AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_fusions007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246570 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pmd1 300 Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe #1 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #2 cysA 67 Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp #3 hsdS 300 Mycoplasma pneumoniae, restriction-modification enzyme subunit S1B; similar to GenBank Accession Number L25415_6, from M. pulmonis #4 MG413 85 Mycoplasma pneumoniae, MG413 homolog, from M. genitalium #5 MG414 114 Mycoplasma pneumoniae, MG414 homolog, from M. genitalium #6 MG412 241 Mycoplasma pneumoniae, MG412 homolog, from M. genitalium #7 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium #8 dnaK 55 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae #9 cbiO 157 Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium #10 oppB 275 Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis #11 rpsJ 93 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S10; similar to Swiss-Prot Accession Number P38518, from T. maritima #12 VXpSPT7_orf112 246 Mycoplasma pneumoniae, VXpSPT7_orf112 Protein #13 putative 121 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG149 homolog, from M. genitalium #14 MG148 153 Mycoplasma pneumoniae, MG148 homolog, from M. genitalium #15 hlyC 25 Mycoplasma pneumoniae, hemolysin (hlyC) homolog protein; similar to GenBank Accession Number G64060, from H. influenzae #16 infB 280 Mycoplasma pneumoniae, protein synthesis initiation factor 2; similar to Swiss-Prot Accession Number P04766, from B. stearothermophilus Motif 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAGTT 5 3 1 ATTTAAAAAGCTTTAAAGCACTAATTTTCTAAAAAT 4 12 1 TAGTAAGTTTCTTTTAACAATTAAATGGGTCTTTTA 12 67 1 TTTCCCTTTCCTTTAAACAAGCAATAATGTGATCTA 16 251 0 TTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAATGTTTTTAG 10 31 1 AAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCACAACTAA 6 170 1 TAGAGGCTTATTTTTAAAAATTCAAAATAAGCAAAT 13 67 1 TCCGCTCCAGTTTTAAAGCAGCTACACTTAAATAAT 16 158 0 TACATCAAATCTTTCAGGTAACCAGAATATTAGCAT 10 152 1 ACTAACAATGTTTTTAGCGACTAAAATGCTGTTTGA 10 50 1 AGCGGAAAAACTTTAAAGCACTGTTACAAAAACGCT 16 188 1 TAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAA 7 242 1 ATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTT 9 128 1 TCAATTCCCTTTTTGAGCAATTTAATAGATGAAAAA 5 77 1 CAATCAATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTT 7 84 1 GGTTCTTTTAAGTAGTCTTTTTAGGGTAGA 13 4 1 ATCGTTAGCACTTTTAGCGTTTGAGTG 8 1 0 TTTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTGGCCT 2 13 1 TTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTTAAAAT 9 112 1 GGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACCAATGGCCGT 6 82 0 TGAACTAAAGTTTTTAACTTGCCAATTTTTAGAAAA 4 36 0 TTAAATGGGTCTTTTAAAGTGACACAATAAGATCGC 12 87 1 TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTTTAATTAAGCAA 6 216 0 GTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATGAT 12 134 1 TCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAA 7 224 1 GACGCCAATTTTTTAAAAGTTTTTATTTATCCGTTT 5 43 0 **** ** * * * * MAP Score: 18.4068 Motif 2 TAAGACTAATTGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAA 9 100 0 TATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAAT 7 232 1 ACTTGCTTAATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 6 214 1 TGTAGCTGCTTTAAAACTGGAGCGGAAAAACTTTAAAG 16 168 1 TCAATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAAAT 7 87 1 TTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 9 139 1 CAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATT 6 113 1 TTTGAATTTTTAAAAATAAGCCTCTAATTTAAAACCGT 13 55 0 TAAAAACTTTTAAAAAATTGGCGTCAATTCCCTTTTTG 5 54 1 TTTTAAAAATTCAAAATAAGCAAATATAATTAAACCGT 13 78 1 AGTTTTTACCTAAAAATAAGTATTGATAAGTAAGAAAA 7 212 0 AGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTT 9 20 1 