AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_fusions009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246658
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG032	253	Mycoplasma pneumoniae, MG032 homolog, from M. genitalium
#1	MG032	300	Mycoplasma pneumoniae, MG032 homolog, from M. genitalium
#2	MG288	300	Mycoplasma pneumoniae, MG288 homolog, from M. genitalium
#3	MG288	30	Mycoplasma pneumoniae, MG288 homolog, from M. genitalium

Motif 1
TTGGAAGGAAACTACCGCAAAGATACTTAC	0	94	1
AGTGACGCTAATTTACGCAAGGCCTTCGGT	0	149	1
    GAGTTGACTGCCCAAATAAAATAAAT	1	6	1
CATCATTTAAATTACCCAAAAAACAAAAAG	1	68	1
CGCCCCAAAGTTTAACCCAAAATTTTTATT	1	195	0
AGGATATTTAACTGAGGAAACCTCGCCCCA	1	218	0
TGTTGGCAAAACCAACCAAAAGGATATTTA	1	238	0
AGGCATTTCAATTGCCCCAAGTACCCGAAC	2	110	1
GAAAGAAATCACTACCCAAAATGGTAAACA	2	143	0
TTAGGGGTTAATTGAGGAAAGAAATCACTA	2	159	0
ATCAAACTGCTTTAACGCAATGCTTTGAAG	2	238	0
          **********
MAP Score: 9.50348

Motif 2
          TAAAACCCGTGCAGGGTTATA	0	0	1
GCACTTTCTTTTAAACCGAAGGCCTTGCGTA	0	162	0
CCTTGGTAACCATAACCCGGAGTAATGACCC	0	213	0
AATGATTTTTTAAAACTGTCATTTTATTACG	1	33	1
AAAGACACTTTTAAACTCGTAAAATTTGCAC	1	113	0
AAGTGTCTTTTTTAACTGGTAGAACTTTGTC	1	134	1
TTTTTGCCGGTTTAACTGTTGTTAATTTTTG	1	166	0
CGCCCCAAAGTTTAACCCAAAATTTTTATTT	1	194	0
CAAAAGGATATTTAACTGAGGAAACCTCGCC	1	221	0
ATCTGACAACTAAAACTGTTGGCAAAACCAA	1	253	0
TCAGTCACATTTAAACCCTTAGGGGTTAATT	2	176	0
TGTATTGTTGCAAAACTGTCGTAATATTCTC	2	205	0
          ********* *
MAP Score: 9.48078

Motif 3
GTTACTAAAAGAAACTTTCAGTGCCTTGTA	0	29	0
GTTTCTTTTAGTAACTACCGTGCTTGAACC	0	44	1
AGGTTGGAAGGAAACTACCGCAAAGATACT	0	91	1
CGGTTTAAAAGAAAGTGCCAACGAAAAAGA	0	175	1
GTATTCACTTAAAACAATCG          	0	243	1
ATGATTTTTTAAAACTGTCATTTTATTACG	1	34	1
TTACGAGTTTAAAAGTGTCTTTTTTAACTG	1	122	1
TCTGACAACTAAAACTGTTGGCAAAACCAA	1	253	0
GTATTGTTGCAAAACTGTCGTAATATTCTC	2	205	0
TGAAACTAGAAAAACAACCGGACATTGTGA	2	269	1
          **********
MAP Score: 8.03362

Motif 4
GATTTTTTAAAACTGTCATTTTATTACGCATACATCAT	1	36	1
TTCCTCAGTTAAATATCCTTTTGGTTGGTTTTGCCAAC	1	229	1
ACGAGTTTAAAAGTGTCTTTTTTAACTGGTAGAACTTT	1	124	1
ATGACCCTGGAAGCCTCTTTTTCGTTGGCACTTTCTTT	0	182	0
AAGGCACTGAAAGTTTCTTTTAGTAACTACCGTGCTTG	0	32	1
TTTAACCCAAAATTTTTATTTTTGCCGGTTTAACTGTT	1	177	0
TATTACTAGCAAATGCCGTTTTTCCGGTGCACGAGGCA	2	77	1
GACAGTTTTAAAAAATCATTTATTTTATTTGGGCAGTC	1	15	0
CAAGTACCCGAACAGTTGTTTACCATTTTGGGTAGTGA	2	127	1
TTGCCGGTTTAACTGTTGTTAATTTTTGAGACAAAGTT	1	156	0
          ** * ** ****     *
MAP Score: 5.1473

