGGGTGTGCTCTAACCAACTGAGCTA	0	165	1
TTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAAT	5	14	1
TTAAAAACAACGATTTTCTGGCGTTTATTCTTTGCCAATTGTTTC	3	142	0
GTAGTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTATTGTGTCACTTTAAAAG	7	97	0
CTTTGCTAATTTCTTTTTACGAGAGGCTGCTTTTCTTTTAATCAT	3	97	0
TTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGTAA      	4	4	0
          * *****     *  *  *     *
MAP Score: 4.75759

Motif 6
AGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTA	0	261	1
GAGGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACCAATGG	3	86	0
AGAAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCACAA	3	168	1
   TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTTTAATTAA	3	220	0
TAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTG	4	45	1
GTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATT	4	97	1
TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA	4	133	0
TTTTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAATGTTT	5	29	1
GGTTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGT	5	208	1
TGTTCAAGTATATTCTTAAACGTTTGGGTTTGGC	5	241	1
GGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAA	7	132	1
          * ******* *  *
MAP Score: 3.54542

Motif 7
TAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT      	0	277	1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTA	1	4	1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAA	1	24	1
TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGA	1	49	1
TTCTCTATACTATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTAAA	1	94	1
TTCCGGTATTATTTACCGACGAAATTAATACCATCAGGG	1	224	0
TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAG	1	252	1
CGTAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATTGGCAAAGAA	3	121	1
AAAACATTCTACAAAAAAACGATACTAGTAAGTAC    	5	6	0
GGTTACCTGAAAGATTTGATGTAACCAGTCCAACTAAAA	5	136	0
TAAGATCGCCAAAAAGCGGGGTTACTACTTTTTTGAAGT	7	114	1
TTTAATTTCAATGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCA	7	155	1
ACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTCAGTTCAATT	7	202	1
          *  **   * * ** ** *
MAP Score: 3.11795

Motif 8
AGCTACATCCCCATTATTGGTGGAAGTAAATGG	0	123	1
ACCAACTGAGCTATACTTCCAGGCAAAATCTTC	0	197	1
TGATCTTTATCAGCGATTGCTGGAGTGTTAGCT	3	40	1
TAGTTAAAAACAACGATTTTCTGGCGTTTATTC	3	157	0
CGTCTATAAACCATTATTACAGGTCAAATAAGA	4	65	0
CTGGTTACATCAAATCTTTCAGGTAACCAGAAT	5	147	1
GTCAAAATGACTACGCTTTTCGGTGTATCCACT	6	41	0
      ATCTCAGTTCTTAAGGGTGAAATTTGA	6	76	0
AAACAAGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTT	7	26	1
AAAGTAGTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTATT	7	112	0
TGTTTAATTTCAATGATTATGGGAAAATAATAA	7	153	1
          ********   **
MAP Score: 3.09309

Motif 9
TAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT	1	41	1
ATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTATAC	1	70	1
TATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT	1	233	1
TTAATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA   	3	220	1
TACTGTTGCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGT	4	11	1
AATTGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAAGAC	4	97	0
AACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTCTACAAAAA	5	28	0
CAGCATTTTAGTCGCTAAAAACATTGTTAGTGGT	5	47	0
GTCTTTTAAAGTGACACAATAAGATCGCCAAAAA	7	95	1
TTCAATGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAA	7	161	1
          ** * * ***** *
MAP Score: 2.62089

Motif 10
TAAATTAATATAATTATGAAGCGAACCTGTACGA	0	228	0
TTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTAGTTT	0	242	1
TAGTATTTATTTAGTATTATGCTA          	1	0	0
ACAAATTTGTTTTCCATTTTCCTATATACCACTT	1	139	1
CAACGTGGTATTAAAATGTGCCCAACCGCGAAAA	1	176	0
TATTATTCCGGTATTATTTACCGACGAAATTAAT	1	234	0
TTTCTGGCGTTTATTCTTTGCCAATTGTTTCCTT	3	139	0
TTTAACCAACTTTTAATTAAGCAAGTTGCATTTC	3	206	0
TAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA        	3	225	1
ACCAAAGCCTTAAGATTGTAGCAAATAA      	6	4	0
CTTGCAGGCCTTATTATTTTCCCATAATCATTGA	7	162	0
GACTAATTCCTTATCTTTTTCCAAACTAGTTTGC	7	198	0
          ***  **** ** *
MAP Score: 1.55396

Motif 11
TTAATCTTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATC	0	21	1
GCCAGTTCAATTAAACACTTAAAGAATTATAAA	2	14	0
CGGCCATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAG	3	83	1
ATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCACAACTAA	3	173	1
ATAAACCATTATTACAGGTCAAATAAGACATAA	4	60	0
TAGTCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACT	4	130	1
AAATTTAAAAATAAAAACTTAAA          	4	144	1
GTAAGTTTCTTTTAACAATTAAATGGGTCTTTT	7	69	1
          ** ** * *****
MAP Score: 0.936103

Motif 12
CTATATAGTATAGAGAAACTTTTTCTTTAACATAATATT	1	72	0
ATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACT	1	127	0
GAATAAACGCCAGAAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAA	3	157	1
AAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTA	4	31	1
CAGATGGCTACAGGGAAACGCGATTTATAATCGGTTTCC	5	94	0
GCTGAGGGACCTGAGAACCAGGTTCCTTTTTCTTTTTTA	5	188	1
  CGCTAACACTGCCAAACCCAAACGTTTAAGAATATAC	5	248	0
AGTGGATACACCGAAAAGCGTAGTCATTTTGACCATCAA	6	41	1
          * *  ** *    ** ***
MAP Score: 0.0493628