AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247443
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	thyA	300	Mycoplasma pneumoniae, thymidylate synthase; similar to Swiss-Prot Accession Number P13954, from S. aureus
#1	MG211	206	Mycoplasma pneumoniae, MG211 homolog, from M. genitalium

Motif 1
TTTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTTTTCTGT	0	96	1
AAGATTGAAGTTAAAAACGATGATTTAGAGTTAGCTTT	1	15	1
AGAGTTAGCTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAG	1	41	1
TAACCACCGGTTTGAATAGTTAATTGAGCTGCTAAAAC	0	54	1
TTTTGGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTGTTTTAA	0	176	1
ATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTAACATTGTTTTAA	0	198	1
TTAACATTGTTTTAAAAGGCTCCATTAGCTCATTTTTG	0	221	1
TTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTATAAAGCT	0	254	1
          ATAAAACTGGTAAGGTGCTAGTAACTAG	1	188	0
GCTTTAAAGCTTATAAAGCTTTAAAAAAAGGCGTTTAA	0	272	1
          *** **  * * *   **
MAP Score: 12.8087

Motif 2
GTTTATCTCTTAACCACCGGTTTGAATAGTTAATTGAGCTG	0	44	1
TGAATAGTTAATTGAGCTGCTAAAACGGCTTTTTAGTGTCT	0	66	1
TTTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTTTTCTGTGCC	0	96	1
AAATGAGCCCTACAGGCCGTTTTGGGGGCTTACAAGCGGTT	0	157	1
CAAGCGGTTATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTAACATTG	0	189	1
TAACAGGTTATTAACATTGTTTTAAAAGGCTCCATTAGCTC	0	211	1
TTAGCTCATTTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTAT	0	245	1
TAAACGCCTTTTTTTAAAGCTTTATAAGCTTTAAAGCGGTT	0	268	0
AGAGTTAGCTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAA	1	41	1
          **   *  * **     ****
MAP Score: 10.2154

Motif 3
TACAAAAAGCATTCAGCGTTTATCTCTTAAC	0	27	1
TTTATCTCTTAACCACCGGTTTGAATAGTTA	0	45	1
GAATAGTTAATTGAGCTGCTAAAACGGCTTT	0	67	1
TAAGACACTAAAAAGCCGTTTTAGCAGCTCA	0	78	0
TTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTT	0	97	1
AAATGAGCCCTACAGGCCGTTTTGGGGGCTT	0	157	1
TTTGGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTG	0	177	1
AAGCGGTTATTAACATTGTTTTAACAGGTTA	0	190	1
AACAATGTTAATAACCTGTTAAAACAATGTT	0	201	0
GAGCCTTTTAAAACAATGTTAATAACCTGTT	0	212	0
TAGCTCATTTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTT	0	246	1
TTTATAAGCTTTAAAGCGGTTTTAACACTGC	0	258	0
TTTAAAGCTTATAAAGCTTTAAAAAAAGGCG	0	274	1
AAGCTTTAAAAAAAGGCGTTTAA        	0	287	1
GCTAACTCTAAATCATCGTTTTTAACTTCAA	1	19	0
TTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAA	1	51	1
TTCGCTAGAAATTCGCCGTTTAGCACAGCGT	1	71	1
ATTACGAAACTTACGGCGTTTCTTCTGCGCA	1	152	0
         ATAAAACTGGTAAGGTGCTAGT	1	194	0
          ** ********
MAP Score: 9.35225

Motif 4
ACCGGTGGTTAAGAGATAAACGCTGAATGC	0	35	0
GCTGCTAAAACGGCTTTTTAGTGTCTTATA	0	81	1
GGCACAGAAAAGGCTTTCTAAGCGCTTATA	0	107	0
GGCTTACAAGCGGTTATTAACATTGTTTTA	0	183	1
AATGTTAATAACCTGTTAAAACAATGTTAA	0	199	0
GAGCTAATGGAGCCTTTTAAAACAATGTTA	0	222	0
CTCATTTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAA	0	249	1
AGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTATAAAG	0	260	1
CCTTTTTTTAAAGCTTTATAAGCTTTAAAG	0	273	0
CTTTAAAAAAAGGCGTTTAA          	0	290	1
CTCTAAATCATCGTTTTTAACTTCAATCTT	1	15	0
ACCCGTTTAAACTTTTTTAAAGCTAACTCT	1	41	0
TTCTAGCGAAACCCGTTTAAACTTTTTTAA	1	51	0
          **********
MAP Score: 2.55395