AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247113
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	spoT_MG277	255	spoT: Mycoplasma pneumoniae, stringent response protein SpoT; similar to Swiss-Prot Accession Number P17580, from E. coli, MG277: Mycoplasma pneumoniae, MG277 homolog, from M. genitalium
#1	apt	166	Mycoplasma pneumoniae, adenine phosphoribosyltransferase; similar to GenBank Accession Number G64111, from H. influenzae
#2	nox	67	Mycoplasma pneumoniae, NADH oxidase; similar to Swiss-Prot Accession Number P37061, from E. faecalis
#3	pdhB	21	Mycoplasma pneumoniae, pyruvate dehydrogenase E1-beta subunit; similar to Swiss-Prot Accession Number P35488, from A. laidlawii
#4	pdhC	300	Mycoplasma pneumoniae, dihydrolipoamide acetyltransferase component (E2); similar to Swiss-Prot Accession Number P35489, from A. laidlawii

Motif 1
GTTAGCGTCCTTGGACTTATGGTTTAAAAAATAAA	0	67	1
TTGGGCCTGTTTGGAATTATTTTTGGTAGTTATAA	0	158	0
CTCTTAAAGATTGGAATTATCCTGGTCTTAGCTTT	0	194	0
CCGCACTTAACTAAACTTAGTTTGGCGTGAAAATA	2	17	1
AATCAATGTCTTAAGATTAATATTTTCACGCCAAA	2	37	0
  TCAAGCCATTTGAAATAAGTTTGGGGTTTGTTA	4	8	1
ACCTAGTTTTTTTAACTAAAAGTTGAGAAGGCTAG	4	53	1
CACCATTTATTTCATATTAAGATGGAAGACAAGAA	4	92	1
TTAGAGAAATTTCGCCTTATTTTTGGCAGCATTTG	4	184	0
TGGTTTTTTATTTGCATTACTTTTGCTTTAAATCT	4	252	1
          ** * ****   ***
MAP Score: 10.7835

Motif 2
TGCAAAACCGAAACAGCTAACTGCAGTAAA	4	137	1
CAATTTTTTTAAACAGTGAATTGTTTGAGT	1	132	1
TTAAGATAATAAACAGTGAAACAGAAACTC	1	29	1
AACAGGCCCAAAAAAGCTAAGACCAGGATA	0	182	1
AGTGGGACTGAAAAAGCGGGTTTCCTTTGA	0	233	0
TTTAAAAAATAAACAGTGGTGGTAGTGGAA	0	89	1
CGTTTTAGATAAAAAGCCAGTCGTAAGACT	4	223	1
ATTATCTTAAAAACTGTTAAAAGCGTTTC 	1	9	0
TCTAAAATTAAAACAGTTTTTATATC    	4	284	1
TTTTTTTAACTAAAAGTTGAGAAGGCTAGG	4	59	1
CTTTTAGTTAAAAAAACTAGGTGCAATTAT	4	45	0
TCACTGTTTAAAAAAATTGGCGTAATGTCG	1	121	0
TAATGCAAATAAAAAACCAGTCTTACGACT	4	241	0
GTTTGGCGTGAAAATATTAATCTTAAGACA	2	36	1
          **********
MAP Score: 7.72169

Motif 3
TTCCACTACCACCACTGTTTATTTTTTAAACCAT	0	85	0
CAGTCAAAGGAAACCCGCTTTTTCAGTCCCACTG	0	230	1
TTACGACATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAA	1	118	1
ATTCTAACAAACCCCAAACTTATTTCAAATGGCT	4	13	0
TAGAATAATTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAG	4	41	1
AAGGCTAGGGAACACCATTTATTTCATATTAAGA	4	80	1
CGGTTTTGCAACCACAGCATTTCTTGTCTTCCAT	4	113	0
AACCAGTCTTACGACTGGCTTTTTATCTAAAACG	4	223	0
AGCCAGTCGTAAGACTGGTTTTTTATTTGCATTA	4	237	1
ATCTAAAATTAAAACAGTTTTTATATC       	4	283	1
          ** ** *  *****
MAP Score: 6.66687

Motif 4
AGTGGTGGTAGTGGAACCGTTGAACACTAC	0	103	1
CTCTTAAAGATTGGAATTATCCTGGTCTTA	0	199	0
TTGGGCCTGTTTGGAATTATTTTTGGTAGT	0	163	0
TGTTTCGGTTTTGCAACCACAGCATTTCTT	4	122	0
TTGGCAGCATTTGCAACCGCCACAGTTGCA	4	167	0
AAAAAACTAGGTGCAATTATTCTAACAAAC	4	35	0
ACTGCAGTAAATGCAACTGTGGCGGTTGCA	4	156	1
GTTAGCGTCCTTGGACTTATGGTTTAAAAA	0	67	1
CTTAGCTTTTTTGGGCCTGTTTGGAATTAT	0	173	0
          **********
MAP Score: 4.32514