CTTTTTAGGGTAGAAATTAGTTTCCAAAAACGGTTTTA 13 26 1 ACTAATTTTCTAAAAATTGGCAAGTTAAAAACTTTAGT 4 31 1 TGTTAGTGGTTCAAAACATTCTACAAAAAAACGATACT 10 19 0 ATTTCTACCCTAAAAAGACTACTTAAAAGAACC 13 5 0 GTGCATAAGCTAAAAACTTAGGATTAATTTCATCACTT 3 219 0 CATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACAGCAAAAAA 12 56 0 GATAAGCGGATTAAAACAGGAATAGATTTACTTAAATA 7 20 1 AAAGCAGTTGTCAAAACGGATAAATAAAAACTTTTAAA 5 30 1 CAAACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTCAGTTC 12 199 1 * **** * * *** MAP Score: 17.6276 Motif 3 ATTTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTT 0 257 1 TAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 289 1 TTTTCCTATATACCACTTTCTTTTTCGCGGT 1 155 1 GAGCCCAAGCTGGTAGTGTTTTTTATCGTAA 3 143 1 AATTTAACGCAACCAATGTTTGTGGAATTCT 3 179 1 GTTTTTAACTTGCCAATTTTTAGAAAATTAG 4 32 0 AGGGAATTGACGCCAATTTTTTAAAAGTTTT 5 56 0 TTGTTTCCTTTGCTAATTTCTTTTTACGAGA 6 118 0 TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTT 6 227 0 GTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATC 7 195 1 GCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAAAAT 7 233 0 AGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTT 9 93 1 GCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCT 9 105 1 AAAGCGGGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTT 12 126 1 CGTTTTTGGAAACTAATTTCTACCCTAAAAA 13 27 0 AAAACAGCTAAACCATTGTTTCACCTGGCAA 14 111 1 GCAAAGTTGGCGCCAATGTTTAGTTACCAGA 16 36 1 ACCCCCGACCTGGTAGTGTTTGCGCTAAATC 16 127 0 ***** ***** MAP Score: 16.953 Motif 4 AAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAG 0 266 1 TCTTACCGATTTCACCGTTATTAACTGTTGCT 3 63 0 TAAAAAGCTTTAAAGCACTAATTTTCTAAAAA 4 15 1 TCGGTACTTTTTAACCAACTTTTAATTAAGCA 6 217 0 TTGCTTTAACTAACCTGCTTTTATCTAACTAT 7 55 0 CAGTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTAT 7 193 1 TAACGCGGTTTTTGCTCTCTAA 7 288 0 AGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTC 9 35 1 AAGACGTCTATAAACCATTATTACAGGTCAAA 9 70 0 ATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTT 9 91 1 AAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTC 9 103 1 GGTTCTTTTAAGTAGTCTTTTTAGGGTAG 13 7 1 CCTCTAATTTAAAACCGTTTTTGGAAACTAAT 13 41 0 CAAATATAATTAAACCGTCTTTTATCTGAATA 13 98 1 AGAAAACAGCTAAACCATTGTTTCACCTGGCA 14 109 1 GGAAAAACTTTAAAGCACTGTTACAAAAACGC 16 191 1 CAGCTTACCTTTAAGCGTTTTTGTAACAGTGC 16 205 0 ******* * ** MAP Score: 15.7838 Motif 5 GCTCAGTTGGTTAGAGCACACCCCTGATAA 0 178 0 GGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 282 1 AATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGCG 1 275 1 TTAAAAAGCTTTAAAGCACTAATTTTCTAA 4 14 1 CAATTCCCTTTTTGAGCAATTTAATAGATG 5 78 1 ATCTGGTTAGTTTTAGCACTAGT 6 3 0 TTTTAACTACTTAAAGCACAACTAAGAAAT 6 181 1 CCAACTTTTAATTAAGCAAGTTGCATTTCT 6 205 0 AGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTTT 7 68 1 AAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCT 7 258 1 TGTTTATAATATTTAGCACATAAACAT 8 38 1 TATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCA 9 90 1 CGGAAAAACTTTAAAGCACTGTTACAAAAA 16 190 1 ********** MAP Score: 12.2752 Motif 6 TATAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTA 0 260 0 GCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT 1 44 1 ATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTA 1 70 1 AATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCCA 1 124 1 TAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT 1 236 1 CAATTAAACACTTAAAGAATTATAAAAGGA 2 9 0 AAATTGGCAAGTTAAAAACTTTAGTTCAATT 4 44 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCA 5 5 1 AGCAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAG 6 111 1 GGAAACAATTGGCAAAGAATAAACGCCAGAA 6 141 1 GCTTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCTG 6 167 0 TTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 6 224 1 CTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAG 7 230 1 ATTATTACAGGTCAAATAAGACATAAAAAAA 9 55 0 TTAAAAAGTGCTTAAAGACGTCTATAAACCA 9 85 0 GCTTAACTAGCGCAAACAAGTCCCAATGCTT 