AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247215
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	infC	89	Mycoplasma pneumoniae, translation initiation factor IF3; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05426, from M. fermentans
#1	C09_orf223	300	Mycoplasma pneumoniae, C09_orf223 Protein
#2	pheS	300	Mycoplasma pneumoniae, phenylalanyl-tRNA synthetase alpha-subunit; similar to Swiss-Prot Accession Number P17921, from B. subtilis
#3	degV	158	Mycoplasma pneumoniae, homolog (degV) protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P32436, from B. subtilis

Motif 1
AGATTTACTTGGAAGATGAACGAATTGAAT	1	113	1
TTTAACCCTGTGGACCAGGCTTATCACATC	1	145	1
TCTTTAAATCGGAAGCAGAATTAGAAGCCT	1	173	1
TTCACCTCTGGGTAGATGGCTTTTTTA   	2	7	0
AAAAATATTTTGGAGCTGTCTGCCTTTCAC	2	32	0
TTAAATCAGCGGGAGCAGGCTCGTTTTTTC	2	131	1
TTTATTTAGTGGGAGCAGGCAGAGTGACTT	2	166	0
AATCAACTCCTGAAGCTGAAACCACCTTTA	3	97	1
          **********
MAP Score: 8.40014

Motif 2
        TCCTCAGGGATCTTCTTTGCCTTACT	1	2	1
TTTACTGTCACTGTTTGTTTTACCAGGAAAGTTC	1	66	1
CCAAGTAAATCTTGCGCTTTTCCCAGAACTTTCC	1	91	0
AAGTATTCAATTCGTTCATCTTCCAAGTAAATCT	1	113	0
TTAAAGGCTTCTAATTCTGCTTCCGATTTAAAGA	1	173	0
ACCAAAGAAACTTTGAGTTCTACAAGCGTTTGGT	1	250	1
GGTTAATTGTCTTTCTGATCTTCTTTATT     	1	281	1
CTAACAGCTTTTGTTAGTTTTCCAATCGTCAAAA	2	58	0
ATTTAGTAAATTCATAGTTTTGCCTCTACATCAA	2	93	0
ACACAAGTCACTCTGCCTGCTCCCACTAAATAAA	2	162	1
GGCACAACATCTGTATGTGCTACCGCTTTTCATC	3	59	1
          ** *  ***** **
MAP Score: 7.1974

Motif 3
AAAACGGTTGGAGATTGTTAAAATATTGGCGCTATA	0	37	1
TTCCGATTTAAAGATGTGATAAGCCTGGTCCACAGG	1	151	0
CCTTAGTGTTATGTTTCTTAAAGGCTTCTAATTCTG	1	188	0
CATAACACTAAGGTTTTTTGAACGAAGGTATGAACT	1	211	1
AATTAACCAAACGCTTGTAGAACTCAAAGTTTCTTT	1	253	0
AATATTTTTGACGATTGGAAAACTAACAAAAGCTGT	2	53	1
TGAATTTACTAAATTTATTTAAATCAGCGGGAGCAG	2	113	1
GGGAGCAGGCTCGTTTTTTCAACACAAGTCACTCTG	2	141	1
ATAAATTGACAGGGTTTTATAAAAAAGCCAAAAGCT	2	191	1
AAATATTCGTGTGCTATTTAAATTAACTATAGCACA	2	259	1
TCAGCTTCAGGAGTTGATTCAATGATGAAAAGCGGT	3	80	0
CTTGTCCGTGAGGGTTTTTAAATCAATGTCAAACCC	3	132	0
          * * ** ** **  **
MAP Score: 6.10449

Motif 4
CGTTTTAACTCAATTAACCATTAAGGAGTA	0	13	0
TTTCCTGGTAAAACAAACAGTGACAGTAAA	1	66	0
ATCAGAAAGACAATTAACCAAACGCTTGTA	1	270	0
GACGATTGGAAAACTAACAAAAGCTGTTAG	2	62	1
CCTCTACATCAAACTAACAGCTTTTGTTAG	2	75	0
CCCACTAAATAAATTGACAGGGTTTTATAA	2	183	1
AAAAGCTTTTAAAGTAACTATTTATTTGCA	2	220	1
TGTGCTATTTAAATTAACTATAGCACAATT	2	268	1
AACTATAGCACAATTAATAACAGTTGC   	2	283	1
CTAACAGAGTCAACTAAGAATGCGACTCTC	3	11	0
          **********
MAP Score: 5.60635