Motif 5
TGTTTATTTTTTAAACCATAAGTCCAAGGA	0	74	0
TTAAAAACTGTTAAAAGCGTTTC       	1	3	0
AATAGCTCGATCAAGCGCTTGGAGTTTCTG	1	50	0
GATCGAGCTATTAAGCGATTTAATGACTTT	1	68	1
GAATCCTCTTTTACGACATTACGCCAATTT	1	108	1
CAGTACAAACTCAAACAATTCACTGTTTAA	1	140	0
AATATTAATCTTAAGACATTGATTACGAT 	2	48	1
          TCAAGCCATTTGAAATAAGT	4	0	1
AAATCTAAAATTAAAACAGTTTTTATATC 	4	281	1
          **********
MAP Score: 2.67612

Motif 6
CCACTGTTTATTTTTTAAACCATAAGTCCA	0	78	0
TTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAATTGT	1	126	1
TTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAGTTGA	4	49	1
ATTAAAACAGTTTTTATATC          	4	290	1
CTAGGTGCAATTATTCTAACAAACCCCAAA	4	29	0
          **********
MAP Score: 2.04617

Motif 7
ATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAATTGTT	1	125	1
AAATTTCGCCTTATTTTTGGCAGCATTTGCAA	4	181	0
TTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAGTTGAGA	4	49	1
CTGTTTGGAATTATTTTTGGTAGTTATAAGCT	0	155	0
CCACTGTTTATTTTTTAAACCATAAGTCCAAG	0	76	0
CCGGGAATCCTCTTTTACGACATTACGCCAAT	1	104	1
ATTGCCGTCCTTTTTCTGGGTAGGATCTAACT	0	31	1
GCTTTTAACAGTTTTTAAGATAATAAACAGTG	1	15	1
GACTGGTTTTTTATTTGCATTACTTTTGCTTT	4	249	1
TCTCTAAATTTCGTTTTAGATAAAAAGCCAGT	4	212	1
TGGTCTTAGCTTTTTTGGGCCTGTTTGGAATT	0	175	0
AAGTTTGGGGTTTGTTAGAATAATTGCACCTA	4	26	1
AAACAGTGAATTGTTTGAGTTTGTACTGGAAC	1	142	1
          ******* * **
MAP Score: 1.67615

Motif 8
CGTCCTTGGACTTATGGTTTAAAAAATAAACAG	0	72	1
TGTTTCACTGTTTATTATCTTAAAAACTGTTAA	1	19	0
CGACATTACGCCAATTTTTTTAAACAGTGAATT	1	121	1
ATAATTGCACCTAGTTTTTTTAACTAAAAGTTG	4	45	1
CTAGGGAACACCATTTATTTCATATTAAGATGG	4	84	1
GAAATTTCGCCTTATTTTTGGCAGCATTTGCAA	4	181	0
TTACGACTGGCTTTTTATCTAAAACGAAATTTA	4	216	0
GTAAGACTGGTTTTTTATTTGCATTACTTTTGC	4	245	1
ATTTGCATTACTTTTGCTTTAAATCTAAAATTA	4	261	1
          *** ** *** **
MAP Score: 1.12892

Motif 9
TGTTTGGAATTATTTTTGGTAGTTATAAGCTTCT	0	152	0
CTTTTTTGGGCCTGTTTGGAATTATTTTTGGTAG	0	164	0
ACTGGCTCTTAAAGATTGGAATTATCCTGGTCTT	0	200	0
TTAACTAAACTTAGTTTGGCGTGAAAATATTAAT	2	23	1
CCATTTGAAATAAGTTTGGGGTTTGTTAGAATAA	4	15	1
ACTGCAGTTAGCTGTTTCGGTTTTGCAACCACAG	4	130	0
GAAATTTAGAGAAATTTCGCCTTATTTTTGGCAG	4	190	0
GAAATTTCTCTAAATTTCGTTTTAGATAAAAAGC	4	206	1
TTTATTTGCATTACTTTTGCTTTAAATCTAAAAT	4	258	1
AAAACTGTTTTAATTTTAGATTTAAAGCAAAAGT	4	270	0
          *** *** *  ***
MAP Score: 0.623114