AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246943
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	parB	125	Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis
#1	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#2	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#3	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#4	rpsO	157	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus
#5	MG422	45	Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium
#6	G12_orf140b	300	Mycoplasma pneumoniae, G12_orf140b Protein

Motif 1
 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCGAA	0	9	1
    AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGAT	1	6	1
TAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA	2	27	1
GACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATT	2	144	1
ACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA	2	199	0
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA	2	245	1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG	3	4	1
TAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATA	3	38	0
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC	3	112	1
TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCC	3	186	1
TGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGT	3	208	1
TCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA	3	241	1
TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC	3	263	1
TGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGTCATCT  	4	8	0
CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAG	4	54	0
       GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGA	4	133	0
          ******          * ***
MAP Score: 25.7663

Motif 2
TACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATT	3	220	0
        GAATTAATACTTGTTGAATTAT	4	145	0
ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATT	3	251	1
TAAAGTAGAGAATAATACCTACAGCTGTCG	6	75	0
TTGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGC	3	185	1
TTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAA	2	37	1
ATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA	3	14	1
TTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACT	3	240	1
ATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGAT	2	186	0
GGCACCAATTATTAATATTTCCTC      	0	4	0
TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATT	3	48	1
GAATCCAAACAATTATACCACATTAAAAAT	1	19	0
CCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATA	3	106	0
ATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGC	3	262	1
       TAGCATAATACTAAATAAATACT	3	3	1
TACTAAAATCAATAAGACTAAGGG      	5	31	1
CTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTA	3	25	0
          **********
MAP Score: 15.9468

Motif 3
CACTATTCCCTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGA	2	16	1
TTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTATTATATATAATGTCATGGTA	2	138	0
TTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATT	2	202	1
ATTAGTGACATTTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC	2	234	1
CTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA         	3	1	0
TATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGT	3	38	1
TAGAGAAACTTTTTCTTTAACATAATATTATCTTAATATTATTT	3	57	0
TATTAAATACTAATCTTCTATATAGTATAGAGAAACTTTTTCTT	3	84	0
AACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATA	3	106	0
TTTTTCGCGGTTGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCT	3	175	1
TAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATT	3	197	1
TGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAAT	3	230	1
   AGATGACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAACAGC	4	7	1
AAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGGGGGCTGAT	4	57	1
    TTGTTACTGGGATGACCCTAGTACTAAAATCAATAAGACT	5	6	1
ACCTTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCTTCAATCATCATTAT	6	146	1
          ** *    *   ** **     **
MAP Score: 14.7772

Motif 4
ATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCGAA	0	18	1
AATTATCCTTGAAGCCGAATTAGTTTAGGGGC	0	82	0
TAATACCAAGATGGTTAAACAATGAAGAAAAT	2	49	1
TCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATT	2	164	1
CATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA	2	254	1
AAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAA	2	274	1
    TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAA	3	6	1
TAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATA	3	41	1
TTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC	3	121	1
TATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGC	3	135	0
TATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATA	3	233	1
ATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAAT	3	254	1
TTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC	4	125	0
GAAGAGATAAAGTAGAGAATAATACCTACAGC	6	80	0
CTTTTTTTGAACAGGTAAATAATTCAAAAAAC	6	200	0
AAAAAGAAACGTAGTCAAATAAAAAAGTTTGG	6	226	1
TCATTTAGATAGGAGCGAATAAATGTGTA   	6	281	1
          *  *********
MAP Score: 11.744

Motif 5
ATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGC	1	11	1
AATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACA	2	192	1
TTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA      	3	4	0
ATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTAT	3	24	0
AGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAA	3	50	1
AAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACTAATCT	3	112	0
ATTTATTTAGTATTATTCCGGTATTATTTACCGACGAAAT	3	238	0
GTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGT	4	15	0
TGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTATTA	4	123	1
CGCCAAACTTTTTTATTTGACTACGTTTCTTTTTTTGAAC	6	220	0
          *  ** *    **  *** *
MAP Score: 3.53286

Motif 6
CCTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGT	2	24	1
ACTATATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCTACCA	2	103	1
CATGACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCA	2	141	1
CCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAG	2	249	1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAAT	3	24	1
TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA	3	46	1
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTT	3	112	1
ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAAT	3	238	1
TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACG	3	263	1
ATGACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAACAGCC	4	12	1
ATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTATTAATTC   	4	130	1
          ** *** **       ** *
MAP Score: 3.47828

Motif 7
ATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAACAATG	2	42	1
CACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGCACATTTTA	3	168	1
CACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTA	3	190	1
AGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTC	3	212	1
ACTTTATCTCTTCCCTCATGGGGGTAATTGG	6	99	1
          ***** *****
MAP Score: 2.09674

Motif 8
TTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAGTACA	2	91	1
ATATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCT	2	106	1
GGCTACCATGACATTATATATAATAGGCATCCA	2	135	1
AAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTAT	2	173	1
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC	2	245	1
   TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA	3	7	1
TATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGA	3	38	1
TATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTT	3	63	1
AAGTTTCTCTATACTATATAGAAGATTAGTATT	3	90	1
TACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTT	3	255	1
          *** ** *** **
MAP Score: 0.852803