AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247126
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	polC	277	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III (dnaE) alpha chain; similar to Swiss-Prot Accession Number P13267, from B. subtilis
#1	frr	76	Mycoplasma pneumoniae, ribosome releasing factor; similar to GenBank Accession Number D64095, from H. influenzae
#2	E30_orf352	300	Mycoplasma pneumoniae, E30_orf352 Protein
#3	tsf	86	Mycoplasma pneumoniae, elongation factor Ts; similar to Swiss-Prot Accession Number P19216, from S. citri
#4	recA	73	Mycoplasma pneumoniae, recombination protein RecA
#5	nifS	203	Mycoplasma pneumoniae, nitrogen fixation protein; similar to GenBank Accession Number I64114, from H. influenzae
#6	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
AAAGTTGGGTACACTACCACTAGCAACAGAGGAA	0	37	1
TTCATTTCAACCACTACCTTTTTCAAGTTCCCGA	0	136	0
CGTTGAATTTCCGCAACCGCTTTCCATTAAAATA	1	31	1
GCACATTTAACCGAAACCCAATTCCCTAAAATTG	2	13	1
GATTTTAATGCCGCGACCAAAGTCTTGAATTATT	2	78	0
CAACTGTAAGGCACTACCAATCGCGGCTTGGTCG	5	12	1
AAATCCCTTAACACAACCTATGTCTAAATATGAA	6	13	0
TGATTGCTAACCAACACCATTTTTGTGCCAAAGT	6	226	0
          **** ***  * **
MAP Score: 9.69076

Motif 2
ATAATTTAACGCCTGAATAAAGTG      	1	62	1
TTCAAGCTCAACATTAATAATTCAAGACTT	2	63	1
  AAAAATTTGCCTTAATTATCTAAAAAAA	4	8	1
TGCTATAATTTACTTAATTATAAAGTGGCT	5	128	0
ATTGATTATTTCCTTAAAAAGACTTGTTTA	5	182	1
AACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAA	6	171	1
ATTGTCATCCTCCTTAATAAGAATTATTAA	6	184	0
TGGTTAGCAATCATTAATTAAGTTAACTTG	6	247	1
          **********
MAP Score: 6.82306

Motif 3
TGGTGTTCAAACCTAAAAAAAGGTTTGCTA	0	104	0
AGGTTTGAACACCAAATCGGGAACTTGAAA	0	120	1
AATCGGGAACTTGAAAAAGGTAGTGGTTGA	0	134	1
CATTTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGT	0	184	1
ATTGAATTCAACGAAAACAATTCAAGCTCA	2	43	1
GAACACTTTATCCAAAACGAAAGTAAGGAA	2	112	1
GGAAGGTAGCATCAAAACAATTCAA     	2	285	1
TGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACTTGGA	3	12	0
CGATTTTTGTACCTAATAAATATTAAATTT	3	57	0
        TAATGTAATCGATTTTTGTACC	3	74	0
TGCCTTAATTATCTAAAAAAATGGCGTTTT	4	17	1
TCTAAATTGATTCAAAAAGGGAAAAACGCC	4	39	0
AATTTAGATGATGTAAACGACA        	4	61	1
TCTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTT	6	117	1
TACATTATGCACCAAACAGAGCAAGTTAAC	6	268	0
          **********
MAP Score: 5.25178

Motif 4
AGTTTTACAAATCAGCAAGGTACTTTTATTCCT	2	229	1
AGTAAAACTGAACTGGAAGGTAGCATCAAAACA	2	271	1
       CCCAACTGTAAGGCACTACCAATCGC	5	3	1
ATAGAGCAAAAGCTGTAAGCCACTTTATAATTA	5	111	1
TCTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTTTAA	6	117	1
CAGTTCCACAATTAAAAAGCCACCCGTTAAAAA	6	143	0
TTAATTGTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTC	6	161	1
          * *** *** ***
MAP Score: 4.57936

