AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247262
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	MG328	300	Mycoplasma pneumoniae, MG328 homolog, from M. genitalium
#1	MG269	300	Mycoplasma pneumoniae, MG269 homolog, from M. genitalium
#2	P65	133	Mycoplasma pneumoniae, protein P65; similar to GenBank Accession Number Z34977, from M. pneumoniae
#3	argI	247	Mycoplasma pneumoniae, ornithine carbamoyl transferase; similar to Swiss-Prot Accession Number P04391, from E. coli
#4	arcA	300	Mycoplasma pneumoniae, arginine deiminase; similar to Swiss-Prot Accession Number P23793, from M. capricolum
#5	MG211	206	Mycoplasma pneumoniae, MG211 homolog, from M. genitalium
#6	H10_orf220L	48	Mycoplasma pneumoniae, H10_orf220L Protein
#7	H10_orf206	38	Mycoplasma pneumoniae, H10_orf206 Protein

Motif 1
TAGGGTAATGTTACGGGTTTTGGGCATGAGT	0	61	0
TTCTTTTTGTTTACTAGTTTTGTGTTAGCAA	1	183	1
          TTAAGGCCTTTTCACGGAAAA	1	289	0
TTTGTAAGGCTTGCAAGCTTTGCCGTCATTT	2	15	1
          TTACTGTCTTTAAAAGGTGCC	2	122	0
AGAGTCAAGGCTACGACCTTTTAAGTTAATT	3	42	0
AACTTGGTATTTACTGCGTTTTAAATCAATG	3	120	0
GCCTTTGAAGTGGCTGCCTTTGACTTGGGT 	3	227	1
TTTTTATTGCTTACCACCTTTATTTAAGGCA	4	154	1
TACAGCTGTTGTACTGCCTTAAATAAAGGTG	4	168	0
GGCAACTAATTTACAGCTGTTGTACTGCCTT	4	179	0
AAGGCTAAGCTTACTGCTTTAATTGTTACAC	4	267	0
ATTACGAAACTTACGGCGTTTCTTCTGCGCA	5	152	0
TACTAGCACCTTACCAGTTTTAT        	5	193	1
          **** ******
MAP Score: 12.5187

Motif 2
GCAACTCATGCCCAAAACCCGTAACATTACCCT	0	58	1
CAACAAGGGAAACAATAACAGTTCCCCTAGAAC	0	96	1
AAGTTCATAAACCGCAAACCGTTGATCTAACA 	0	278	1
CACGACTTTGACCCTAACCAGTTTCCGTATGAC	1	15	1
AGATTGCTAACACAAAACTAGTAAACAAAAAGA	1	184	0
TGTGTTAGCAATCTTTAACAGTGTTGGGCAGTA	1	203	1
GCAAAGCTGACACTATACCATTAATTTTAATTT	2	85	0
AAAAGATTCTACCCGTACCCGTTGTGCCTTTGA	3	202	1
AGCAATAAAAAACCTTACCCTTAGTTTTAAAGG	4	132	0
GCGAATTTCTAGCGAAACCCGTTTAAACTTTTT	5	54	0
TAGTTACTAGCACCTTACCAGTTTTAT      	5	189	1
          * *  ********
MAP Score: 9.26425

Motif 3
AGCAAATAATCCTTGACATCACTAACCCGTTCC	1	56	0
TGTTAGCAATCTTTAACAGTGTTGGGCAGTATG	1	205	1
ACCACTGTGACTTGGACTTTACTAATCCTGATG	1	244	1
GGCTTGCAAGCTTTGCCGTCATTTTCATTTAAA	2	22	1
AAAGCTGACACTATACCATTAATTTTAATTTAT	2	83	0
AAGGTCGTAGCCTTGACTCTGCTTTAAACTTTA	3	53	1
ATTTAATTGACCTCGCCATTGATTTAAAACGCA	3	104	1
AAGATTCTACCCGTACCCGTTGTGCCTTTGAAG	3	204	1
AAGTGGCTGCCTTTGACTTGGGT          	3	234	1
AACTTTCTTACCTTACCTTTAAAACTAAGGGTA	4	117	1
CAATAAAAAACCTTACCCTTAGTTTTAAAGGTA	4	130	0
ATCAAGTTCACTTTGCCTTTTTTTCTTGGGCTT	4	224	1
GTTACTAGCACCTTACCAGTTTTAT        	5	191	1
          ******* **  *
MAP Score: 7.57592

