AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247393
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaE	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III alpha subunit; similar to GenBank Accession Number H64089, from H. influenzae
#1	lig	167	Mycoplasma pneumoniae, DNA ligase; similar to Swiss-Prot Accession Number P15042, from E. coli
#2	mutB1	62	Mycoplasma pneumoniae, DNA helicase II; similar to GenBank Accession Number H64188, from H. influenzae
#3	MG241	243	Mycoplasma pneumoniae, MG241 homolog, from M. genitalium

Motif 1
CGCAAATCTTTATTAAAATTAGCTGACTTCAACACA	0	33	1
TCAAAGGATAAAAAAAATAAGGTTGAACAGCTTGAA	0	85	1
GACACCCAAGTTTTAAATGATGTTGAACTAGATGAC	0	154	1
AAAAAAGAATTGGAAAACACCTTTGAGCCACGTACC	0	211	1
CGTACCAGAATTGAAATTAAACGTGAAATCAAAGAG	0	241	1
ATCTGCTCCATATTAAATTTTCCTAAAAGCACCTGG	1	104	1
      AAATTAATAAAAAGCCCTGATTAGCTTACA	1	147	0
TGTAATCTGTTATAAAAAAGGGATAAAATG      	2	4	0
TACACTAATTAAAAAAACAATCTTAAACCTAGTACT	2	36	1
          TGCTAAACGTGCTTGATTAGATGCTT	3	0	1
TAATCGGTGATTTAAAAAAGGCTTTAGCAGTTGGTA	3	36	1
AAGCTCTTTGAGAAAAAAAATAGTGATCTTTGGTGG	3	155	0
TTTAATTCTAACTAAAATAATCCTGATAGCTACAGC	3	197	1
          *  **** *  * ***
MAP Score: 9.50412

Motif 2
ATCCTTTGACATGTATTAGAGCGACTGTGTTG	0	62	0
GAACCAGTAGACCTTTTTGAGCGGACTAAGCT	0	118	1
GAATTGGAAAACACCTTTGAGCCACGTACCAG	0	217	1
ACTAAGAAGGAACCGTTAGTGA          	0	288	1
GTACAAAGTAAAGCTTTTGTGCTTTAATGGCT	3	69	1
AAACAATTTAAGCTCTTTGAGAAAAAAAATAG	3	168	0
TGATAGCTACAGCCATTTGTGCTGTCCAGGTC	3	220	1
          * ** *******
MAP Score: 7.10841

Motif 3
TTTGCGCAGTTCTCAGAGATTTAATAGAA          	0	0	0
GGTCTACTGGTTCAAGCTGTTCAACCTTATTTTTTTTAT	0	92	0
ACCCAAGTTTTAAATGATGTTGAACTAGATGACATCAAG	0	157	1
ATCAAGAAACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAAAAC	0	190	1
TTGAGCCACGTACCAGAATTGAAATTAAACGTGAAATCA	0	233	1
AAACGTGAAATCAAAGAGTTGGAACGTAAACTAAGAAGG	0	259	1
AAGCGTGCTGTACAAGCCATTAAAGCACAAAAGCTTTAC	3	76	0
ATTTTTTTTCTCAAAGAGCTTAAATTGTTTAATTCTAAC	3	170	1
          *  ****  ** **    *
MAP Score: 6.9081

Motif 4
GATGCTTTAATCGGTGATTTAAAAAAGGCTTTAGCAGT	3	29	1
ATCAAGAAACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAAAA	0	190	1
TTATTAAAATTAGCTGACTTCAACACAGTCGCTCTAAT	0	42	1
CAGGTGCTTTTAGGAAAATTTAATATGGAGCAGATAAC	1	101	0
GATGTTGAACTAGATGACATCAAGAAACTAGAAGAGTT	0	172	1
GAACATAACCTTGCCAAGGTTAAGATGCGGGTTCGATT	1	60	1
TTTAAGCTCTTTGAGAAAAAAAATAGTGATCTTTGGTG	3	156	0
TACATGTCAAAGGATAAAAAAAATAAGGTTGAACAGCT	0	79	1
          * *  **  * ** * **
MAP Score: 5.7491

Motif 5
TCAGCTAATTTTAATAAAGATTTGCGCAGT	0	29	0
ATGTCAAAGGATAAAAAAAATAAGGTTGAA	0	82	1
ACTAGAAGAGTTGAAAAAAGAATTGGAAAA	0	198	1
       AAATTAATAAAAAGCCCTGATTA	1	154	0
GTAATCTGTTATAAAAAAGGGATAAAATG 	2	9	0
ATTACACTAATTAAAAAAACAATCTTAAAC	2	34	1
AATCGGTGATTTAAAAAAGGCTTTAGCAGT	3	37	1
AAGCTCTTTGAGAAAAAAAATAGTGATCTT	3	161	0
          **********
MAP Score: 4.46025

Motif 6
     TTCTATTAAATCTCTGAGAACTGCGC	0	5	1
ACCTTATTTTTTTTATCCTTTGACATGTATT	0	77	0
CCAATTCTTTTTTCAACTCTTCTAGTTTCTT	0	193	0
        CATTTTATCCCTTTTTTATAACA	2	2	1
ACGTGCTTGATTAGATGCTTTAATCGGTGAT	3	16	1
TGGTGGTGCATTTGATCCCCTCCACCAAGCG	3	130	0
AATTAAACAATTTAAGCTCTTTGAGAAAAAA	3	173	0
          *** *******
MAP Score: 1.03979

Motif 7
GCAAATCTTTATTAAAATTAGCTGACTTCA	0	34	1
ATGTCAAAGGATAAAAAAAATAAGGTTGAA	0	82	1
GCTTTAATATACTAAAATTATGAGCTGCGC	1	12	1
        AAATTAATAAAAAGCCCTGATT	1	155	0
GATTACACTAATTAAAAAAACAATCTTAAA	2	33	1
TTAATCGGTGATTTAAAAAAGGCTTTAGCA	3	35	1
          **********
MAP Score: 0.987205