AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247151
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	polC	277	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III (dnaE) alpha chain; similar to Swiss-Prot Accession Number P13267, from B. subtilis
#1	frr	76	Mycoplasma pneumoniae, ribosome releasing factor; similar to GenBank Accession Number D64095, from H. influenzae
#2	E30_orf352	300	Mycoplasma pneumoniae, E30_orf352 Protein
#3	tsf	86	Mycoplasma pneumoniae, elongation factor Ts; similar to Swiss-Prot Accession Number P19216, from S. citri
#4	recA	73	Mycoplasma pneumoniae, recombination protein RecA
#5	nifS	203	Mycoplasma pneumoniae, nitrogen fixation protein; similar to GenBank Accession Number I64114, from H. influenzae
#6	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
AGCAAACCTTTTTTTAGGTTTGAACACCAAATCGG	0	105	1
CTTTTCAGTTTTATAAGCTTTGAACTAGCACAT  	0	254	1
TGAGCTTGAATTGTTTTCGTTGAATTCAATTTTAG	2	38	0
AAGTCTTGAATTATTAATGTTGAGCTTGAATTGTT	2	58	0
TACCAATAGTTTTTTCACTTTGAACCTTTTCCTTA	2	135	0
AAAAAACTATTGGTAAGTTTGGCACTGGTTTAAAG	2	155	1
ATGCAATTGCTGTTTTATTTCGCACTAATATCAAA	2	191	1
CAAGGTACTTTTATTCCTGTAGAACGGAGTAAAAC	2	244	1
CTTGGGTGCTTGGTACGCGAAGAACGCTTGGGTGA	5	66	1
TAACTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACACCAAA	6	75	1
ACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTGCAAGCTCC	6	149	1
AGGATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCACAA	6	203	1
 GCTTTGTAATTTTACATTATGCACCAAACAGAGC	6	276	0
          ** **   ** ****
MAP Score: 11.5543

Motif 2
AGCAAACCTTTTTTTAGGTTTGAACACCAAATCGGG	0	105	1
GTTTACTATCTTGATCGTTTTGAAAACTTAAATGGT	0	182	0
AGGTAATAGCTTTATCTAACTGTTACCCGACGGTAT	0	220	0
          TTAGTCCGTGTTTTACATTGTCGTTG	1	0	1
TACCAATAGTTTTTTCACTTTGAACCTTTTCCTTAC	2	134	0
GAAAAAACTATTGGTAAGTTTGGCACTGGTTTAAAG	2	154	1
AAAACTCACTTTGATATTAGTGCGAAATAAAACAGC	2	199	0
GTCCTCCTTTTTCATCATTTTGCCAATTGCTAACAG	3	17	1
AAAAATGGCGTTTTTCCCTTTTTGAATCAATTTAGA	4	33	1
CTTACAGCTTTTGCTCTATCTGTTTCCCCTCACCCA	5	94	0
          TTTTTCATATTTAGACATAGGTTGTG	6	0	1
AACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTGCAAGCTCC	6	148	1
TTAAGTTAACTTGCTCTGTTTGGTGCATAATGTAAA	6	264	1
          **  **  ****  **
MAP Score: 7.60097

Motif 3
TACCACTAGCAACAGAGGAAATTTAAACGAG	0	51	1
CTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAATA	1	50	1
AATTCAACGAAAACAATTCAAGCTCAACATT	2	47	1
AGCTCAACATTAATAATTCAAGACTTTGGTC	2	67	1
TCCAAAACGAAAGTAAGGAAAAGGTTCAAAG	2	122	1
GCACTGGTTTAAAGGATGCAATTGCTGTTTT	2	176	1
ATTCCTGTAGAACGGAGTAAAACTGAACTGG	2	256	1
GGTAGCATCAAAACAATTCAA          	2	289	1
GCAATTGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACT	3	16	0
TTTTTTAGATAATTAAGGCAAATTTTT    	4	6	0
ACATCATCTAAATTGATTCAAAAAGGGAAAA	4	44	0
GCCACTTTATAATTAAGTAAATTATAGCAAC	5	129	1
AGCAATCATTAATTAAGTTAACTTGCTCTGT	6	252	1
          ** ********
MAP Score: 7.19195

Motif 4
AACAGAGGAAATTTAAACGAGATCTTGCAA	0	61	1
AACTAGGTTCATTTCAACCACTACCTTTTT	0	147	0
CGGTTGCGGAAATTCAACGACAATGTAAAA	1	20	0
   TGAGCACATTTAACCGAAACCCAATTC	2	7	1
CCTAAAATTGAATTCAACGAAAACAATTCA	2	37	1
CAATTGCATCCTTTAAACCAGTGCCAAACT	2	170	0
        TAATGTAATCGATTTTTGTACC	3	74	0
AATTTAGATGATGTAAACGACA        	4	61	1
          **********
MAP Score: 6.77456

Motif 5
CAAACTTACCAATAGTTTTTTCACTTTGAACCTTTTCC	2	138	0
ACAAATCAGCAAGGTACTTTTATTCCTGTAGAACGGAG	2	235	1
CGTTAAAAACAGGTGACTTTTTGGTTTGCTTTAGATGT	6	114	0
AAGTTTAGCAAACCTTTTTTTAGGTTTGAACACCAAAT	0	99	1
    TAATGTAATCGATTTTTGTACCTAATAAATATTA	3	62	0
AGGTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCATGTAAA	6	28	1
CTGAAAAGGTAATAGCTTTATCTAACTGTTACCCGACG	0	224	0
ACGCTGTCAAAGCGTACTTTTACCATTGATTATTTCCT	5	158	1
TATCTAAAAAAATGGCGTTTTTCCCTTTTTGAATCAAT	4	26	1
GCTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAATAAAGTG 	1	49	1
ATACATCTGATAACTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAA	6	65	1
TTTGCTTTAGATGTGGATTTTGGTGTTATTGCTAACAA	6	90	0
          **  *  ****    ***
MAP Score: 5.51841

