AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247029
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#1	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#2	cysA	67	Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp
#3	rpmH	22	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L34; similar to Swiss-Prot Accession Number P22836, from P. mirabilis
#4	MG388	121	Mycoplasma pneumoniae, MG388 homolog, from M. genitalium
#5	yihA	287	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli
#6	hypothetical	27	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI1366) homolog; similar to GenBank Accession Number G64026, from H. influenzae
#7	cmk	26	Mycoplasma pneumoniae, cytidylate kinase; similar to Swiss-Prot Accession Number P38493, from B. subtilis
#8	hypothetical	300	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI0136) (era like) homolog; similar to GenBank Accession Number F64143, from H. influenzae

Motif 1
    AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAA	0	6	1
TTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCCAT	0	23	1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAA	1	4	1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAG	1	24	1
TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTAT	1	49	1
TAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAA	1	60	1
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAA	1	112	1
TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAG	1	252	1
   TCCTTTTATAATTCTTTAAGTGTTTAAT	2	7	1
        TTATAATACTTAGCGCTGTATC 	3	2	1
CAAGCTGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGC	4	70	0
CTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATAT	5	39	1
AATTTAAACAATAACAATTAGTTCAGT    	6	10	1
          ****** ****
MAP Score: 12.2729

Motif 2
TAATAGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA  	1	8	0
TAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT	1	32	1
AAAATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACTA	1	116	0
CCTATATACCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGCACATTTTAATA	1	159	1
ACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGT	1	191	1
CCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT	1	224	1
GAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACG	1	260	1
CTACTTGTTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGGC	4	22	1
AAGCTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCTT	4	57	1
CTGTTTTTTAAAGATTTTGATAGAAATAAAATAGCCAATAATG	5	127	0
ATTTGGTTTTCGGTGATTGGTGGGTTATCACGAATCTGTTTTT	5	162	0
      ACTGAACTAATTGTTATTGTTTAAATT          	6	0	0
AGCTAATGCGATTATCTTCTTGGTGTCTTACCAAGAACAGATT	8	78	1
TTAAGGACAAACCGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAA	8	161	1
          *     ** ** *    * * **
MAP Score: 6.75994

Motif 3
TTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT         	0	1	0
TTGGAAAGTTAAAAGCCATAAGCAAAATTTATGGCG	0	48	0
CAACGTGCACATTAAATGGAAGACAATTAA      	0	81	1
       TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT	1	3	1
AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAA	1	23	1
TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTA	1	48	1
ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT	1	251	1
CTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC	1	268	1
TCTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATATGAAT	5	38	1
AAGGGGAATTCCCAAACCTAAGGCAAGCGCAAGATC	5	74	0
TTATTTCTATCAAAATCTTTAAAAAACAGATTCGTG	5	141	1
CCACCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTAT	5	182	1
CGTAAGCTTTCTGAAACACAAGTCAAGGAAATTATG	5	230	1
GCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA    	5	265	1
 AATTTAAACAATAACAATTAGTTCAGT        	6	9	1
CCGCTCCAACAACAAATTGAAGTCCAAGTTCGAGCA	8	31	1
TCCAAGTTCGAGCAGCCTTAAGTCAAGCTAATGCGA	8	53	1
TAAGGTATTGAAAAAGATTAAGGACAAACCGATTTT	8	144	1
TTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCTCAAACCAGAT	8	181	1
          *  ** * ****  **
MAP Score: 6.3867

Motif 4
ATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCCATA	0	19	1
TTGTTTGGATTCGCCATAAATTTTGCTTATGGCTTT	0	37	1
ATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACGTGCACA	0	56	1
TAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCCATTTT	1	123	1
GCTACCAACGTGGTATTAAAATGTGCCCAACCGCGA	1	179	0
      ATGCGCGCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTA	1	280	0
TTAATTGAACTGGCCTGTCCCGTTGTTAAACCTGAC	2	33	1
ACTTTGAAGCTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTA	4	51	1
TTATTAAAGACAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAG	4	84	1
CCTTAGGTTTGGGAATTCCCCTTTCCCTGTTAGTCG	5	87	1
CCCTGTTAGTCGGTGTCATTATTGGCTATTTTATTT	5	111	1
CATAAGCATCTGGTTTGAGGTTTTCTGATTTATTGA	8	188	0
GCTTTGGGTTTGGCCAACCCGTTTGTGTGAGTGCTA	8	248	1
GTGCTAGCCATGGCATTGGCATTGGTAACCTA    	8	278	1
          **** *     *****
MAP Score: 6.22833