Motif 4
TTCGCAATTTTTTTCACTTTATGGTAGATAT	0	189	1
TGTAGAAACTTTTAAAAGTACTATGCGTGCT	1	110	1
TTTGCCGTCATTTTCATTTAAATAGCATTTA	2	33	1
TTTTAGATAAATTAAAATTAATGGTATAGTG	2	77	1
GGCTACGACCTTTTAAGTTAATTGGCATAAA	3	34	0
TTGACTCTGCTTTAAACTTTACTACTGCTCA	3	65	1
ATTTACTGCGTTTTAAATCAATGGCGAGGTC	3	112	0
TACCCTTAGTTTTAAAGGTAAGGTAAGAAAG	4	119	0
CCCAATTCTTTTTGCAATCAAGTTCACTTTG	4	208	1
GCTTAGCCTTATTACATGTAAT         	4	288	1
  TGCCAAAGATTGAAGTTAAAAACGATGAT	5	8	1
TTTAAACTTTTTTAAAGCTAACTCTAAATCA	5	35	0
AATCTTTCGCTTTTCACGCAAGCGCATTCCT	5	122	0
 AACCAACAATTTAAAATTACCTAACGCGCT	6	9	1
ATTTTACATTTTTAAAATTAAGCTCATCAAG	7	10	0
          ****** ****
MAP Score: 7.17261

Motif 5
GGTTCTAGGGTAATGTTACGGGTTTTGGGCATGA	0	63	0
TGTTACGTTCTAGGGGAACTGTTATTGTTTCCCT	0	101	0
       TGTTAGATCAACGGTTTGCGGTTTATG	0	283	0
CACCCAGTCATACGGAAACTGGTTAGGGTCAAAG	1	20	0
TATGACTGGGTGGTGGAACGGGTTAGTGATGTCA	1	42	1
TCAAAGGCACAACGGGTACGGGTAGAATCTTTTT	3	201	0
TTCCCGTTGGAACCGCCACGGTCTTGTAGCTCAG	4	19	1
GCTCAGTCGGTAGAGCAACGGTCTGAAGAACCGT	4	47	1
CCTTTAAAACTAAGGGTAAGGTTTTTTATTGCTT	4	132	1
GCTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAA	5	48	1
          **  *  *******
MAP Score: 6.55348

Motif 6
GGGTAATGTTACGGGTTTTGGGCATGAGTTGCT	0	57	0
AAAATTACCTAACGCGCTTGCGCTTAAAAAATC	6	22	1
CGCTAAAATCACGCGGATTGAGCAAATAATCCT	1	76	0
AAACAAAAAGAAGGGGATTTTGCTCGAATAACA	1	162	0
AGCAATCTTTAACAGTGTTGGGCAGTATGTCAA	1	209	1
TTCGAAAAGGAATGCGCTTGCGTGAAAAGCGAA	5	115	1
AAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAATTCG	5	53	1
CTTGATTGCAAAAAGAATTGGGCAACTAATTTA	4	197	0
AATTAAAATTAATGGTATAGTGTCAGCTTTGCT	2	86	1
TGGGTGGTGGAACGGGTTAGTGATGTCAAGGAT	1	48	1
CTTTTTGTTTACTAGTTTTGTGTTAGCAATCTT	1	185	1
GTCATACGGAAACTGGTTAGGGTCAAAGTCGTG	1	15	0
          ** *** *** **
MAP Score: 6.25083