Motif 6
TGGTGTTCAAACCTAAAAAAAGGTTTGCTA	0	104	0
AGGTTTGAACACCAAATCGGGAACTTGAAA	0	120	1
AATCGGGAACTTGAAAAAGGTAGTGGTTGA	0	134	1
CATTTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGT	0	184	1
ATTGAATTCAACGAAAACAATTCAAGCTCA	2	43	1
GAACACTTTATCCAAAACGAAAGTAAGGAA	2	112	1
GGAAGGTAGCATCAAAACAATTCAA     	2	285	1
TGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACTTGGA	3	12	0
CGATTTTTGTACCTAATAAATATTAAATTT	3	57	0
        TAATGTAATCGATTTTTGTACC	3	74	0
TGCCTTAATTATCTAAAAAAATGGCGTTTT	4	17	1
TCTAAATTGATTCAAAAAGGGAAAAACGCC	4	39	0
AATTTAGATGATGTAAACGACA        	4	61	1
TCTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTT	6	117	1
TACATTATGCACCAAACAGAGCAAGTTAAC	6	268	0
          **********
MAP Score: 5.25178

Motif 7
AGTTTTACAAATCAGCAAGGTACTTTTATTCCT	2	229	1
AGTAAAACTGAACTGGAAGGTAGCATCAAAACA	2	271	1
       CCCAACTGTAAGGCACTACCAATCGC	5	3	1
ATAGAGCAAAAGCTGTAAGCCACTTTATAATTA	5	111	1
TCTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTTTAA	6	117	1
CAGTTCCACAATTAAAAAGCCACCCGTTAAAAA	6	143	0
TTAATTGTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTC	6	161	1
          * *** *** ***
MAP Score: 4.57936

Motif 8
ATCGTTTATGGCATTAAAGTTGGGTACACTACCACT	0	22	1
GTTTTCAAAACGATCAAGATAGTAAACTAATACCGT	0	191	1
TAGTTCAAAGCTTATAAAACTGAAAAGGTAATAGCT	0	245	0
CAACCGCTTTCCATTAAAATAATTTAACGCCTGAAT	1	44	1
AAATTGAATTCAACGAAAACAATTCAAGCTCAACAT	2	41	1
TTTGGTCGCGGCATTAAAATCGAACACTTTATCCAA	2	91	1
ATATTAGTGCGAAATAAAACAGCAATTGCATCCTTT	2	186	0
CCTGTAGAACGGAGTAAAACTGAACTGGAAGGTAGC	2	259	1
CTGGAAGGTAGCATCAAAACAATTCAA         	2	283	1
TATTTATTAGGTACAAAAATCGATTACATTA     	3	65	1
CCTTAATTATCTAAAAAAATGGCGTTTTTCCCTTTT	4	19	1
GGTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTATCAG	6	71	0
AAAAGCCACCCGTTAAAAACAGGTGACTTTTTGGTT	6	126	0
TAACACTTTGGCACAAAAATGGTGTTGGTTAGCAAT	6	222	1
          * *  ***** * * *
MAP Score: 4.186

Motif 9
    CAATAAATAGCAATCGTTTATGGCATTAAAGTTG	0	6	1
TCTTGATCGTTTTGAAAACTTAAATGGTTAGTTAACTA	0	172	0
AACGATCAAGATAGTAAACTAATACCGTCGGGTAACAG	0	199	1
AAGCTTATAAAACTGAAAAGGTAATAGCTTTATCTAAC	0	236	0
AATTGAATTCAACGAAAACAATTCAAGCTCAACATTAA	2	42	1
AAACGAAAGTAAGGAAAAGGTTCAAAGTGAAAAAACTA	2	126	1
TATTAGTGCGAAATAAAACAGCAATTGCATCCTTTAAA	2	183	0
         TAATGTAATCGATTTTTGTACCTAATAAA	3	67	0
TTGATTCAAAAAGGGAAAAACGCCATTTTTTTAGATAA	4	25	0
CGCTTGGGTGAGGGGAAACAGATAGAGCAAAAGCTGTA	5	90	1
AAGTCTTTTTAAGGAAATAATCAATGGTAAAAGTACGC	5	169	0
ATCCACATCTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTTT	6	110	1
GCAGTTCCACAATTAAAAAGCCACCCGTTAAAAACAGG	6	139	0
TTTGGTGCATAATGTAAAATTACAAAGC          	6	282	1
          ** * ****    *  **
MAP Score: 3.98077

Motif 10
         CAATAAATAGCAATCGTTTATGG	0	1	1
TTGGGTACACTACCACTAGCAACAGAGGAAAT	0	41	1
TTTAAGTTTTCAAAACGATCAAGATAGTAAAC	0	186	1
TTGGTCGCGGCATTAAAATCGAACACTTTATC	2	92	1
TTTTATTTCGCACTAATATCAAAGTGAGTTTT	2	203	1
ATTTATTAGGTACAAAAATCGATTACATTA  	3	66	1
TGAGGGGAAACAGATAGAGCAAAAGCTGTAAG	5	98	1
ATAATTAAGTAAATTATAGCAACGCTGTCAAA	5	137	1
GTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTAT	6	74	0
ATTTTGTTAGCAATAACACCAAAATCCACATC	6	87	1
CCAAAATCCACATCTAAAGCAAACCAAAAAGT	6	105	1
CATTATGCACCAAACAGAGCAAGTTAACTTAA	6	264	0
          ** *** *****
MAP Score: 2.77655