Motif 5
TGGCGTCTTTTTGTTTTTTGGGTAATTTAAATG	1	71	0
ATTTGCACACTAATTTTTGGCGTCTTTTTGTTT	1	88	0
CGGCAAAAATAAAAATTTTGGGTTAAACTTTGG	1	188	1
AATTTTGGGTTAAACTTTGGGGCGAGGTTTCCT	1	201	1
CTCAGTTAAATATCCTTTTGGTTGGTTTTGCCA	1	232	1
AACAGTTGTTTACCATTTTGGGTAGTGATTTCT	2	137	1
GTCACATTTAAACCCTTAGGGGTTAATTGAGGA	2	171	0
          **   ********
MAP Score: 4.13406

Motif 6
          TAAAACCCGTGCAGGGTTAT	0	0	1
TTTCTTTTAGTAACTACCGTGCTTGAACCT	0	45	1
AGGTATTCACTTAAAACAATCG        	0	241	1
AAATGATTTTTTAAAACTGTCATTTTATTA	1	32	1
TTTTACGAGTTTAAAAGTGTCTTTTTTAAC	1	120	1
TCTCAAAAATTAACAACAGTTAAACCGGCA	1	163	1
AATCTGACAACTAAAACTGTTGGCAAAACC	1	255	0
ACTGAGAATATTACGACAGTTTTGCAACAA	2	202	1
AAGCATTGCGTTAAAGCAGTTTGATCTGAA	2	243	1
          **********
MAP Score: 1.18678

Motif 7
CTTCTATCTAACTTTATTAGGTTGGAAGGAAACTACCGC	0	73	1
TAATTTACGCAAGGCCTTCGGTTTAAAAGAAAGTGCCAA	0	157	1
AATGACCCTGGAAGCCTCTTTTTCGTTGGCACTTTCTTT	0	182	0
TATGGTTACCAAGGTATTCACTTAAAACAATCG      	0	230	1
CAGTTTTAAAAAATCATTTATTTTATTTGGGCAGTCAAC	1	12	0
TACGAGTTTAAAAGTGTCTTTTTTAACTGGTAGAACTTT	1	123	1
GTTTAACCCAAAATTTTTATTTTTGCCGGTTTAACTGTT	1	177	0
TTAGTTGTCAGATTTTTTATTTGAGATTGCTAATAATTA	1	271	1
TAAGTTAATTAATGACTTAAATGCAAAGGTATTACTAGC	2	48	1
ATTAACCCCTAAGGGTTTAAATGTGACTGAGAATATTAC	2	177	1
TACAAACTTCAAAGCATTGCGTTAAAGCAGTTTGATCTG	2	232	1
          ** *  **   ** **  *
MAP Score: 0.873911

Motif 8
    GAGTTGACTGCCCAAATAAAATAAAT	1	6	1
CATCATTTAAATTACCCAAAAAACAAAAAG	1	68	1
GCCCCAAAGTTTAACCCAAAATTTTTATTT	1	194	0
TGAGGAAACCTCGCCCCAAAGTTTAACCCA	1	206	0
TGGGGCGAGGTTTCCTCAGTTAAATATCCT	1	218	1
GGCATTTCAATTGCCCCAAGTACCCGAACA	2	111	1
GAAAGAAATCACTACCCAAAATGGTAAACA	2	143	0
TAGTGATTTCTTTCCTCAATTAACCCCTAA	2	159	1
          **********
MAP Score: 0.70115