AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246968
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	parB	125	Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis
#1	grpE	22	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GrpE; similar to GenBank Accession Number I64046, from H. influenzae
#2	DnaJ	300	Mycoplasma pneumoniae, DnaJ homolog protein, from M. capricolum
#3	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#4	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#5	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#6	rpsO	157	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus
#7	MG422	45	Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium
#8	G12_orf140b	300	Mycoplasma pneumoniae, G12_orf140b Protein

Motif 1
 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCGAA	0	9	1
TCCTTATGAATTAAAACAGCACTTACAGCAATTCCGCCAAA	2	148	1
TATAATTTTATTAATTTATAAGCCATTGCAACACGCAAACA	2	239	0
    AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGAT	3	6	1
TAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA	4	27	1
GACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATT	4	144	1
ACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA	4	199	0
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA	4	245	1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG	5	4	1
TAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATA	5	38	0
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC	5	112	1
TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCC	5	186	1
TGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGT	5	208	1
TCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA	5	241	1
TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC	5	263	1
TGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGTCATCT  	6	8	0
CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAG	6	54	0
       GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGA	6	133	0
          ******          * ***
MAP Score: 24.975

Motif 2
         TTAGAATTACAATAAATTACTC   	1	1	1
TTTTAATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCA	2	130	0
ATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT	2	254	1
ATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACATTA	3	24	0
TGCACATTAAATGGAAGACAATTAA         	3	86	1
ATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTT	4	59	1
ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTG	4	214	1
GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA	4	247	1
AATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAA	4	261	1
ACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC	4	276	1
ACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGT	5	19	1
TTACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAG	5	217	0
ATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAGTGG	6	51	0
ACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC	6	125	0
GGGATGACCCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAA	7	18	1
TGACAGTTATTAGAGAAAAAATGAGGAC      	8	4	0
AAGCTAGTACAAAAAAGACAATGATTAAGGTCTT	8	143	0
          **  ** ***** *
MAP Score: 15.8579

Motif 3
TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTA	5	48	1
ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT	5	251	1
TAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAA	4	202	0
CTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCTACTTTC	2	258	1
ATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAA	4	251	1
GAATCCAAACAATTATACCACATTAAAAATTAAGCG	3	13	0
ATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC	6	125	0
AACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC      	4	280	1
       TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT	5	3	1
AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAA	5	23	1
AACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAG	6	54	0
TGGTGTAAGTAATGATAAGACCTTAATCATTGTCTT	8	127	1
ATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATA	4	157	1
          *******  *    **
MAP Score: 11.4009

Motif 4
CCTTGAAGCCGAATTAGTTTAGGGGCAAAACAGATC	0	72	0
AGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAATTG	2	69	1
TTGGTGGAGTGTATTGATTTTGTCCTTATGAATTAA	2	126	1
GATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTATTATA	4	153	0
TTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGGCCAAA	4	244	0
AATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA    	5	6	0
TACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATAC	5	222	1
TTAAATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGGTAT	5	254	0
TAAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTG	6	56	1
ATAAGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGGGTTCACCCCT	6	83	1
CCCCTTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAAT	6	114	1
          GTCCTCATTTTTTCTCTAATAACTGT	8	0	1
          *  ** **** **  *
MAP Score: 10.9145

Motif 5
TAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCT	4	176	0
CTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATG	4	250	0
ATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA        	5	2	0
ATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATTATT	5	33	0
ATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAA	5	105	1
TAAATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGGTATTATT	5	250	0
  AGATGACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAA	6	8	1
GTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGGGGGCTG	6	60	1
CTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTAT	6	122	1
CCTTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCTTCAATCATCA	8	147	1
TATTAACGCCTGTGTTTTTTGAATTATTTACCTGTTCAA	8	187	1
          *   ** **  ** **  *
MAP Score: 8.11994

