AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_operons002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944246769 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 dnaJ 45 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaJ; similar to Swiss-Prot Accession Number P17631, from B. subtilis #1 pmd1_mtd1 335 pmd1: Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe, mtd1: Mycoplasma pneumoniae, 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase; similar to GenBank Accession Number A64081, from H. influenzae #2 groES 187 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis #3 obg 203 Mycoplasma pneumoniae, GTP-binding protein Obg; similar to Swiss-Prot Accession Number P20964, from B. subtilis #4 ileS 42 Mycoplasma pneumoniae, isoleucine-tRNA ligase; similar to GenBank Accession Number S40178, from S. aureus #5 yihA 287 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli #6 yaaF 147 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yaaF) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37529, from B. subtilis #7 MG267 34 Mycoplasma pneumoniae, MG267 homolog, from M. genitalium #8 rpl21 146 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L21; similar to Swiss-Prot Accession Number P26908, from B. subtilis #9 rplK 55 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L11; similar to Swiss-Prot Accession Number P29395, from T. maritima #10 oppB 275 Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis Motif 1 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAAT 0 5 1 AGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCTTGACAAA 1 27 0 CTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAG 1 304 1 ATTAACAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGTGCAAAT 2 140 0 ACACTGGGATAGCTGCTCTTTGTTTGAACAATCTCA 3 86 1 TCTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTAC 3 117 1 AAGCAGTTAAGTGTTAGAATTTAGAGC 6 1 1 TAGAATTTAGAGCCGTCACATCATTACGGTCGAATC 6 24 1 TGACTTTAGCAGGGGTTAATTTGTTATAATTTCACG 8 50 1 *** *** * *** MAP Score: 12.9559 Motif 2 ATAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAA 1 293 0 CTACCAATTATTAACAATTAGCAGTTAAATGC 2 153 0 TAAGTTAGCTTTCAAAAAAAGCATGTTGGTAC 3 16 1 CATGAGATTGTTCAAACAAAGAGCAGCTATCC 3 92 0 AGTTTATTAATTAAAAAGCAGCTTGACATGAG 3 118 0 AATACGAAAATTAAAACCAAGCGAGCTCAACC 3 181 1 ATCAAAATCTTTAAAAAACAGATTCGTGATAA 5 149 1 ATGCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAAT 5 263 1 ******* *** MAP Score: 10.4292 Motif 3 ACAAAAAACGCCTAACTTAATCTTATATGACTAGTT 1 40 1 TATCAGTTGAGCTACATCCCCATTATTGGTGGAAGT 1 149 1 ACTAGCTTTGGCTAAATTAATATAATTATGAAGCGA 1 273 0 CGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTA 2 116 1 GCATTTAACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATA 2 153 1 TAATTACGCTATTCTGATTTTATAAGATTCTAG 5 7 1 GTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAAATCTTT 5 125 1 CATGCTTAAGGCTAGACTTACTATATGTATTTATAT 8 16 0 TTTAGCAGGGGTTAATTTGTTATAATTTCACGCTTA 8 54 1 TTCTGCGGTTCCTAAATTTTGTTTATACAAAATACC 8 98 1 AATTGTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACCA 9 26 1 **** ** **** MAP Score: 10.2056 Motif 4 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAAC 0 0 1 ACCTCCTGAGTGCAAATCAGGTGCTCTATCAGT 1 123 1 TAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATT 1 291 0 TTAGCTTTCAAAAAAAGCATGTTGGTACATGGT 3 20 1 GTTTATTAATTAAAAAGCAGCTTGACATGAGAT 3 116 0 ATGTTGGTTATTAAAACCAGGTTAGTAAGTTTA 3 144 0 CTAGAATCTTATAAAATCAGAATAGCGTAATTA 5 10 0 TCAAAATCTTTAAAAAACAGATTCGTGATAACC 5 150 1 TGCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 5 264 1 CAAAATACCAAAAGAAACGGTTTTATTGAAA 8 125 1 GAAACGCGATTTATAATCGGTTTCCACTCGGAG 