AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247407
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	yfiB	86	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yfiB) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P27712, from S. citri
#1	tim	52	Mycoplasma pneumoniae, triosephosphate isomerase; similar to Swiss-Prot Accession Number P00943, from E. coli
#2	putative	300	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium
#3	dnaK	55	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae
#4	cbiO	157	Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium
#5	gap	30	Mycoplasma pneumoniae, glycerladehyde-3-phosphate dehydrogenase; similar to GenBank Accession Number S34254, from C. pasteurianum

Motif 1
ATGTAATCGATTTTTGTACCTAATAAATATTAAA	0	12	1
CAAGTCCTCCTTTTTCATCATTTTGCCAATTGCT	0	58	0
 ACGTTAAAGATTTTATAAGTTTTATTGATTAAC	1	29	0
CTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAAGTAAATC	2	44	0
TTCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATT	2	89	0
TCTTGGCTTAATTTTGTACATTTTAAACCACGAT	2	142	0
ACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTAT	2	201	1
AAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAA	2	255	0
GTGCTAACGATTTGTTTATAATATTTAGCACATA	3	26	1
AACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGT	4	12	0
TAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTG	4	45	1
CTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAG	4	99	1
ATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAA	4	119	1
TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA	4	133	0
AATCCTCTAATTAGTTTATATTTTACTACT    	5	6	0
          ***** **  * **
MAP Score: 12.8862

Motif 2
AATAAATATTAAATTTAAGCCTGTTAGCAA	0	33	1
ATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTT	2	90	1
TAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATTA	2	151	1
GTTTTTACCTAAAAATAAGTATTGATAAGT	2	219	0
ATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTG	2	233	1
TTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAA	2	255	1
AAATAAAGCAAAAATTTAACCTTTAGAGAG	2	266	1
ATTTGTTTATAATATTTAGCACATAAACAT	3	35	1
GCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAA	4	18	1
ATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTTAACTG	4	41	0
TTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAA	4	123	0
TCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACT	4	133	1
TTTAAAAATAAAAACTTAAA          	4	147	1
    AGTAGTAAAATATAAACTAATTAGAG	5	6	1
          **********
MAP Score: 11.2579

Motif 3
AAGCAATCAATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTT	2	81	1
GTCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA    	4	132	1
TTAAATTTAATATTTATTAGGTACAAAAATCGATTACAT	0	12	0
TAAAAATAAGTATTGATAAGTAAGAAAAACTGCTTTAGT	2	201	0
   TTACTGTTGCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTT	4	7	1
AGCAAAAATTTAACCTTTAGAGAGCAAAAACCGCGTTA 	2	272	1
TATTTCCCGCTGGGGTTAATCAATAAAACTTATAAAATC	1	15	1
CTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAAAATAAGTATTGATA	2	222	0
CTGTTAGCAATTGGCAAAATGATGAAAAAGGAGGACTTG	0	53	1
ATTATTACAGGTCAAATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTT	4	47	0
CATGCCATCGTGGTTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAG	2	136	1
GTTTATGTGCTAAATATTATAAACAAATCGTTAGCACTT	3	24	0
ATAAGACTAATTGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAA	4	100	0
AATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTT	2	243	0
          *    ** *   * *****
MAP Score: 9.69606

Motif 4
AACAGGCTTAAATTTAATATTTATTAGGTACAAA	0	24	0
CAAGTCCTCCTTTTTCATCATTTTGCCAATTGCT	0	58	0
 ACGTTAAAGATTTTATAAGTTTTATTGATTAAC	1	29	0
GAATAGATTTACTTAAATAGTTAGATAAAAGCAG	2	39	1
TCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATTG	2	88	0
TCTTGGCTTAATTTTGTACATTTTAAACCACGAT	2	142	0
ACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTAT	2	201	1
TTATTTTGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTA	2	238	0
CTAAAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGGCACTT	2	258	0
AATCGTTAGCACTTTTAGCGTTTGAGTG      	3	4	0
AACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTA	4	47	1
TTTATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATT	4	88	1
TTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTT	4	109	1
TTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAA	4	124	0
          * *** * * ****
MAP Score: 7.50258

Motif 5
TTTTGTACCTAATAAATATTAAATTTAAGCCTGTTA	0	23	1
TTTCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATTG	2	88	0
TTTTCTTACTTATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAA	2	212	1
ATTTTGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCTAAAAA	2	234	0
CTAAAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTA	2	256	0
GTGCTAACGATTTGTTTATAATATTTAGCACATAAA	3	26	1
AAAAGAGCAGTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCT	4	23	0
AACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTAAT	4	47	1
CTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTC	4	99	1
CCATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAA	4	117	1
  TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA	4	133	0
  AATCCTCTAATTAGTTTATATTTTACTACT    	5	6	0
          *** * * *   ****
MAP Score: 2.47655

Motif 6
TTTTTGTACCTAATAAATATTAAATTTAAGCCTGTTAGC	0	22	1
TTAAAGATTTTATAAGTTTTATTGATTAACCCCAGCGGG	1	20	0
ATAAGCGGATTAAAACAGGAATAGATTTACTTAAATAGT	2	21	1
AATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATT	2	54	1
AAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAAATTGTAAGTTTGTCAT	2	100	1
CCATCGTGGTTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGAT	2	140	1
AAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTT	2	244	1
AGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTT	4	20	1
TTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATGGTTT	4	114	0
ATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA         	4	137	1
          * ***   *   ** * **
MAP Score: 1.30479