Motif 5
CGTTTTAACTCAATTAACCATTAAGGAGTA	0	13	0
TGGCATAAAACAGTAAGGCAAAGAAGATCC	1	17	0
CAAACAGTGACAGTAAACCAGCTAACACAT	1	53	0
TACCTTCGTTCAAAAAACCTTAGTGTTATG	1	211	0
ATCAGAAAGACAATTAACCAAACGCTTGTA	1	270	0
         TAAAAAAGCCATCTACCCAGA	2	1	1
AGGGTTTTATAAAAAAGCCAAAAGCTTTTA	2	201	1
AGTAACCTCAAGGAAAGCCAGGCACAACAT	3	39	1
          **********
MAP Score: 5.08425

Motif 6
CTTAATGGTTAATTGAGTTAAAACGGTTGGA	0	18	1
GTTCTACAAGCGTTTGGTTAATTGTCTTTCT	1	266	1
GAATTTACTAAATTTATTTAAATCAGCGGGA	2	114	1
GGAGCAGGCTCGTTTTTTCAACACAAGTCAC	2	142	1
AAACCCTGTCAATTTATTTAGTGGGAGCAGG	2	177	0
GCAAATAAATAGTTACTTTAAAAGCTTTTGG	2	218	0
ATTGTGCTATAGTTAATTTAAATAGCACACG	2	266	0
CAGCTTCAGGAGTTGATTCAATGATGAAAAG	3	84	0
CGGGGTTTGACATTGATTTAAAAACCCTCAC	3	130	1
          ***** *****
MAP Score: 5.07628

Motif 7
ATGGTTAATTGAGTTAAAACGGTTGGAGATTGTTAAAATA	0	22	1
ACGAATTGAATACTTTAACCCTGTGGACCAGGCTTATCAC	1	132	1
GCTTATCACATCTTTAAATCGGAAGCAGAATTAGAAGCCT	1	163	1
AACACTAAGGTTTTTTGAACGAAGGTATGAACTGATACCA	1	214	1
GGAGCTGTCTGCCTTTCACCTCTGGGTAGATGGCTTTTTT	2	11	0
AGCTCCAAAATATTTTTGACGATTGGAAAACTAACAAAAG	2	45	1
CAAAAGCTGTTAGTTTGATGTAGAGGCAAAACTATGAATT	2	79	1
TTACTAAATTTATTTAAATCAGCGGGAGCAGGCTCGTTTT	2	118	1
AGCAGGCTCGTTTTTTCAACACAAGTCACTCTGCCTGCTC	2	144	1
GAACTAAAGGTGGTTTCAGCTTCAGGAGTTGATTCAATGA	3	91	0
          *  *** * *    ***  *
MAP Score: 4.82772

Motif 8
GCATAAAACAGTAAGGCAAAGAAGATCCCTGAG	1	12	0
AACTTTCCTGGTAAAACAAACAGTGACAGTAAA	1	66	0
AAGAAGATCAGAAAGACAATTAACCAAACGCTT	1	273	0
        TAAAAAAGCCATCTACCCAGAGGTG	2	2	1
ACCCAGAGGTGAAAGGCAGACAGCTCCAAAATA	2	24	1
TTTGACGATTGGAAAACTAACAAAAGCTGTTAG	2	59	1
TGATGTAGAGGCAAAACTATGAATTTACTAAAT	2	94	1
GGGTTTTATAAAAAAGCCAAAAGCTTTTAAAGT	2	202	1
GTAACCTCAAGGAAAGCCAGGCACAACATCTGT	3	40	1
          * ***** ** **
MAP Score: 1.51753