AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247099
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	spoT	255	Mycoplasma pneumoniae, stringent response protein SpoT; similar to Swiss-Prot Accession Number P17580, from E. coli
#1	apt	166	Mycoplasma pneumoniae, adenine phosphoribosyltransferase; similar to GenBank Accession Number G64111, from H. influenzae
#2	nox	67	Mycoplasma pneumoniae, NADH oxidase; similar to Swiss-Prot Accession Number P37061, from E. faecalis
#3	pdhB	21	Mycoplasma pneumoniae, pyruvate dehydrogenase E1-beta subunit; similar to Swiss-Prot Accession Number P35488, from A. laidlawii
#4	pdhC	300	Mycoplasma pneumoniae, dihydrolipoamide acetyltransferase component (E2); similar to Swiss-Prot Accession Number P35489, from A. laidlawii

Motif 1
ATGGTTTAAAAAATAAACAGTGGTGGTAGTG	0	85	1
TATAAGCTTCTAAACGACAGTCGCTTAGGGG	0	132	0
TTCCAATCTTTAAGAGCCAGTCAAAGGAAAC	0	213	1
GTTTATTATCTTAAAAACTGTTAAAAGCGTT	1	12	0
GTTTTTAAGATAATAAACAGTGAAACAGAAA	1	25	1
ACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAATTGTTTG	1	128	1
AACTGCAGTAAATGCAACTGTGGCGGTTGCA	4	155	1
CGTTTTAGATAAAAAGCCAGTCGTAAGACTG	4	223	1
TAATGCAAATAAAAAACCAGTCTTACGACTG	4	240	0
TTTTAGATTTAAAGCAAAAGTAATGCAAATA	4	260	0
TAAATCTAAAATTAAAACAGTTTTTATATC 	4	280	1
          *** *******
MAP Score: 11.261

Motif 2
TTGGGCCTGTTTGGAATTATTTTTGGTAGTTATA	0	159	0
TGGAATTATCCTGGTCTTAGCTTTTTTGGGCCTG	0	184	0
   GAAACGCTTTTAACAGTTTTTAAGATAATAA	1	7	1
TTTTACGACATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTG	1	116	1
CCGCACTTAACTAAACTTAGTTTGGCGTGAAAAT	2	17	1
AATCAATGTCTTAAGATTAATATTTTCACGCCAA	2	38	0
 TCAAGCCATTTGAAATAAGTTTGGGGTTTGTTA	4	9	1
GTTAGAATAATTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAA	4	39	1
TTAGAGAAATTTCGCCTTATTTTTGGCAGCATTT	4	185	0
TAAGGCGAAATTTCTCTAAATTTCGTTTTAGATA	4	200	1
AAAACCAGTCTTACGACTGGCTTTTTATCTAAAA	4	225	0
TGGTTTTTTATTTGCATTACTTTTGCTTTAAATC	4	252	1
AAATCTAAAATTAAAACAGTTTTTATATC     	4	281	1
          **   **** ****
MAP Score: 7.21207

Motif 3
TTTTTTAAACCATAAGTCCAAGGACGCTAAC	0	67	0
AACTACCAAAAATAATTCCAAACAGGCCCAA	0	162	1
AAACAGGCCCAAAAAAGCTAAGACCAGGATA	0	181	1
CTAAGACCAGGATAATTCCAATCTTTAAGAG	0	198	1
ACAGTGAAACAGAAACTCCAAGCGCTTGATC	1	41	1
TCTTTTACGACATTACGCCAATTTTTTTAAA	1	114	1
AACTAGGTGCAATTATTCTAACAAACCCCAA	4	30	0
AGCTAACTGCAGTAAATGCAACTGTGGCGGT	4	151	1
TGCTGCCAAAAATAAGGCGAAATTTCTCTAA	4	188	1
TTAAAGCAAAAGTAATGCAAATAAAAAACCA	4	252	0
          ***** *****
MAP Score: 5.11267

