AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246623
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	parB	125	Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis
#1	grpE	22	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GrpE; similar to GenBank Accession Number I64046, from H. influenzae
#2	DnaJ	300	Mycoplasma pneumoniae, DnaJ homolog protein, from M. capricolum
#3	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#4	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus

Motif 1
GGGGGATTCGAAGCAATTTAACGATTACCAAATT	2	84	0
TTTAATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCAC	2	129	0
ATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT	2	254	1
ATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACATTA	3	24	0
TGCACATTAAATGGAAGACAATTAA         	3	86	1
ATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTT	4	59	1
ATATATAGTAAAGGGCCAGAACAAACAACTAATT	4	78	0
TTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA	4	199	0
ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTG	4	214	1
GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA	4	247	1
AATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAA	4	261	1
ACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC	4	276	1
          *** ** * *** *
MAP Score: 11.9078

Motif 2
TATCCTTGAAGCCGAATTAGTTTAGGGGCAA	0	80	0
     CTCCGTCCAAATTTAAACTAGAATTA	0	109	0
TTTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTGC	2	71	0
AATACACTCCACCAAATTGGTGTGGGGGATT	2	110	0
ATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCACC	2	128	0
CAGCAATTCCGCCAAAGCTATCACCCTTGCC	2	173	1
TATCACCCTTGCCAGATTCATCACTGCCAAT	2	191	1
AAACAATTATACCACATTAAAAATTAAGCGA	3	12	0
AAAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCA	3	42	0
AGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAA	4	167	1
TATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGC	4	219	1
          ******** **
MAP Score: 10.4689

Motif 3
GATCTGTTTTGCCCCTAAACTAATTCGGCTTCAAG	0	72	1
TTGGTCATGAACCGCTGCCTTGATTTTAGGCACTA	2	42	1
TAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAAT	2	68	1
TAATTTGGTAATCGTTAAATTGCTTCGAATCCCCC	2	83	1
AAATTATACCAACTCTACTTTCTTAGAATAAACGT	2	272	1
         AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATA	3	1	1
CTATTCCCTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAAT	4	18	1
GCCAGAACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAA	4	63	0
GTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAGT	4	86	1
ATGTCATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTATGT	4	114	0
AGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATACTTA	4	176	1
TTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTA	4	195	0
ATGGCCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAA	4	218	0
          * * **** **  **
MAP Score: 4.9971

Motif 4
GGCTTCAAGGATAATTCTAGTTTAAATTTGGA	0	98	1
AACCGCTGCCTTGATTTTAGGCACTAAAGCTT	2	51	1
GCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAAT	2	71	1
GTGGAGTGTATTGATTTTGTCCTTATGAATTA	2	129	1
ATTGGCAGTGATGAATCTGGCAAGGGTGATAG	2	190	0
TCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTG	3	12	1
GCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTC	3	49	1
AAATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATA	4	77	1
AATTTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTATTATA	4	153	0
GTATAAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCT	4	176	0
GTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAA	4	198	1
TTTGATTTTATTTATTATGGATGGCCAAATGT	4	241	0
TTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTT	4	264	0
          ****** *** *
MAP Score: 4.23926

Motif 5
AAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTT	4	173	1
CAATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCA	2	252	1
AAGTGCTGTTTTAATTCATAAGGACAAAATC	2	141	0
TTGGAAAGTTAAAAGCCATAAGCAAAATTTA	3	53	0
CAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC   	4	282	1
TCATAAGGACAAAATCAATACACTCCACCAA	2	126	0
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAA	4	245	1
    AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAA	3	6	1
TTTTAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATC	2	65	1
     GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGA	0	5	1
TAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATTA	4	184	0
CTTTAATTTGGTAATCGTTAAATTGCTTCGA	2	80	1
TTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAA	4	202	0
CTACCATGACATTATATATAATAGGCATCCA	4	137	1
CTTTCTTAGAATAAACGTTAC          	2	289	1
          ****** ****
MAP Score: 3.82929

Motif 6
GACTCTGTTATTCGGCACCAATTATTAATAT	0	16	0
CATGGATCTGTTTTGCCCCTAAACTAATTCG	0	68	1
CCTAAACTAATTCGGCTTCAAGGATAATTCT	0	85	1
  TTGTAAGTTTTAGCATCAACGCTTAATGT	2	8	1
AAATTAAAGCTTTAGTGCCTAAAATCAAGGC	2	58	0
AGTGTATTGATTTTGTCCTTATGAATTAAAA	2	133	1
AAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAAC	3	54	1
ACACTATTCCCTTAGCTCTAACTTAATATCC	4	15	1
GTTTAACCATCTTGGTATTAAAGGGATATTA	4	38	0
AGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATG	4	82	1
TATAGATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGATG	4	162	0
TTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTA	4	273	0
          ****** ****
MAP Score: 2.67549