AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246620
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	parB	125	Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis
#1	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae

Motif 1
GGAAATATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCG	0	12	1
AACTAGAATTATCCTTGAAGCCGAATTAGTTTAGGG	0	84	0
  CTCCGTCCAAATTTAAACTAGAATTATCCTTGAA	0	101	0
 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGG	1	9	1
AGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCAAACAATT	1	35	0
          *   ** ***  ****
MAP Score: 4.65924

Motif 2
TCGGCTTCAAGGATAATTCTAGTTTAAATT	0	96	1
GATAATTCTAGTTTAAATTTGGACGGAG  	0	107	1
      AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTA	1	4	1
TTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGC	1	21	1
TTTGGATTCGCCATAAATTTTGCTTATGGC	1	40	1
          **********
MAP Score: 2.14361

Motif 3
ATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGT	1	11	1
ATTGTCTTCCATTTAATGTGCACGTTGGAA	1	78	0
          **********
MAP Score: 0.416312