12 13 1 AATGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAA 12 164 1 AAGGTAAATAATTTAGCTTTTTG 14 2 1 TGTTTCACCTGGCAAACAATTTAAAGTTAAT 14 127 1 GTGGATTTAGCGCAAACACTACCAGGTCGGG 16 124 1 AGCAGCTACACTTAAATAATACCCCCGACCT 16 147 0 ****** **** MAP Score: 9.91149 Motif 7 GTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA 1 51 1 TAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATTAAGCTA 7 151 1 TTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCTTT 7 255 1 ATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTA 1 254 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATAT 1 6 1 ATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAAAT 7 90 1 TTCGAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCTGGT 10 204 0 TTGCTGATTAAACAAAAAGCTAAATTATTTACCTT 14 10 0 TCCTTTATATATAAAAAAGGTAATACAACGATAGT 14 47 1 GATTTACTTAAATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGT 7 44 1 CATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCTC 6 87 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAGTTGTCA 5 8 1 TTTAAAAATTCAAAATAAGCAAATATAATTAAACC 13 79 1 TTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATGGTTTAA 9 112 0 AATTTAATAGATGAAAAAGTGAATTAATT 5 95 1 AAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 278 1 AGTTCAATTAAACACTTAAAGAATTATAAAAGGA 2 9 0 CTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTCAGTTCA 12 203 1 ** * **** ** * MAP Score: 9.86224 Motif 8 ACGTGGTATTAAAATGTGCCCAACCGCGAAAAA 1 175 0 TGCGCGCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATAT 1 276 0 TTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTGGC 2 14 1 GTGTTTCTAATCTAAGTGCATAAGCTAAAAACT 3 239 0 TAGAAACACCTAAATTTGTTAATTATGCTTGCC 3 263 1 ACTAAAGTTTTTAACTTGCCAATTTTTAGAAAA 4 36 0 TTTTCATCTATTAAATTGCTCAAAAAGGGAATT 5 79 0 ACTAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGTTG 6 201 1 AAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAA 7 245 1 ACTCAAACGCTAAAAGTGCTAACGATTTGTTTA 8 11 1 ATGTTTATGTGCTAAATATTATAAAC 8 39 0 AAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAAGACGTCTAT 9 91 0 CCAGTCCAACTAAAAGTGCAGATGGCTACAGGG 10 118 0 TATTAGTATTCGAAAGTGTTCAAGTATATTCTT 10 225 1 AAAAGACCCATTTAATTGTTAAAAGAAACTTAC 12 69 0 ACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATGAT 12 137 1 ACGGTTTAATTATATTTGCTTATTTTGAATTTT 13 83 0 TATATATAAAGGAAATTGCTGATTAAACAAAAA 14 27 0 TCTAGGGGAGTTAATTTGCAGAAAACAGCTAAA 14 90 1 * ** ***** ** MAP Score: 8.48877 Motif 9 GACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATT 0 256 0 ATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 288 1 AATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACT 1 127 0 CTAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGT 6 202 1 TGCTTAATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACC 6 217 1 TAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCA 7 56 1 CCCACTGGTGCAACTAGCTTAATCTCTTGG 7 170 0 AGTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTA 7 194 1 TTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCC 7 235 1 AGGGACCTGAGAACCAGGTTCCTTTTTCTT 10 192 1 CTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATG 12 138 1 ATCTTTTTCCAAACTAGTTTGCCGCTTGCA 12 190 0 TTTAGGGTAGAAATTAGTTTCCAAAAACGG 13 29 1 AAGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT 15 10 0 ********** MAP Score: 8.32869 Motif 10 AAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGC 0 265 1 ATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGCGCGCAT 1 276 1 TTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTGGCC 2 14 1 AACGGTCAATTTAACGCAACCAATGTTTGTGGAA 3 172 1 AAAGTTTTTATTTATCCGTTTTGACAACTGCTTT 5 30 0 TAACCAGATGTTGACCTGATCTTTATCAGCGATT 6 24 1 TTAGTTGTGCTTTAAGTAGTTAAAAACAACGATT 6 172 0 TTCGGTACTTTTTAACCAACTTTTAATTAAGCAA 6 216 0 TATTCCTGTTTTAATCCGCTTATCACCAATTGGT 7 10 0 CTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAAGTAAATC 7 44 0 AGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTTTCAAA 7 68 1 AACTTACAATTTCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTT 7 99 0 AAAAGAGCAGTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGAT 9 25 0 TATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTT 9 90 1 CCTGAAAGATTTGATGTAACCAGTCCAACTAAAA 10 136 0 CATCAAATCTTTCAGGTAACCAGAATATTAGCAT 10 154 1 GCAGTCACAATTGAACTGACTAATTCCTTATCTT 12 215 0 GGTTCTTTTAAGTAGTCTTTTTAGGGTAGA 13 6 1 GCAAATATAATTAAACCGTCTTTTATCTGAATAT 13 97 1 GAAACAATGGTTTAGCTGTTTTCTGCAAATTAAC 14 99 0 TCGTTAATCTAACCATTTCACACTATG 16 3 1 CGCTCCAGTTTTAAAGCAGCTACACTTAAATAAT 16 158 0 ** * *** *** * MAP Score: 3.01166 Motif 11 TAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAA 0 259 0 GGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 282 1 TAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTA 1 71 1 AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACA 1 112 1 GTGCATAAGCTAAAAACTTAGGATTAATTT 3 227 0 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAG 5 7 1 ACTAGTGCTAAAACTAACCAGATGTTG 6 7 1 GCCGTGGCACCTAAAGCTAACACTCCAGCA 6 57 0 GGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCT 6 91 1 CAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGG 6 113 1 CAATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGT 7 88 1 TAGTTTTTACCTAAAAATAAGTATTGATAA 7 221 0 TATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGT 7 232 1 AAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCT 7 258 1 TTTTTGCTCTCTAAAGGTTAAATTTTTGCT 7 272 0 TTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 9 138 1 GAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCTG 10 206 0 CATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACA 12 64 0 ACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTC 12 202 1 TTTTGAATTTTTAAAAATAAGCCTCTAATT 13 64 0 AAATTGCTGATTAAACAAAAAGCTAAATTA 14 18 0 TTTTTTATATATAAAGGAAATTGCTGATTA 14 35 0 ATAAAATTTAAACCTAATTTAACTT 15 7 1 ACAAAAACGCTTAAAGGTAAGCTGTTCTGA 16 213 1 TATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAAGCG 16 261 1 ********** MAP Score: 2.27307 Motif 12 CTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTAGT 0 241 1 TTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAA 0 259 1 AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGG 1 23 1 ATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGC 1 44 0 TAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATAC 1 269 1 GAAATTAATCCTAAGTTTTTAGCTTATGCACTT 3 226 1 TTTTAACCAACTTTTAATTAAGCAAGTTGCATT 6 208 0 GTTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATTA 7 148 1 AAAATTAAGCCAAGAGATTAAGCTAGTTGCACC 7 161 1 CAAAATAAAGCAAAAATTTAACCTTTAGAGAGC 7 264 1 ACGATTTGTTTATAATATTTAGCACATAAACAT 8 32 1 GAACCACTAACAATGTTTTTAGCGACTAAAATG 10 45 1 AAACAAGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTT 12 26 1 AACAAAAAGCTAAATTATTTACCTT 14 2 0 GTCAGAACAGCTTACCTTTAAGCGTTTTTGTAA 16 211 0 *** ******* MAP Score: 1.75913 Motif 13 CGATTTCACCGTTATTAACTGTTGCTGATG 3 59 0 GCTGGTAGTGTTTTTTATCGTAACGGTCAA 3 151 1 TTAATCCTAAGTTTTTAGCTTATGCACTTA 3 230 1 TTGAACTAAAGTTTTTAACTTGCCAATTTT 4 43 0 TTTGACAACTGCTTTTTGTTATTTTTTAAA 5 15 0 TTTTTTAAAAGTTTTTATTTATCCGTTTTG 5 41 0 GAAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCA 6 169 1 TTTTTAACCAACTTTTAATTAAGCAAGTTG 6 212 0 TAACTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAA 7 51 0 AAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAAT 7 90 0 ATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGC 7 223 1 GTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATA 7 241 1 TAACGCGGTTTTTGCTCTCTAAAGGT 7 284 0 AATCGTTAGCACTTTTAGCGTTTGAGTG 8 8 0 CACTAACAATGTTTTTAGCGACTAAAATGC 10 49 1 AGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGGTTA 10 124 1 AAGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTTT 12 30 1 TAGCTTGGAGCTTTTTTGCTGTTAGTAAGT 12 45 1 GCTTTTAGCAGTCACAATTG 12 236 0 AATTAAACCGTCTTTTATCTGAATAT 13 105 1 AAATAATTTAGCTTTTTGTTTAATCAGCAA 14 15 1 ********** MAP Score: 1.15862