Motif 4
GCTGCCATTGCCGTCCTTTTTCTGGGTAGG	0	25	1
CCACCACTGTTTATTTTTTAAACCATAAGT	0	81	0
TATCCTGGTCTTAGCTTTTTTGGGCCTGTT	0	182	0
CAGGATAATTCCAATCTTTAAGAGCCAGTC	0	205	1
TCAAAGGAAACCCGCTTTTTCAGTCCCACT	0	233	1
AACGCTTTTAACAGTTTTTAAGATAATAAA	1	12	1
CGACATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGA	1	121	1
ATAATTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAG	4	45	1
CCTAGCCTTCTCAACTTTTAGTTAAAAAAA	4	59	0
CTAGGGAACACCATTTATTTCATATTAAGA	4	84	1
AGTCTTACGACTGGCTTTTTATCTAAAACG	4	223	0
AGTCGTAAGACTGGTTTTTTATTTGCATTA	4	241	1
TAAAATTAAAACAGTTTTTATATC      	4	286	1
          **********
MAP Score: 4.83665

Motif 5
TTTTTAAACCATAAGTCCAAGGACGCTAAC	0	67	0
GTAGTGTTCAACGGTTCCACTACCACCACT	0	103	0
ACTACCAAAAATAATTCCAAACAGGCCCAA	0	163	1
ATAATTCCAAACAGGCCCAAAAAAGCTAAG	0	173	1
TAAGACCAGGATAATTCCAATCTTTAAGAG	0	199	1
ACCCGCTTTTTCAGTCCCACTGG       	0	242	1
GTTTGTTAGAATAATTGCACCTAGTTTTTT	4	35	1
AAGAAATGCTGTGGTTGCAAAACCGAAACA	4	122	1
TGCAACCGCCACAGTTGCATTTACTGCAGT	4	156	0
TGCAACTGTGGCGGTTGCAAATGCTGCCAA	4	167	1
          **********
MAP Score: 4.39882

Motif 6
ACCGCTGCCATTGCCGTCCTTTTTCTGGGTAGGA	0	22	1
GTTAGCGTCCTTGGACTTATGGTTTAAAAAATAA	0	67	1
GTTCCACTACCACCACTGTTTATTTTTTAAACCA	0	86	0
TTGGGCCTGTTTGGAATTATTTTTGGTAGTTATA	0	159	0
GCGGGTTTCCTTTGACTGGCTCTTAAAGATTGGA	0	214	0
GGAGTTTCTGTTTCACTGTTTATTATCTTAAAAA	1	26	0
TTAGAGAAATTTCGCCTTATTTTTGGCAGCATTT	4	185	0
AAACCAGTCTTACGACTGGCTTTTTATCTAAAAC	4	224	0
TGGTTTTTTATTTGCATTACTTTTGCTTTAAATC	4	252	1
          ** ****  ** **
MAP Score: 2.73117

Motif 7
GCTAACAAGGAGTTAGATCCTACCCAGAAAAAGGA	0	38	0
TTTTGGTAGTTATAAGCTTCTAAACGACAGTCGCT	0	138	0
TTTAACAGTTTTTAAGATAATAAACAGTGAAACAG	1	18	1
CAAGCGCTTGATCGAGCTATTAAGCGATTTAATGA	1	59	1
CAGTGAATTGTTTGAGTTTGTACTGGAACAA    	1	145	1
CCTTCTCAACTTTTAGTTAAAAAAACTAGGTGCAA	4	49	0
TTTATTTCATATTAAGATGGAAGACAAGAAATGCT	4	97	1
CTAAATTTCGTTTTAGATAAAAAGCCAGTCGTAAG	4	215	1
ACTGTTTTAATTTTAGATTTAAAGCAAAAGTAATG	4	266	0
          *** ** *  *** *
MAP Score: 2.5687

Motif 8
       TTCAGTATTGTTACCGCTGCCATTG	0	3	1
ACCACTGTTTATTTTTTAAACCATAAGTCCAA	0	77	0
AAACAGTGGTGGTAGTGGAACCGTTGAACACT	0	99	1
CATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAATTGT	1	124	1
AATTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAGTTGA	4	47	1
TAGCTGTTTCGGTTTTGCAACCACAGCATTTC	4	124	0
ATTTTTGGCAGCATTTGCAACCGCCACAGTTG	4	169	0
AAATTAAAACAGTTTTTATATC          	4	288	1
          * ***** ****
MAP Score: 0.602647