Motif 5
ACATTAAAAATTAAGCGATT          	0	0	0
ACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAA	1	30	1
CCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGCACATTT	1	167	1
AACTACTTGTTTAAGCGCTTTTTTGGCAAA	4	20	1
TTCAACCAGAATTTGCGCTT          	4	111	1
       TAATTACGCTATTCTGATTTTAT	5	3	1
ATATGAATGATCTTGCGCTTGCCTTAGGTT	5	66	1
GTCAAGGAAATTATGCGCTCCATTAAAAAC	5	251	1
TAAGTCAAGCTAATGCGATTATCTTCTTGG	8	71	1
          **********
MAP Score: 3.96097

Motif 6
TCGCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAAC	0	47	1
ATAGAGAAACTTTTTCTTTAACATAATATT	1	72	0
AAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAA	1	121	0
AAACAAATTTGTTTTCCATTTTCCTATATA	1	137	1
GCGCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATAT	1	276	0
GCTTCAAAGTTTTTGCCAAAAAAGCGCTTA	4	31	0
AAAGCTGCAAGCTGTCTTTAATAATTTGCA	4	78	0
ACAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAGAAT	4	93	1
ATGATCTTGCGCTTGCCTTAGGTTTGGGAA	5	72	1
TGGGTCGTAAGCTTTCTGAAACACAAGTCA	5	225	1
AATCGCATTAGCTTGACTTAAGGCTGCTCG	8	61	0
ACAAAATCGGTTTGTCCTTAATCTTTTTCA	8	152	0
CTGGTTTGAGGTTTTCTGATTTATTGACGA	8	185	0
ACACAAACGGGTTGGCCAAACCCAAAGCTG	8	246	0
          **********
MAP Score: 2.33257

Motif 7
CGCGCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATA	1	277	0
GCTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATT	4	59	1
GAAAGCTGCAAGCTGTCTTTAATAATTTGC	4	79	0
GACAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAGAA	4	92	1
CGCTTGCCTTAGGTTTGGGAATTCCCCTTT	5	81	1
GCCTTAATTTGGTTTTCGGTGATTGGTGGG	5	181	0
ATGGGTCGTAAGCTTTCTGAAACACAAGTC	5	224	1
TCTGGTTTGAGGTTTTCTGATTTATTGACG	8	186	0
GAACTGTTGTAGGTTGGGTTCATAAGCATC	8	214	0
ACAGTTCTACAGCTTTGGGTTTGGCCAACC	8	237	1
          **********
MAP Score: 2.21453

Motif 8
       AATCGCTTAATTTTTAATGTGGT	0	3	1
AATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGC	1	12	0
TACCAACGTGGTATTAAAATGTGCCCAACC	1	183	0
TACCATCAGGGTATTAAGATGCTACCAACG	1	205	0
TACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAA	1	222	1
CGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTTA	1	273	0
ATTCTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAG	5	36	1
GGCATACATCGCCTTAATTTGGTTTTCGGT	5	191	0
TTGCTTACACCCATTAAGTTAAATTT    	7	10	1
          GGATTAATTTCCCAAAAGAC	8	0	1
          **********
MAP Score: 1.67953

Motif 9
ATACCACATTAAAAATTAAGCGATT        	0	2	0
AGTATTTATTTAGTATTATGCTA          	1	0	0
TAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTA	1	25	1
ATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTT	1	42	0
CAAATTTGTTTTCCATTTTCCTATATACCACTT	1	140	1
ACCATCAGGGTATTAAGATGCTACCAACGTGGT	1	201	0
ATTATTCCGGTATTATTTACCGACGAAATTAAT	1	234	0
TAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATATGAA	5	40	1
TCTGTTTTTTAAAGATTTTGATAGAAATAAAAT	5	138	0
CAGTGATGACTTTTATGTAGCTAAGGTATTGAA	8	123	1
          **  *** *****
MAP Score: 1.26015

Motif 10
CACGTTGGAAAGTTAAAAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAA	0	46	0
ATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCCAT	1	114	1
TTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAA	4	41	1
ATTCTGGTTGAAAAGAAAGCTGCAAGCTGTCTTTAATAATTT	4	81	0
GTGATAACCCACCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGT	5	174	1
GGTATTGAAAAAGATTAAGGACAAACCGATTTTGTTGGTCGT	8	147	1
TCGTCAATAAATCAGAAAACCTCAAACCAGATGCTTATGAAC	8	185	1
          *  *  ** *   ** * *  *
MAP Score: 0.806867