Motif 6
ATCTGGCAAGGGTGATAGCTTTGGCGGAATTGCTGTAAGT	2	168	0
CCTAATTGGCAGTGATGAATCTGGCAAGGGTGATAGCTTT	2	186	0
TAGGTAAAGTGCGGTTGTGTTTGCGTGTTGCAATGGCTTA	2	222	1
AAGAAAATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATG	4	73	1
GATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTATTATATATA	4	149	0
TAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATTT	4	260	0
    ATGCGCGCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTT	5	274	0
GCCCACTTAAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGT	6	49	1
TATAAGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGGGTTCACCCCTTGA	6	82	1
GACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTA	6	120	1
ATTTGACTACGTTTCTTTTTTTGAACAGGTAAATAATTCA	8	206	0
AAAGCGCCAAACTTTTTTATTTGACTACGTTTCTTTTTTT	8	224	0
          **** *   ****      *
MAP Score: 7.9011

Motif 7
TTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATG	4	254	0
CCACTTAAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTG	6	51	1
ACGCCTGTGTTTTTTGAATTATTTACCTGTTCAAAAAAAGA	8	192	1
AGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA    	5	6	0
CATAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAA	5	40	0
TTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGGTAT	5	254	0
GCTGTAGGTATTATTCTCTACTTTATCTCTTCCCTCATGGG	8	80	1
AACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCATCTTGGTA	4	52	0
TTAGTCTTATTGATTTTAGTACTAGGGTCATCCCAGTAACA	7	11	0
TATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGT	4	199	1
CAAACTTTTTTATTTGACTACGTTTCTTTTTTTGAACAGGT	8	216	0
AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGC	3	10	1
CTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTATTA	6	122	1
TTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCTTCAATCATCATTAT	8	149	1
AAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGAT	4	163	0
AAAAAGACAATGATTAAGGTCTTATCATTACTTACACCAAT	8	125	0
ATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTATGTACATATATAGT	4	103	0
      GCCCTTTTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTT	4	275	0
          *  ** * **  **   *  *
MAP Score: 6.7245

Motif 8
  TTAGAATTACAATAAATTACTC       	1	8	1
GTTGCAATGGCTTATAAATTAATAAAATTAT	2	248	1
ATTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT   	3	7	0
CTGGATGCCTATTATATATAATGTCATGGTA	4	138	0
TAAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCTTT	4	174	0
TTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTT	4	194	1
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAA	4	245	1
   TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAA	5	7	1
TACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAAT	5	255	1
CTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTA	5	268	1
TTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAAC	6	17	1
CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAA	6	64	0
TTATAACAAAATAAGAAATTAGCCCAGTCAA	6	118	0
          **** ******
MAP Score: 5.93408

Motif 9
AACGCTTAATGTAACTTGGTCATGAACCGC	2	27	1
CACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAA	2	72	1
ATCCCCCACACCAATTTGGTGGAGTGTATT	2	111	1
GTGGAGTGTATTGATTTTGTCCTTATGAAT	2	129	1
TTCATCACTGCCAATTAGGTAAAGTGCGGT	2	207	1
CGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTT	3	13	1
GAACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTA	4	64	0
TAATTATAGATTAATTTGGCTTTTATTTCT	4	167	0
CCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATA	4	219	0
TAAGATGCTACCAACGTGGTATTAAAATGT	5	191	0
CCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAA	5	225	1
CTTAAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTA	6	54	1
AGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGGGTTCACC	6	86	1
GGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAA	6	124	1
          **********
MAP Score: 5.51858

Motif 10
GCGGAATTGCTGTAAGTGCTGTTTTAATTCATAA	2	151	0
AAAGTGCGGTTGTGTTTGCGTGTTGCAATGGCTT	2	227	1
ATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATG	4	79	1
GGCTTTTATTTCTGGATGCCTATTATATATAATG	4	146	0
CTTTTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTA	4	273	0
GGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAAT	5	120	0
TTATTATAAGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGGGTT	6	78	1
CTTCATATATTGTGGCTGCTGTTTCGACAGCTGT	8	51	1
          ****  *** * **
MAP Score: 3.36484