Motif 5
TAGCAACAGAGGAAATTTAAACGAGATCTT	0	57	1
TAAACTTAGGTGAGATTGCAAGATCTCGTT	0	76	0
CACCAAATCGGGAACTTGAAAAAGGTAGTG	0	129	1
TTATAAGCTTTGAACTAGCACAT       	0	264	1
AAGCGGTTGCGGAAATTCAACGACAATGTA	1	23	0
CCCAATTCCCTAAAATTGAATTCAACGAAA	2	29	1
TTATTAATGTTGAGCTTGAATTGTTTTCGT	2	53	0
GGAGTAAAACTGAACTGGAAGGTAGCATCA	2	269	1
GAATTATTAAGGAGCTTGCAGTTCCACAAT	6	164	0
          **********
MAP Score: 4.27844

Motif 6
CTAGCAACAGAGGAAATTTAAACGAGATCTTGCAA	0	56	1
CTAACCATTTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGT	0	179	1
TCAGGCGTTAAATTATTTTAATGGAAAGCGGTTGC	1	43	0
AATTCCCTAAAATTGAATTCAACGAAAACAATTCA	2	32	1
GTAAGTTTGGCACTGGTTTAAAGGATGCAATTGCT	2	167	1
GAATCAATTTAGATGATGTAAACGACA        	4	56	1
    TTAAACAAGTCTTTTTAAGGAAATAATCAAT	5	182	0
ATTTAGACATAGGTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGA	6	18	1
CCAAAAAGTCACCTGTTTTTAACGGGTGGCTTTTT	6	128	1
GCTCCTTAATAATTCTTATTAAGGAGGATGACAAT	6	179	1
          ** *  * * *****
MAP Score: 4.10626

Motif 7
AAAGGTAGTGGTTGAAATGAACCTAGTTAACTAACCATT	0	149	1
CCATTTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGTAAACTAAT	0	183	1
CCGCAACCGCTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAAT	1	41	1
ATTCCCTAAAATTGAATTCAACGAAAACAATTCAAGCTC	2	33	1
AATCGAACACTTTATCCAAAACGAAAGTAAGGAAAAGGT	2	108	1
TAAGGAAAAGGTTCAAAGTGAAAAAACTATTGGTAAGTT	2	135	1
TCACTTTGATATTAGTGCGAAATAAAACAGCAATTGCAT	2	191	0
CAAAGTGAGTTTTACAAATCAGCAAGGTACTTTTATTCC	2	222	1
GAACTGGAAGGTAGCATCAAAACAATTCAA         	2	280	1
GTAATCGATTTTTGTACCTAATAAATATTAAATTTAAGC	3	53	0
AAACGCCATTTTTTTAGATAATTAAGGCAAATTTTT   	4	7	0
TGTAAGCCACTTTATAATTAAGTAAATTATAGCAACGCT	5	124	1
TAAACAAGTCTTTTTAAGGAAATAATCAATGGTAAAAGT	5	173	0
GGATTTTGGTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTA	6	75	0
          ***  *   **  **  **
MAP Score: 3.30293

Motif 8
CAACAGAGGAAATTTAAACGAGATCTTGCAATCTCA	0	60	1
AACGATCAAGATAGTAAACTAATACCGTCGGGTAAC	0	199	1
GGTAACAGTTAGATAAAGCTATTACCTTTTCAGTTT	0	229	1
CGGAAATTCAACGACAATGTAAAACACGGACTAA  	1	8	0
AGCACATTTAACCGAAACCCAATTCCCTAAAATTGA	2	12	1
TGGTCGCGGCATTAAAATCGAACACTTTATCCAAAA	2	93	1
TGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACTTGGAAT    	3	6	0
TTTATTAGGTACAAAAATCGATTACATTA       	3	67	1
      CCCAACTGTAAGGCACTACCAATCGCGGCT	5	4	1
AAAATCCCTTAACACAACCTATGTCTAAATATGAAA	6	12	0
TAGCAATAACACCAAAATCCACATCTAAAGCAAACC	6	94	1
TTAATTAATGATTGCTAACCAACACCATTTTTGTGC	6	232	0
          *  * ** ***  ***
MAP Score: 3.12236

