AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons022_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247467
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	potA	300	Mycoplasma pneumoniae, spermidine/putrescine transport ATP-binding prot; similar to Swiss-Prot Accession Number P23858, from E. coli
#1	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#2	lysS	44	Mycoplasma pneumoniae, lysyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P37477, from B. subtilis
#3	hlyC	25	Mycoplasma pneumoniae, hemolysin (hlyC) homolog protein; similar to GenBank Accession Number G64060, from H. influenzae
#4	infB	280	Mycoplasma pneumoniae, protein synthesis initiation factor 2; similar to Swiss-Prot Accession Number P04766, from B. stearothermophilus

Motif 1
 TTTGTTAATTCCCCTTCTTTTAGCCTACAAC	0	9	1
GTTAAAAGATTCCCTTTCTTTTTATCAAGAAA	0	55	1
TCTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAAT	0	102	1
GACTGTTTTTGGACTAAATTTTGAACCAAAAT	0	119	0
AACAGTTTTTGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAA	0	154	0
CCCTAAAACTGGGATAAATTTTCTTGCAAAAA	0	214	0
AAGAAAAAACGGTATTTATTGTAGCAATTTTT	0	259	0
        AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTA	1	2	1
GTTTGGATTCGCCATAAATTTTGCTTATGGCT	1	39	1
TTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACGTGCA	1	58	1
AAAAAATTATTATCTTAATTTTAAGCAATTA 	2	9	0
AGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT        	3	2	0
CTTTTGCTAAGCCGCTACTTTTGCGTCTTGTA	4	71	1
CCGTAGTTGATGCTCTAATTTTACAAGACGCA	4	92	0
TTGTAACAGTGCTTTAAAGTTTTTCCGCTCCA	4	185	0
     CGCTTTCCCTTTCCTTTAAACAAGCAA	4	263	0
          **  ********
MAP Score: 16.649

Motif 2
ATAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAG	0	272	1
ACTTCTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTTT	0	39	1
GATCACATTATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAA	4	253	1
ATCTCTTTTTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTTTA	0	87	1
TGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAATTTGACTGTT	0	144	0
          TAATTGCTTAAAATTAAGATAAT	2	0	1
TATTTAAGTGTAGCTGCTTTAAAACTGGAGCGG	4	160	1
AAAAAGAGATTTTCTTGATAAAAAGAAAGGGAA	0	64	0
TAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACG	1	53	1
GGGATAAATTTTCTTGCAAAAAAATGATTGCAA	0	203	0
AGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCA	0	109	1
GCCGCTACTTTTGCGTCTTGTAAAATTAGAGCA	4	81	1
AATTTGACTGTTTTTGGACTAAATTTTGAACCA	0	123	0
CCACCCGTAGTTGATGCTCTAATTTTACAAGAC	4	95	0
          **  ***** ***
MAP Score: 13.7622

Motif 3
TTTTAAGACATAAAAAAAGAGATTTTCTTGATAAAAAGA	0	71	0
TTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAAT	0	95	1
AAATTTAGTCCAAAAACAGTCAAATTTTTAGCACAAATT	0	130	1
AAAAATCTCACAAAATTGCAATCATTTTTTTGCAAGAAA	0	188	1
GCTTGCCCCCTAAAACTGGGATAAATTTTCTTGCAAAAA	0	214	0
TTTTAGGGGGCAAGCGGGGTCAAAAATTGCTACAATAAA	0	238	1
CGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCC	1	13	1
TATAATTGTTTGGATTCGCCATAAATTTTGCTTATGGCT	1	32	1
TTTTAACTTTCCAACGTGCACATTAAATGGAAGACAATT	1	70	1
      AAGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT        	3	2	0
TCACACTATGCAAAGTTGGCGCCAATGTTTAGTTACCAG	4	27	1
GCAAACACTACCAGGTCGGGGGTATTATTTAAGTGTAGC	4	135	1
TCCCTTTCCTTTAAACAAGCAATAATGTGATCTAGCTCT	4	246	0
          * **   **    *** **
MAP Score: 7.77212

Motif 4
CTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTTTCTTTTTATCAAGAAA	0	43	1
TTCCCTTTCTTTTTATCAAGAAAATCTCTTTTTTTATGTCTTAA	0	64	1
TCTTTTTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAAT	0	90	1
GTTCAAAATTTAGTCCAAAAACAGTCAAATTTTTAGCACAAATT	0	125	1
TGCAAAAAAATGATTGCAATTTTGTGAGATTTTTTGAACAGTTT	0	178	0
ATCATTTTTTTGCAAGAAAATTTATCCCAGTTTTAGGGGGCAAG	0	208	1
GGGTCAAAAATTGCTACAATAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAAT	0	254	1
          *     ***      *  * ****
MAP Score: 5.04346

Motif 5
AAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAAAA	0	107	1
TTTTGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAATTTGACTGTTTT	0	142	0
AAAATCTCACAAAATTGCAATCATTTTTTTGCAAGAAA	0	189	1
TTTTTGCAAGAAAATTTATCCCAGTTTTAGGGGGCAAG	0	214	1
AGCGGGGTCAAAAATTGCTACAATAAATACCGTTTTTT	0	250	1
GCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCC	1	14	1
GATTCGCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCC	1	44	1
 TAATTGCTTAAAATTAAGATAATAATTTTTTAAATTT	2	9	1
     AAGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT        	3	2	0
CACACTATGCAAAGTTGGCGCCAATGTTTAGTTACCAG	4	28	1
TGCGTCTTGTAAAATTAGAGCATCAACTACGGGTGGAT	4	92	1
GCGTTTTTGTAACAGTGCTTTAAAGTTTTTCCGCTCCA	4	185	0
          *** **    ***   **
MAP Score: 4.00409

Motif 6
CTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTTTCTT	0	43	1
TTCCCTTTCTTTTTATCAAGAAAATCTCTTTT	0	64	1
GGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAAA	0	112	1
TGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAATTTGACTGT	0	145	0
ACTGCAAAAACTGTTCAAAAAATCTCACAAAA	0	171	1
TGCAATCATTTTTTTGCAAGAAAATTTATCCC	0	204	1
GGGTCAAAAATTGCTACAATAAATACCGTTTT	0	254	1
ATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAGTTA	0	276	1
CTTTAAAGCACTGTTACAAAAACGCTTAAAGG	4	198	1
ACATTATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAAGC	4	257	1
          ***** *** **
MAP Score: 1.71206