AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons012_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247178
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	yqxE	31	Mycoplasma pneumoniae, protein (hrcA) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P25499, from B. subtilis
#1	grpE	22	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GrpE; similar to GenBank Accession Number I64046, from H. influenzae
#2	DnaJ	300	Mycoplasma pneumoniae, DnaJ homolog protein, from M. capricolum
#3	dnaJ	45	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaJ; similar to Swiss-Prot Accession Number P17631, from B. subtilis
#4	pmd1	300	Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe
#5	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#6	putative	300	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium
#7	dnaK	55	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae

Motif 1
GGCTAACAAAATAAAATTAGGATAACCTA 	0	12	1
AGTGCCTAAAATCAAGGCAGCGGTTCATGA	2	46	0
TTTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTG	2	72	0
ATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCAC	2	129	0
GTCCTTATGAATTAAAACAGCACTTACAGC	2	147	1
          ATCAAAGCAGTTTTATAATT	3	0	1
GTCATATAAGATTAAGTTAGGCGTTT    	4	6	0
ACTAGCTTTGGCTAAATTAATATAATTATG	4	244	0
CGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 	4	281	1
TTAAAGGGATATTAAGTTAGAGCTAAGGGA	5	22	0
AGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTA	5	167	1
TATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGG	5	219	1
TCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAA	5	252	1
TGATAAGCGGATTAAAACAGGAATAGATTT	6	19	1
AAATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAA	6	53	1
AAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTT	6	67	1
TTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGAT	6	149	1
ACCAGTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTAC	6	191	1
AAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACC	6	257	1
          **********
MAP Score: 16.0316

Motif 2
   GCGGCTAACAAAATAAAATTAGGATAACCTA	0	7	1
TTTTAATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCA	2	130	0
ATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT	2	254	1
GCTTTGGCTAAATTAATATAATTATGAAGCGAAC	4	236	0
ATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTT	5	59	1
TTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA	5	199	0
ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTG	5	214	1
GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA	5	247	1
AATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAA	5	261	1
ACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC	5	276	1
AATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAA	6	89	1
CGTGGTTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGA	6	144	1
CTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATT	6	248	1
          **  ** ***** *
MAP Score: 15.172

Motif 3
GGTAATCGTTAAATTGCTTCGAATCCCCCA	2	89	1
CTGGCAAGGGTGATAGCTTTGGCGGAATTG	2	176	0
GTTAATTATAAAACTGCTTTGAT       	3	3	0
ACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATTA	4	255	0
    AAAAACTACTTGCTTTAATTATAAGA	4	284	0
TGCTTTAACTAACCTGCTTTTATCTAACTA	6	56	0
TGAAAGAAATTGATTGCTTTAACTAACCTG	6	70	0
CCACTGGTGCAACTAGCTTAATCTCTTGGC	6	169	0
TAAGTAAGAAAAACTGCTTTAGTGCCCACT	6	194	0
TTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCA	6	236	1
          **********
MAP Score: 12.9968

Motif 4
AGGTTATCCTAATTTTATTTTGTTAGCCGC     	0	5	0
      TTAGAATTACAATAAATTACTC       	1	4	1
TAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAAT	2	68	1
GAGTTGGTATAATTTTATTAATTTATAAGCCATTG	2	252	0
AAATTATACCAACTCTACTTTCTTAGAATAAACGT	2	272	1
TTCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTA	4	237	1
ATGTCATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTATGT	5	114	0
AGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATACTTA	5	176	1
TTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTA	5	195	0
TGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGG	5	249	0
AAACAGGAATAGATTTACTTAAATAGTTAGATAAA	6	33	1
GCTTTAACTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAAG	6	50	0
GCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTA	6	199	1
ACTTATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCT	6	219	1
          * ** ** ***  **
MAP Score: 10.9211

Motif 5
GTAAGTGCTGTTTTAATTCATAAGGACAAA	2	144	0
CACAACCGCACTTTACCTAATTGGCAGTGA	2	211	0
AGTTGGTATAATTTTATTAATTTATAAGCC	2	256	0
CAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAATG	3	12	1
GTTCAAGTCCATTTACTTCCACCAATAATG	4	134	0
ACCAACTGAGCTATACTTCCAGGCAAAATC	4	197	1
TTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGT	4	276	1
CAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACC	5	61	0
CCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATAC	5	178	1
AATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTAT	5	192	1
AATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGT	5	210	1
ACAGGAATAGATTTACTTAAATAGTTAGAT	6	35	1
AAATTGATTGCTTTAACTAACCTGCTTTTA	6	64	0
ACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATAC	6	201	1
AAAAGCTAGTTTTTACCTAAAAATAAGTAT	6	227	0
          **********
MAP Score: 8.60236

Motif 6
TAAGTTTTAGCATCAACGCTTAATGTAACTTGGTCA	2	13	1
TGATTTTAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGT	2	62	1
ATAATTAACACTCGAATGATTAAAGTGATAA     	3	24	1
ACCATTAAAGATCCAAACGTCTAACTAGTCATATAA	4	27	0
ACGTTTGGATCTTTAATGGTGGAGATGAAGGGTCTC	4	43	1
GATGAAGGGTCTCAAACCCTCAACCTCCTGAGTGCA	4	66	1
AAATCAGGTGCTCTATCAGTTGAGCTACATCCCCAT	4	101	1
GCTACATCCCCATTATTGGTGGAAGTAAATGGACTT	4	124	1
AGTAAATGGACTTGAACCATCGACCTCACCCTTATC	4	147	1
TTTGAAAGAAATTGATTGCTTTAACTAACCTGCTTT	6	66	0
GGTTTTTGCTCTCTAAAGGTTAAATTTTTGCTTTAT	6	268	0
        CACTCAAACGCTAAAAGTGCTAACGATT	7	2	1
          *** ** ***  *  *
MAP Score: 8.56269

Motif 7
GATTTTAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCG	2	63	1
TAATTAACACTCGAATGATTAAAGTGATAA    	3	25	1
CAAACGTCTAACTAGTCATATAAGATTAAGTTAG	4	16	0
TTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTT	4	274	1
TGTTTAACCATCTTGGTATTAAAGGGATATTAAG	5	36	0
ATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAAT	5	154	1
CCTGCTTTTATCTAACTATTTAAGTAAATCTATT	6	40	0
TGTCATGCCATCGTGGTTTAAAATGTACAAAATT	6	133	1
TTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATA	6	237	1
GTTTTTGCTCTCTAAAGGTTAAATTTTTGCTTTA	6	269	0
       CACTCAAACGCTAAAAGTGCTAACGAT	7	3	1
          ** **   ******
MAP Score: 8.20214