AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247087
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	deaD_rpsO	157	deaD: Mycoplasma pneumoniae, ATP-dependent RNA helicase; similar to GenBank Accession Number F64056, from H. influenzae, rpsO: Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus
#1	MG422	45	Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium
#2	MG139	130	Mycoplasma pneumoniae, MG139 homolog, from M. genitalium
#3	lysS	44	Mycoplasma pneumoniae, lysyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P37477, from B. subtilis
#4	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
          GAATTAATACTTGTTGAATTAT	0	0	1
CCCTTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTAT	0	30	0
TGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGG	0	84	0
TTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAAT	0	118	1
ACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAA	0	130	0
    CCCTTAGTCTTATTGATTTTAGTACTAG	1	27	0
CCCCAAGAGCTGTTTAGTCATTTGCTCAAAGA	2	20	1
CAAAGATGAAGATTAACTTATTTATAATTGAT	2	46	1
TATTTATAATTGATTACTGTTTAATTACTGAT	2	64	1
CTTGTAAAGGTATTAACTAATTATTTTGATCT	2	98	1
AAAATTAAGATAATAATTTTTTAAATTTGTCT	3	19	1
ACATAGGTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTA	4	24	1
TAAATACATCTGATAACTTATTTTGATTTTGT	4	62	1
TTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTGC	4	145	1
AACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAAGG	4	171	1
CAAGTTAACTTAATTAATGATTGCTAACCAAC	4	245	0
          ****** * ***
MAP Score: 14.555

Motif 2
GAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCCCAGT	0	25	1
CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAA	0	82	1
CCCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAAGGG 	1	25	1
CATTTGCTCAAAGATGAAGATTAACTTATTT	2	38	1
ACAGTAATCAATTATAAATAAGTTAATCTTC	2	53	0
 TACTTATAAAAGATCAAAATAATTAGTTAA	2	110	0
 TAATTGCTTAAAATTAAGATAATAATTTTT	3	9	1
   CGAAGACAAATTTAAAAAATTATTATCT	3	26	0
CCTATGTCTAAATATGAAAAA          	4	0	0
TATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTATCAG	4	71	0
TTGCAGTTCCACAATTAAAAAGCCACCCGTT	4	148	0
TGTTTGGTGCATAATGTAAAATTACAAAGC 	4	280	1
          ***** *****
MAP Score: 8.57584

Motif 3
TGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC	0	21	1
GGGGTGAACCCCACAAAATCAGCCCCCAAAC	0	59	1
CCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAAC	0	83	1
AGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAA	0	121	1
TACTAATAACTATCAAAGTCATCT       	0	143	1
ATGACCCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAA	1	21	1
TTACAAGGTATCAGTAATTAAACAGTAATCA	2	74	0
ACTTATAAAAGATCAAAATAATTAGTTAATA	2	108	0
TGCTTAAAATTAAGATAATAATTTTTTAAAT	3	14	1
GTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTA	4	75	0
CTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTTTA	4	118	1
TGGTTAGCAATCATTAATTAAGTTAACTTGC	4	247	1
          *** *******
MAP Score: 2.12465

Motif 4
 GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAA	0	9	1
TGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCCCAGTC	0	24	1
CCTTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAA	0	116	1
  CCCTTAGTCTTATTGATTTTAGTACTAGGGT	1	24	0
TCCCCCAAGAGCTGTTTAGTCATTTGCTCAAAG	2	18	1
TGAAGATTAACTTATTTATAATTGATTACTGTT	2	52	1
ACCTTGTAAAGGTATTAACTAATTATTTTGATC	2	96	1
TTAAAATTAAGATAATAATTTTTTAAATTTGTC	3	17	1
     TTTTTCATATTTAGACATAGGTTGTGTT	4	5	1
TAGGACTATCCATGTAAATACATCTGATAACTT	4	48	1
CTAACAAAATCAAAATAAGTTATCAGATGTATT	4	64	0
CTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAAGGAGG	4	173	1
AGCAAGTTAACTTAATTAATGATTGCTAACCAA	4	246	0
          * ****** * **
MAP Score: 1.77571

Motif 5
CCCCTTGACTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAA	0	28	0
CACCTTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAA	0	114	1
GCTCCCCCAAGAGCTGTTTAGTCATTTGCTCAAAG	2	16	1
ATACCTTGTAAAGGTATTAACTAATTATTTTGATC	2	94	1
GTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCATGTAA	4	30	1
AACTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACACCAAAA	4	76	1
TGTTTTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTG	4	141	1
GTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAAG	4	167	1
GGATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCACAAA	4	204	1
CACAAAAATGGTGTTGGTTAGCAATCATTAATTAA	4	233	1
          * * *  *** ****
MAP Score: 1.59094