Motif 7
GAACAAAGTTTGCTCAAGCAACTCATGCCCAAA	0	41	1
GTTGGTTCTAGGGTAATGTTACGGGTTTTGGGC	0	67	0
TGATCTAATTCGCCAAAGAAACTACGTTCTACA	0	136	0
CAACGGTTTGCGGTTTATGAACTTGGAGTTGGT	0	269	0
CCGTATGACTGGGTGGTGGAACGGGTTAGTGAT	1	39	1
GTGATTTTAGCGATGTAGAAACTTTTAAAAGTA	1	97	1
TTACTAATCCTGATGCTGTAACTATCTTTTTCC	1	262	1
GGGACGGTTCTGGATGTGCAACTTGGTATTTAC	3	137	0
GGAACCGCCACGGTCTTGTAGCTCAGTCGGTAG	4	27	1
GTAGCTCAGTCGGTAGAGCAACGGTCTGAAGAA	4	44	1
GGCTTTTGTGTGGACGTGTAACAATTAAAGCAG	4	252	1
CGAAAGATTGCGCAGAAGAAACGCCGTAAGTTT	5	144	1
TTTCGTAATATGGTCTAGTTACTAGCACCTTAC	5	174	1
          ****  ** ****
MAP Score: 5.52096

Motif 8
GTAGAACGTAGTTTCTTTGGCGAATTAGATC	0	137	1
      TTAGTTTTGTAAGGCTTGCAAGCTT	2	4	1
TGCTTTAAACTTTACTACTGCTCAAATTAAC	3	72	1
GTGCAACTTGGTATTTACTGCGTTTTAAATC	3	124	0
AAGGGTAAGGTTTTTTATTGCTTACCACCTT	4	143	1
CTTACCACCTTTATTTAAGGCAGTACAACAG	4	163	1
CTTTGCCTTTTTTTCTTGGGCTTTTGTGTGG	4	234	1
CCGTTTAAACTTTTTTAAAGCTAACTCTAAA	5	38	0
AACTTACGGCGTTTCTTCTGCGCAATCTTTC	5	145	0
          ******* ***
MAP Score: 3.25042

Motif 9
TAGAACGTAACATTGTAGAACGTAGTTTCTTTG	0	123	1
CGTATGACTGGGTGGTGGAACGGGTTAGTGATG	1	40	1
GTGATTTTAGCGATGTAGAAACTTTTAAAAGTA	1	97	1
GGACGGTTCTGGATGTGCAACTTGGTATTTACT	3	136	0
CGTCCCTTAGCGGGGAAGAACATTGTTTTACTG	3	164	1
TAGCTCAGTCGGTAGAGCAACGGTCTGAAGAAC	4	45	1
TAGAGCAACGGTCTGAAGAACCGTGTGTCGGCA	4	57	1
CTTTATTTAAGGCAGTACAACAGCTGTAAATTA	4	171	1
CGAAAGATTGCGCAGAAGAAACGCCGTAAGTTT	5	144	1
          **  ******* *
MAP Score: 3.03529

Motif 10
AACAATCAATTCGCAATTTTTTTCACTTTAT	0	180	1
TTCTTTTTGTTTACTAGTTTTGTGTTAGCAA	1	183	1
AGTTTTGTGTTAGCAATCTTTAACAGTGTTG	1	198	1
CCTGATGCTGTAACTATCTTTTTCCGTGAAA	1	270	1
TTTGTAAGGCTTGCAAGCTTTGCCGTCATTT	2	15	1
CATTTATTCATTTGCATTTTTTTAGATAAAT	2	58	1
AGCTTTGCTGTTGGCACCTTTTAAAGACAGT	2	110	1
TTTTTATTGCTTACCACCTTTATTTAAGGCA	4	154	1
CAAGTTCACTTTGCCTTTTTTTCTTGGGCTT	4	226	1
TACTAGCACCTTACCAGTTTTAT        	5	193	1
          **** ******
MAP Score: 0.371567