AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons021_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247454
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	thyA	300	Mycoplasma pneumoniae, thymidylate synthase; similar to Swiss-Prot Accession Number P13954, from S. aureus
#1	MG211	206	Mycoplasma pneumoniae, MG211 homolog, from M. genitalium
#2	H10_orf220L	48	Mycoplasma pneumoniae, H10_orf220L Protein
#3	H10_orf206	38	Mycoplasma pneumoniae, H10_orf206 Protein

Motif 1
TTAACCACCGGTTTGAATAGTTAATTGAGC	0	53	1
CTAAAAAGCCGTTTTAGCAGCTCAATTAAC	0	72	0
CTTTCTAAGCGCTTATAAGACACTAAAAAG	0	94	0
TCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTTTTCTGT	0	104	1
GTTAATAACCGCTTGTAAGCCCCCAAAACG	0	174	0
TATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTAACA	0	197	1
TATTAACATTGTTTTAAAAGGCTCCATTAG	0	219	1
CTTTAAAGCGGTTTTAACACTGCAAAAATG	0	251	0
AGCTTTATAAGCTTTAAAGCGGTTTTAACA	0	262	0
AGCTTATAAAGCTTTAAAAAAAGGCGTTTA	0	279	1
TTTAGAGTTAGCTTTAAAAAAGTTTAAACG	1	38	1
CTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAG	1	49	1
GAATGCGCTTGCGTGAAAAGCGAAAGATTG	1	124	1
ACGCGCTTGCGCTTAAAAAATCGCT     	2	33	1
          **********
MAP Score: 15.9004

Motif 2
TAACCACCGGTTTGAATAGTTAATTGAGCTGCTAAAAC	0	54	1
TTTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTTTTCTGT	0	96	1
TTTTGGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTGTTTTAA	0	176	1
ATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTAACATTGTTTTAA	0	198	1
TTAACATTGTTTTAAAAGGCTCCATTAGCTCATTTTTG	0	221	1
TTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTATAAAGCT	0	254	1
AAGATTGAAGTTAAAAACGATGATTTAGAGTTAGCTTT	1	15	1
AGAGTTAGCTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTTTCGCTAG	1	41	1
          ATAAAACTGGTAAGGTGCTAGTAACTAG	1	188	0
GAGCTTAATTTTAAAAATGTAAAATAACGGCC      	3	16	1
          *** **  * * *   **
MAP Score: 15.3141

Motif 3
TTGAATAGTTAATTGAGCTGCTAAAACGGCTTTTTAGTGT	0	65	1
CTCATTTTAGGCTCAAGCTAGGAAAATGGCACAGAAAAGG	0	124	0
CATTTTCCTAGCTTGAGCCTAAAATGAGCCCTACAGGCCG	0	136	1
TAATAACCGCTTGTAAGCCCCCAAAACGGCCTGTAGGGCT	0	162	0
TTAGCTCATTTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTA	0	245	1
TTAAAACCGCTTTAAAGCTTATAAAGCTTTAAAAAAAGGC	0	264	1
CGATGATTTAGAGTTAGCTTTAAAAAAGTTTAAACGGGTT	1	32	1
AGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAATTCGCCGTTTAGCACA	1	58	1
GAAAAGGAATGCGCTTGCGTGAAAAGCGAAAGATTGCGCA	1	118	1
AAAAGCGAAAGATTGCGCAGAAGAAACGCCGTAAGTTTCG	1	139	1
          * *   **    *** ** *
MAP Score: 9.57423

Motif 4
CATTTTCCTAGCTTGAGCCTAAAATGAGCCCTAC	0	136	1
AGTTTAAACGGGTTTCGCTAGAAATTCGCCGTTT	1	58	1
CTTCGAAAAGGAATGCGCTTGCGTGAAAAGCGAA	1	114	1
AAAAGCGAAAGATTGCGCAGAAGAAACGCCGTAA	1	139	1
TACCTAACGCGCTTGCGCTTAAAAAATCGCT   	2	27	1
          * ******  ** *
MAP Score: 1.14945