AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247421
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	yabB	300	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yabB) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P22186, from E. coli
#1	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
ACACTGGTAGGTTAGAAAGTATTATGGCGTCAC	0	47	0
TACAAAAGTAAGTCAAAGGTGGTTTCATCCACC	0	117	0
CTTTTGTAAACCCAAAAAGTGGTCTTGTAAACC	0	142	1
AAAGTAAAAGGCACCAAAGTGGTTTACAAGACC	0	162	0
GTTCTTTTAGCCAAAAAAGTTTTTTTATTCTAA	0	230	1
TTTATTCTAAGATATAAAGTGTTTTAAAGTGTC	0	253	1
GATATAAAGTGTTTTAAAGTGTCACAAAGTGGC	0	263	1
GTTTTAAAGTGTCACAAAGTGGCATAAAGTGGT	0	273	1
GTCACAAAGTGGCATAAAGTGGTAAAA      	0	283	1
AAAGCCACCCGTTAAAAACAGGTGACTTTTTGG	1	128	0
CACCATTTTTGTGCCAAAGTGTTAAGCCAAACA	1	213	0
CACTTTGGCACAAAAATGGTGTTGGTTAGCAAT	1	225	1
          *  * ********
MAP Score: 15.9003

Motif 2
CCTGGTAGGTTTTTTATTTGCTCCGTTGGCT	0	83	1
AAGACCACTTTTTGGGTTTACAAAAGTAAGT	0	137	0
CTTTGGTGCCTTTTACTTTGCTGTTCCAAAG	0	176	1
AAGCGCTTTTTTTAGGTTTGCTGGCAGTTCT	0	204	1
ACTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACACCA	1	77	1
ACAGGTGACTTTTTGGTTTGCTTTAGATGTG	1	113	0
GATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCAC	1	205	1
ACAAAAATGGTGTTGGTTAGCAATCATTAAT	1	234	1
GCAATCATTAATTAAGTTAACTTGCTCTGTT	1	253	1
          *** *******
MAP Score: 11.6955

Motif 3
TACTTTCTAACCTACCAGTGTTACCCTGGT	0	59	1
AAATAAAAAACCTACCAGGGTAACACTGGT	0	72	0
TTTTGTAAACCCAAAAAGTGGTCTTGTAAA	0	143	1
AAGTAAAAGGCACCAAAGTGGTTTACAAGA	0	164	0
TTCTTTTAGCCAAAAAAGTTTTTTTATTCT	0	231	1
TTTTAAAGTGTCACAAAGTGGCATAAAGTG	0	274	1
CATGGATAGTCCTAAAAATCCCTTAACACA	1	32	0
TTAGCAATAACACCAAAATCCACATCTAAA	1	93	1
CTAAAGCAAACCAAAAAGTCACCTGTTTTT	1	118	1
AAGTGTTAAGCCAAACATTGTCATCCTCCT	1	200	0
AACACTTTGGCACAAAAATGGTGTTGGTTA	1	223	1
ACATTATGCACCAAACAGAGCAAGTTAACT	1	267	0
          **********
MAP Score: 8.04999

Motif 4
TTACCCTGGTAGGTTTTTTATTTGCTCCGT	0	79	1
CCTTTGACTTACTTTTGTAAACCCAAAAAG	0	131	1
CCCAAAAAGTGGTCTTGTAAACCACTTTGG	0	152	1
GTTCCAAAGCGCTTTTTTTAGGTTTGCTGG	0	198	1
GTTTGCTGGCAGTTCTTTTAGCCAAAAAAG	0	219	1
TAGCCAAAAAAGTTTTTTTATTCTAAGATA	0	237	1
TAAGATATAAAGTGTTTTAAAGTGTCACAA	0	260	1
TTTAGACATAGGTTGTGTTAAGGGATTTTT	1	19	1
GTTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCA	1	30	1
AACTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACAC	1	76	1
TTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACT	1	145	1
          **********
MAP Score: 5.68806

Motif 5
GCGGAGCTGAGGGTTACAGGTTCGATTCCTGTTGGTGACGC	0	13	1
GGGTAACACTGGTAGGTTAGAAAGTATTATGGCGTCACCAA	0	44	0
TACCCTGGTAGGTTTTTTATTTGCTCCGTTGGCTCACGGTG	0	80	1
CCACTTTTTGGGTTTACAAAAGTAAGTCAAAGGTGGTTTCA	0	123	0
GCACCAAAGTGGTTTACAAGACCACTTTTTGGGTTTACAAA	0	144	0
GCTTTTTTTAGGTTTGCTGGCAGTTCTTTTAGCCAAAAAAG	0	208	1
AAGATATAAAGTGTTTTAAAGTGTCACAAAGTGGCATAAAG	0	261	1
TTGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCATGTAAATACATC	1	31	1
TTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTGCAAGCTCCTT	1	145	1
TTATTAAGGAGGATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCA	1	194	1
AAATGGTGTTGGTTAGCAATCATTAATTAAGTTAACTTGCT	1	238	1
          GCTTTGTAATTTTACATTATGCACCAAACAG	1	279	0
          ** ** ***       *  **
MAP Score: 0.504639