AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons012_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247198
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	yqxE	31	Mycoplasma pneumoniae, protein (hrcA) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P25499, from B. subtilis
#1	grpE	22	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GrpE; similar to GenBank Accession Number I64046, from H. influenzae
#2	DnaJ	300	Mycoplasma pneumoniae, DnaJ homolog protein, from M. capricolum
#3	dnaJ	45	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaJ; similar to Swiss-Prot Accession Number P17631, from B. subtilis
#4	pmd1	300	Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe
#5	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#6	putative	300	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium
#7	dnaK	55	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae

Motif 1
GGCTAACAAAATAAAATTAGGATAACCTA 	0	12	1
AGTGCCTAAAATCAAGGCAGCGGTTCATGA	2	46	0
TTTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTG	2	72	0
ATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCAC	2	129	0
GTCCTTATGAATTAAAACAGCACTTACAGC	2	147	1
          ATCAAAGCAGTTTTATAATT	3	0	1
GTCATATAAGATTAAGTTAGGCGTTT    	4	6	0
ACTAGCTTTGGCTAAATTAATATAATTATG	4	244	0
CGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 	4	281	1
TTAAAGGGATATTAAGTTAGAGCTAAGGGA	5	22	0
AGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTA	5	167	1
TATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGG	5	219	1
TCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAA	5	252	1
TGATAAGCGGATTAAAACAGGAATAGATTT	6	19	1
AAATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAA	6	53	1
AAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTT	6	67	1
TTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGAT	6	149	1
ACCAGTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTAC	6	191	1
AAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACC	6	257	1
          **********
MAP Score: 16.0316

Motif 2
  TAGGTTATCCTAATTTTATTTTGTTAGCC	0	12	0
GAACCGCTGCCTTGATTTTAGGCACTAAAGC	2	50	1
GGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAA	2	70	1
GGTGGAGTGTATTGATTTTGTCCTTATGAAT	2	128	1
AAACGCCTAACTTAATCTTATATGACTAGTT	4	10	1
AGGTTCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCC	4	234	1
TGTTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAG	5	89	1
TCATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTATG	5	115	0
AGTATAAATACTTAATTATAGATTAATTTGG	5	178	0
AGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATT	5	197	1
GCCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATA	5	219	0
ATTTGATTTTATTTATTATGGATGGCCAAAT	5	243	0
        GCCCTTTTTATAGTTTTTTTGCT	5	287	0
CTTTAACTAACCTGCTTTTATCTAACTATTT	6	53	0
AATCTCTTGGCTTAATTTTGTACATTTTAAA	6	149	0
CTTATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTA	6	220	1
TAAATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAAAA	6	253	0
          *** *******
MAP Score: 15.1847

Motif 3
TGGGGGATTCGAAGCAATTTAACGATTACC	2	89	0
CAATTCCGCCAAAGCTATCACCCTTGCCAG	2	176	1
       ATCAAAGCAGTTTTATAATTAAC	3	3	1
TAATTTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGT	4	255	1
TCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT    	4	284	1
TAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCA	6	56	1
CAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTTTCA	6	70	1
GCCAAGAGATTAAGCTAGTTGCACCAGTGG	6	169	1
AGTGGGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTA	6	194	1
TGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAA	6	236	0
          **********
MAP Score: 12.9968

Motif 4
AGGTTATCCTAATTTTATTTTGTTAGCCGC     	0	5	0
      TTAGAATTACAATAAATTACTC       	1	4	1
TAGGCACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAAT	2	68	1
GAGTTGGTATAATTTTATTAATTTATAAGCCATTG	2	252	0
AAATTATACCAACTCTACTTTCTTAGAATAAACGT	2	272	1
TTCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTA	4	237	1
ATGTCATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTATGT	5	114	0
AGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATACTTA	5	176	1
TTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTA	5	195	0
TGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGG	5	249	0
AAACAGGAATAGATTTACTTAAATAGTTAGATAAA	6	33	1
GCTTTAACTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAAG	6	50	0
GCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTA	6	199	1
ACTTATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCT	6	219	1
          * ** ** ***  **
MAP Score: 10.9211

Motif 5
  GCGGCTAACAAAATAAAATTAGGATAAC	0	8	1
TTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTGC	2	71	0
TTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCACC	2	128	0
GCAATGGCTTATAAATTAATAAAATTATAC	2	251	1
    AAACGCCTAACTTAATCTTATATGAC	4	6	1
CTAGCTTTGGCTAAATTAATATAATTATGA	4	243	0
TCCCTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAA	5	22	1
GAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAA	5	168	1
ATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGC	5	220	1
TTTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAAT	5	244	1
TTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATT	6	150	1
ACTGGTGCAACTAGCTTAATCTCTTGGCTT	6	167	0
TTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTA	6	254	1
          **********
MAP Score: 8.56598

Motif 6
TTGGTAATCGTTAAATTGCTTCGAATCCCC	2	87	1
TGCCAATTAGGTAAAGTGCGGTTGTGTTTG	2	215	1
ACTCGAATGATTAAAGTGATAA        	3	33	1
ATTGGTGGAAGTAAATGGACTTGAACCATC	4	138	1
CATCTTGGTATTAAAGGGATATTAAGTTAG	5	32	0
TACATATATAGTAAAGGGCCAGAACAAACA	5	85	0
AAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGC	6	245	1
ACTCAAACGCTAAAAGTGCTAACGATTTGT	7	11	1
          **********
MAP Score: 5.51814

Motif 7
GGTTCATGACCAAGTTACATTAAGCGTTGA	2	25	0
TGGTAATCGTTAAATTGCTTCGAATCCCCC	2	88	1
TACACTCCACCAAATTGGTGTGGGGGATTC	2	109	0
TGTTAATTATAAAACTGCTTTGAT      	3	4	0
TAATTTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGT	4	255	1
         AAAAACTACTTGCTTTAATTA	4	289	0
CCTTTAATACCAAGATGGTTAAACAATGAA	5	45	1
AACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTTCTG	5	66	1
TTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGCC	5	221	1
         ACCAATTGGTGATAAGCGGAT	6	1	1
TAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCA	6	60	1
GCCAAGAGATTAAGCTAGTTGCACCAGTGG	6	169	1
ATAAGTAAGAAAAACTGCTTTAGTGCCCAC	6	195	0
TGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAA	6	236	0
          **********
MAP Score: 4.8843

Motif 8
CCTAATTTTATTTTGTTAGCCGC       	0	3	0
      TTGTAAGTTTTAGCATCAACGCTT	2	4	1
GCAAGGGTGATAGCTTTGGCGGAATTGCTG	2	173	0
TAAAGTGCGGTTGTGTTTGCGTGTTGCAAT	2	226	1
AACCTGTACGAAGATTTTGCCTGGAAGTAT	4	209	0
GCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATTAATA	4	252	0
AATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTAT	5	78	1
TAATTATAGATTAATTTGGCTTTTATTTCT	5	167	0
AAGAAATTGATTGCTTTAACTAACCTGCTT	6	67	0
CTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAAAATAA	6	231	0
AATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAAAAG	6	252	0
TCTAAAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGG	6	263	0
TTAGCACTTTTAGCGTTTGAGTG       	7	3	0
          **********
MAP Score: 0.961164