Motif 9
CGATTTGGTGTTCAAACCTAAAAAAAGGTTTGCTAAACTTAGGTG	0	94	0
CCGCAACCGCTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAATAAAGTG	1	41	1
GCTTGAATTGTTTTCGTTGAATTCAATTTTAGGGAATTGGGTTTC	2	25	0
AAGGAAAAGGTTCAAAGTGAAAAAACTATTGGTAAGTTTGGCACT	2	136	1
GTTTTTCCCTTTTTGAATCAATTTAGATGATGTAAACGACA    	4	42	1
TGTAAGCCACTTTATAATTAAGTAAATTATAGCAACGCTGTCAAA	5	124	1
TAAACAAGTCTTTTTAAGGAAATAATCAATGGTAAAAGTACGCTT	5	167	0
TTTGGTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTATCAGATGTAT	6	65	0
          **   *   ** * *    * *  *
MAP Score: 3.02921

Motif 10
CAATAAATAGCAATCGTTTATGGCATTAAAGTTGGGTACACTACCA	0	10	1
ACCACTAGCAACAGAGGAAATTTAAACGAGATCTTGCAATCTCACC	0	52	1
TGCAATCTCACCTAAGTTTAGCAAACCTTTTTTTAGGTTTGAACAC	0	86	1
TTTGAACACCAAATCGGGAACTTGAAAAAGGTAGTGGTTGAAATGA	0	123	1
ATTTCCGCAACCGCTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAATAAA	1	37	1
AAAGTAAGGAAAAGGTTCAAAGTGAAAAAACTATTGGTAAGTTTGG	2	131	1
GTAAGTTTGGCACTGGTTTAAAGGATGCAATTGCTGTTTTATTTCG	2	167	1
AGCCTGTTAGCAATTGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACTTGGAAT	3	10	0
CAATTGCTAACAGGCTTAAATTTAATATTTATTAGGTACAAAAATC	3	40	1
TGGCGTTTTTCCCTTTTTGAATCAATTTAGATGATGTAAACGACA 	4	38	1
CGCGAAGAACGCTTGGGTGAGGGGAAACAGATAGAGCAAAAGCTGT	5	81	1
AAGCTGTAAGCCACTTTATAATTAAGTAAATTATAGCAACGCTGTC	5	120	1
CATATTTAGACATAGGTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCAT	6	15	1
          **   **  *   **   *  *   *
MAP Score: 2.46648

Motif 11
TGGGTACACTACCACTAGCAACAGAGGAAATTTAAACGA	0	42	1
TTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGTAAACTAATACCG	0	187	1
AATTATTTTAATGGAAAGCGGTTGCGGAAATTCAACGAC	1	29	0
AGCACATTTAACCGAAACCCAATTCCCTAAAATTGAATT	2	12	1
TGGTCGCGGCATTAAAATCGAACACTTTATCCAAAACGA	2	93	1
TTTATTAGGTACAAAAATCGATTACATTA          	3	67	1
AAAATCCCTTAACACAACCTATGTCTAAATATGAAAAA 	6	9	0
AGGGATTTTTAGGACTATCCATGTAAATACATCTGATAA	6	39	1
TTTTGGTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTATCA	6	72	0
TAGCAATAACACCAAAATCCACATCTAAAGCAAACCAAA	6	94	1
TAATTGTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAA	6	162	1
          *  **** * *   *  **
MAP Score: 1.22368

Motif 12
TAGCAAACCTTTTTTTAGGTTTGAACACCAAATC	0	104	1
CCTTTTCAGTTTTATAAGCTTTGAACTAGCACAT	0	253	1
AAATTTAATATTTATTAGGTACAAAAATCGATTA	3	57	1
CCTTGGGTGCTTGGTACGCGAAGAACGCTTGGGT	5	65	1
TAAACAAGTCTTTTTAAGGAAATAATCAATGGTA	5	178	0
TTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACACCAAAATC	6	79	1
AAAAATGGTGTTGGTTAGCAATCATTAATTAAGT	6	236	1
          *** ***** *  *
MAP Score: 0.193654