AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_operons006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944247048 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 gryB 101 Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae #1 dnaN 300 Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus #2 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #3 cysA 67 Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp #4 rpmH 22 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L34; similar to Swiss-Prot Accession Number P22836, from P. mirabilis #5 D02_orf128 300 Mycoplasma pneumoniae, D02_orf128 Protein #6 groES 187 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis #7 lcnDR3 103 Mycoplasma pneumoniae, lactococcin transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P37608, from L. lactis #8 MG388 121 Mycoplasma pneumoniae, MG388 homolog, from M. genitalium #9 yihA 287 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli #10 hypothetical 27 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI1366) homolog; similar to GenBank Accession Number G64026, from H. influenzae #11 cmk 26 Mycoplasma pneumoniae, cytidylate kinase; similar to Swiss-Prot Accession Number P38493, from B. subtilis #12 hypothetical 300 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI0136) (era like) homolog; similar to GenBank Accession Number F64143, from H. influenzae Motif 1 ATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG 2 14 1 AGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACG 5 123 0 CCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATAT 2 105 0 GTGGTTAGTAATTAAAACTAA 6 0 0 ATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATT 1 185 0 GCCAGTTCAATTAAACACTTAAAGAATTATA 3 16 0 AGCATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCTGT 5 78 1 TTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 0 6 0 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 2 251 1 TTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA 1 37 1 TCTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATA 9 38 1 CTTATTGGCAATAAACGCTTAATCTACTAGT 6 49 1 CAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGTGCAAAT 6 140 0 TCAACACCCATTAAAGGCTTAAAAAGTTTCA 5 147 0 TTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGT 5 249 0 GCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTAT 1 161 1 ATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTA 2 269 0 TAAGGTATTGAAAAAGATTAAGGACAAACCG 12 144 1 TTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCGC 5 41 0 TTATAATACTTAGCGCTGTATC 4 1 1 AATTTAAACAATAACAATTAGTTC 10 3 1 TATTAACTCTAACTACTTGTTT 8 1 1 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTA 2 48 1 ***** ***** MAP Score: 19.629 Motif 2 AGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA 1 28 1 ACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATT 1 145 1 TTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAA 1 194 0 TGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA 1 246 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG 2 5 1 TAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATA 2 25 1 TTCTTTAACATAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTA 2 49 0 TATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTATACTATATAGAAGATT 2 77 1 GATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC 2 113 1 GGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCC 2 187 1 CCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAGATGCTACCA 2 208 0 CGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 2 242 1 AATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC 2 264 1 AACAAATACTTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGT 5 249 0 GAAAAATATTTGTTTGGAAATAACAAATACTTA 5 277 0 AACACTACCGAAATAGTGCTGCTAAATTAGCGTGCCTGAT 6 86 0 CTTAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACACTACCGAA 6 114 0 AATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGTAGTACAGCCCTT 7 20 1 TGCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 9 264 1 ***** ** *** MAP Score: 17.6239 Motif 3 TAAATGCTTAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAG 6 127 0 TTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCC 2 121 1 GTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGCTCGATGCC 8 62 0 AATGAGGCTAAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTG 7 52 0 CGCTTAATCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGC 6 64 1 AGTATTTGTTATTTCCAAACAAATATTTTTC 5 279 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT 2 6 1 ATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT 2 254 1 CAGGCTTTCAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTG 7 11 1 ATAGAAATAAAATAGCCAATAATGACACCGACT 9 118 0 AAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAG 1 274 1 TAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAA 2 41 1 TATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAA 2 233 1 CGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACC 12 173 1 CCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTAT 9 185 1 TCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTA 1 164 1 CATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAA 1 254 1 TGTATATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA 6 5 0 CAAACTTTTCAACACCCATTAAAGGCTTAAAAA 5 153 0 AATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACAT 0 26 0 ATTATTAACAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGT 6 146 0 ATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 9 272 1 TTTCATTAGCGAGTCCAATTAATTTTTTAGGGT 5 33 1 * ********* MAP Score: 17.11 Motif 4 TAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 1 273 1 CGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 9 266 1 TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTA 2 252 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATAT 2 4 1 TGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTA 1 195 0 GCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAA 1 248 1 CAGTTCAATTAAACACTTAAAGAATTATAAAAGGA 3 8 0 ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAAT 2 24 1 TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA 2 49 1 GGTATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGT 2 132 0 CAAATACTTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAG 5 250 0 TATTGGCAATAAACGCTTAATCTACTAGTAAATAAAT 6 51 1 CAAGATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGT 1 55 1 TAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACACTACCGA 6 115 0 ATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGT 1 163 1 TAATTTCTTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCG 5 42 0 TTTGCCAAAAAAGCGCTTAAACAAGTAGTTAGAGTTA 8 13 0 **** ** ** ** MAP Score: 15.8174 Motif 5 AATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTAT 1 192 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA 2 5 1 ATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAA 2 39 1 GGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAA 2 231 1 AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTT 2 253 1 GAAAAATATTTGTTTGGAAATAACAAATACTTAAA 5 275 0 GTTGAGTGCCTTATTGGCAATAAACGCTTAATCTA 6 40 1 ACGCTTAATCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGCT 6 63 1 ACCGAAATAGTGCTGCTAAATTAGCGTGCCTGATT 6 85 0 ATTTCGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCA 6 112 1 ATTTAACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATAT 6 155 1 TTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGG 8 29 1 CATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCT 8 64 1 GAGCGGGGTCTTTTGGGAAATTAATCC 12 2 0 CCGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCT 12 172 1 * * ** ***** * MAP Score: 13.244 Motif 6 CATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATA 1 162 1 ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACAT 1 214 1 GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC 1 247 1 AATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAA 1 261 1 TAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAA 1 273 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAAT 2 5 1 AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGA 2 253 1 AATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAA 2 264 1 CATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCTGTTA 5 80 1 TTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCC 5 121 0 TAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGTA 5 248 0 ATTTGTTTGGAAATAACAAATACTTAAAACA 5 272 0 ACAGGCTTTCAATAAGCAGATAAAAGAAGGG 7 10 1 TAGAATCTTATAAAATCAGAATAGCGTAATT 9 11 0 GATAGAAATAAAATAGCCAATAATGACACCG 9 121 0 CAAAATCTTTAAAAAACAGATTCGTGATAAC 9 151 1 ACCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATG 9 184 1 GCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATA 9 265 1 ***** ***** MAP Score: 8.88669 Motif 7 CATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAA 1 250 1 AAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAA 1 264 1 AATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCTA 2 16 1 ATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTA 2 47 1 TAAAAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTC 5 127 0 CTTAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACA 6 122 0 AATTTAAACAATAACAATTAGTTCAGT 10 5 1 ******** ** MAP Score: 0.597812 Motif 8 TCCAACGTGCACATTAAATGGAAGACAATTAA 0 79 1 CCAAGATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTT 1 54 1 TAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATA 1 158 1 TAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAATTA 1 191 0 CATTTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAA 1 242 1 TAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAAC 1 263 1 AGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGC 2 11 1 TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATG 2 46 1 ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAA 2 238 1 GGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAA 2 259 1 AAAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGC 5 122 0 CTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATATTGACGG 6 161 1 CAAGCTGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGCTCGA 8 66 0 TTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCTCAAACC 12 178 1 * ****** *** MAP Score: 0.135222