AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons018_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247379
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaE	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III alpha subunit; similar to GenBank Accession Number H64089, from H. influenzae
#1	lig	167	Mycoplasma pneumoniae, DNA ligase; similar to Swiss-Prot Accession Number P15042, from E. coli
#2	mutB1	62	Mycoplasma pneumoniae, DNA helicase II; similar to GenBank Accession Number H64188, from H. influenzae
#3	MG241	243	Mycoplasma pneumoniae, MG241 homolog, from M. genitalium

Motif 1
CAGTTCTCAGAGATTTAATAGAA        	0	2	0
AGGACACCCAAGTTTTAAATGATGTTGAACT	0	152	1
TTTTAAATGATGTTGAACTAGATGACATCAA	0	164	1
GGCTCAAAGGTGTTTTCCAATTCTTTTTTCA	0	209	0
         TAGCTTTAATATACTAAAATTA	1	1	1
AGCCCTGATTAGCTTACAATGCCAACCAGGT	1	134	0
CTTGATTAGATGCTTTAATCGGTGATTTAAA	3	21	1
AAAGCACAAAAGCTTTACTTTGTACCAACTG	3	63	0
AAAGCTTTTGTGCTTTAATGGCTTGTACAGC	3	78	1
TTGCTAAGCGTGCTGTACAAGCCATTAAAGC	3	89	0
TTTCTCAAAGAGCTTAAATTGTTTAATTCTA	3	176	1
CAGCCATTTGTGCTGTCCAGGTCC       	3	229	1
          ********* *
MAP Score: 8.97339

Motif 2
AAAAAAATAAGGTTGAACAGCTTGAACCAGTAGACCT	0	95	1
AGCTTAGTCCGCTCAAAAAGGTCTACTGGTTCAAGCT	0	113	0
CTGGTACGTGGCTCAAAGGTGTTTTCCAATTCTTTTT	0	212	0
ACCTTGCCAAGGTTAAGATGCGGGTTCGATTCCCGTT	1	67	1
         TGCTAAACGTGCTTGATTAGATGCTTTA	3	1	1
TTGATTAGATGCTTTAATCGGTGATTTAAAAAAGGCT	3	22	1
TTTAAAAAAGGCTTTAGCAGTTGGTACAAAGTAAAGC	3	46	1
AAGCTTTTGTGCTTTAATGGCTTGTACAGCACGCTTA	3	79	1
ATATGCGCTTGGTGGAGGGGATCAAATGCACCACCAA	3	125	1
TTCTCAAAGAGCTTAAATTGTTTAATTCTAACTAAAA	3	177	1
AATCCTGATAGCTACAGCCATTTGTGCTGTCCAGGTC	3	215	1
          ***  **  * * ** *
MAP Score: 7.7769

Motif 3
TTTGCGCAGTTCTCAGAGATTTAATAGAA          	0	0	0
GGTCTACTGGTTCAAGCTGTTCAACCTTATTTTTTTTAT	0	92	0
ACCCAAGTTTTAAATGATGTTGAACTAGATGACATCAAG	0	157	1
ATCAAGAAACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAAAAC	0	190	1
TTGAGCCACGTACCAGAATTGAAATTAAACGTGAAATCA	0	233	1
AAACGTGAAATCAAAGAGTTGGAACGTAAACTAAGAAGG	0	259	1
AAGCGTGCTGTACAAGCCATTAAAGCACAAAAGCTTTAC	3	76	0
ATTTTTTTTCTCAAAGAGCTTAAATTGTTTAATTCTAAC	3	170	1
          *  ****  ** **    *
MAP Score: 6.9081

Motif 4
TTTAATCGGTGATTTAAAAAAGGCTTTAGCA	3	34	1
GAAACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAA	0	195	1
ATTTTAGTTAGAATTAAACAATTTAAGCTCT	3	184	0
GTTGAAAAAAGAATTGGAAAACACCTTTGAG	0	207	1
CATGTCAAAGGATAAAAAAAATAAGGTTGAA	0	81	1
TAAGCTCTTTGAGAAAAAAAATAGTGATCTT	3	161	0
CAGATTACACTAATTAAAAAAACAATCTTAA	2	31	1
AGTGTAATCTGTTATAAAAAAGGGATAAAAT	2	11	0
          ** ********
MAP Score: 6.43042

Motif 5
AATTTTAATAAAGATTTGCGCAGTTCTCAGAGATT	0	18	0
ATAAAAAAAATAAGGTTGAACAGCTTGAACCAGTA	0	92	1
TACTAAAATTATGAGCTGCGCAGATATAGTTCAAT	1	21	1
TGGCAGAACATAACCTTGCCAAGGTTAAGATGCGG	1	55	1
TAGGAAAATTTAATATGGAGCAGATAACGGGAATC	1	94	0
AATTAATAAAAAGCCCTGATTAGCTTACAATGCCA	1	141	0
TGATTTAAAAAAGGCTTTAGCAGTTGGTACAAAGT	3	43	1
TTGTGCTTTAATGGCTTGTACAGCACGCTTAGCAA	3	85	1
CTACAGCCATTTGTGCTGTCCAGGTCC        	3	226	1
          ***  ***  *** *
MAP Score: 4.52444

Motif 6
        TTCTATTAAATCTCTGAGAACTG	0	2	1
GCGCAAATCTTTATTAAAATTAGCTGACTTC	0	32	1
TAATTTTAGTATATTAAAGCTA         	1	1	0
TCGAACCCGCATCTTAACCTTGGCAAGGTTA	1	65	0
TATCTGCTCCATATTAAATTTTCCTAAAAGC	1	103	1
TAAAAAAACAATCTTAAACCTAGTACT    	2	45	1
          ******** **
MAP Score: 2.73595

Motif 7
AAATCTCTGAGAACTGCGCAAATCTTTATTA	0	17	1
AAAAAAAATAAGGTTGAACAGCTTGAACCAG	0	94	1
GAAACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAA	0	195	1
GTTGAAAAAAGAATTGGAAAACACCTTTGAG	0	207	1
TGAAATCAAAGAGTTGGAACGTAAACTAAGA	0	264	1
CTAAAATTATGAGCTGCGCAGATATAGTTCA	1	23	1
TTGGCATTGTAAGCTAATCAGGGCTTTTTAT	1	140	1
GTGCTTTAATGGCTTGTACAGCACGCTTAGC	3	87	1
ATTTTAGTTAGAATTAAACAATTTAAGCTCT	3	184	0
         GGACCTGGACAGCACAAATGGC	3	231	0
          ****** ****
MAP Score: 0.851803