AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247077
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	deaD_rpsO	157	deaD: Mycoplasma pneumoniae, ATP-dependent RNA helicase; similar to GenBank Accession Number F64056, from H. influenzae, rpsO: Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus
#1	MG422	45	Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium
#2	MG139	130	Mycoplasma pneumoniae, MG139 homolog, from M. genitalium
#3	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
          GAATTAATACTTGTTGAATTAT	0	0	1
CCCTTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTAT	0	30	0
TGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGG	0	84	0
TTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAAT	0	118	1
ACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAA	0	130	0
    CCCTTAGTCTTATTGATTTTAGTACTAG	1	27	0
CCCCAAGAGCTGTTTAGTCATTTGCTCAAAGA	2	20	1
CAAAGATGAAGATTAACTTATTTATAATTGAT	2	46	1
TATTTATAATTGATTACTGTTTAATTACTGAT	2	64	1
CTTGTAAAGGTATTAACTAATTATTTTGATCT	2	98	1
ACATAGGTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTA	3	24	1
TAAATACATCTGATAACTTATTTTGATTTTGT	3	62	1
TTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTGC	3	145	1
AACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAAGG	3	171	1
GACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCACAAAA	3	208	1
CAAGTTAACTTAATTAATGATTGCTAACCAAC	3	245	0
          ****** * ***
MAP Score: 14.4688

Motif 2
TTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCA	0	24	0
ATTATAAGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGGGTTCAC	0	62	0
TTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAAC	0	118	1
CAAAGATGAAGATTAACTTATTTATAATTGATTAC	2	46	1
TATTTATAATTGATTACTGTTTAATTACTGATACC	2	64	1
GTTTAATTACTGATACCTTGTAAAGGTATTAACTA	2	82	1
CTTGTAAAGGTATTAACTAATTATTTTGATCTTTT	2	98	1
TAAATACATCTGATAACTTATTTTGATTTTGTTAG	3	62	1
TGTTTTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTG	3	141	1
ATTGTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATT	3	164	1
          ** *  **  *****
MAP Score: 7.36324

Motif 3
ACCCCTTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTA	0	31	0
GGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTG	0	85	0
CCACCTTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTAC	0	113	1
TCTTCATCTTTGAGCAAATGACTAAACAGCTCT	2	25	0
TTTTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTG	3	143	1
ATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCACAAA	3	206	1
GCTTAACACTTTGGCACAAAAATGGTGTTGGTT	3	219	1
          ******  * ***
MAP Score: 0.115493