10 86 0 CTGAGGGACCTGAGAACCAGGTTCCTTTTTCTT 10 189 1 * **** *** ** MAP Score: 9.27849 Motif 5 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAATGA 0 6 1 AATCAGGCACGCTAATTTAGCAGCACTATTTCGGTAG 2 85 1 CGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTAA 2 116 1 CTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTACTA 3 118 1 ATTACGCTATTCTGATTTTATAAGATTCTAGAGAGGA 5 12 1 GTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAAATCTTTA 5 125 1 TTATCACGAATCTGTTTTTTAAAGATTTTGATAGAAA 5 144 0 TTAATGGAGCGCATAATTTCCTTGACTTGTGTTTCAG 5 240 0 CAGAAATGGAGCAGCATTAAGACTATTTAATGAGTGT 6 69 1 AATTGTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACCAA 9 26 1 CTTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTTGAACC 10 13 1 CGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAGTGGAAACCGAT 10 67 1 GTAGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGGTTACATCA 10 122 1 GGTTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGTGTT 10 208 1 *** **** ** * MAP Score: 6.36856 Motif 6 TTAGTTTTAATTACTAACCACAT 2 3 1 GTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTAC 3 123 1 AGCTCGCTTGGTTTTAATTTTCGTATTGCT 3 178 0 TCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAAT 0 11 1 AAAACTACTTGCTTTAATTATAAGACCGCT 1 314 0 GGGTTAATTTGTTATAATTTCACGCTTATT 8 62 1 TACTAACCTGGTTTTAATAACCAACATAAG 3 150 1 CTTTATAATTTAATTAGCTTA 7 1 1 TTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAA 10 210 1 TTATTAATTACTTCTGGTTT 5 277 0 ACAGGTTCGCTTCATAATTATATTAATTTA 1 267 1 ********** MAP Score: 6.35784 Motif 7 TTATCACTTTAATCATTCGAGTGTTAA 0 28 0 ATAAGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAG 1 36 0 TATATGACTAGTTAGACGTTTGGATCTTTA 1 63 1 AAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTA 1 300 1 TGTATATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA 2 8 0 TTACTAGTAGATTAAGCGTTTATTGCCAAT 2 52 0 TTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAA 2 138 1 ACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATAT 2 160 1 TTAAAACCAGGTTAGTAAGTTTATTAATTA 3 137 0 CCCTTTCCCTGTTAGTCGGTGTCATTATTG 5 105 1 AAGCAGTTAAGTGTTAGAATTTAGA 6 5 1 GTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACAC 9 30 1 TAAAAACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTC 10 36 0 CAAACAGCATTTTAGTCGCTAAAAACATTG 10 55 0 AAACGTTTGGGTTTGGCAGTGTTAGCG 10 258 1 ********** MAP Score: 6.34579 Motif 8 ATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCTTGAC 1 30 0 GACGTTTGGATCTTTAATGGTGGAGATGAAG 1 77 1 AGCTACATCCCCATTATTGGTGGAAGTAAAT 1 158 1 AAGGTTGAGTGCCTTATTGGCAATAAACGCT 2 37 1 GGTACATGGTCCCTTTATGGTTGCCTGTTTC 3 43 1 TTAGTCGGTGTCATTATTGGCTATTTTATTT 5 116 1 ATTTGGTTTTCGGTGATTGGTGGGTTATCAC 5 174 0 AAGCTTACGACCCATTTTGGCATACATCGCC 5 208 0 CGCATAATTTCCTTGACTTGTGTTTCAGAAA 5 237 0 TAATGCTGCTCCATTTCTGGCCTGACATGAT 6 57 0 TATAATTTCACGCTTATTTGCGTCTTCTGCG 8 74 1 TTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTT 10 14 1 ** ******** MAP Score: 3.797 Motif 9 GATGAAGGGTCTCAAACCCTCAACCTCCTGAGTG 1 101 1 AGTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACCCTTA 1 182 1 CAGGGGTGTGCTCTAACCAACTGAGCTATACTTC 1 217 1 TTCCCCGTACTTGAAACACTGGGATAGCTGCTCT 3 71 1 CATGAGATTGTTCAAACAAAGAGCAGCTATCCCA 3 90 0 ATGTTGGTTATTAAAACCAGGTTAGTAAGTTTAT 3 143 0 AATACGAAAATTAAAACCAAGCGAGCTCAACC 3 181 1 AACAGATTCGTGATAACCCACCAATCACCGAAAA 5 165 1 CGGCTCTAAATTCTAACACTTAACTGCTT 6 5 0 ATACTTTGCACTGTAACCACGTTCTAAGTATT 6 125 1 AAGCGTGAAATTATAACAAATTAACCCCTGCTAA 8 55 0 TGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAATGTTTTTA 10 32 1 TCGCGTTTCCCTGTAGCCATCTGCACTTTTAGTT 10 110 1 CTGAGGGACCTGAGAACCAGGTTCCTTTTTCTTT 10 189 1 ** ***** * ** MAP Score: 1.4452