AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_operons022_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247483
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	potA	300	Mycoplasma pneumoniae, spermidine/putrescine transport ATP-binding prot; similar to Swiss-Prot Accession Number P23858, from E. coli
#1	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#2	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#3	lysS	44	Mycoplasma pneumoniae, lysyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P37477, from B. subtilis
#4	hlyC	25	Mycoplasma pneumoniae, hemolysin (hlyC) homolog protein; similar to GenBank Accession Number G64060, from H. influenzae
#5	infB	280	Mycoplasma pneumoniae, protein synthesis initiation factor 2; similar to Swiss-Prot Accession Number P04766, from B. stearothermophilus

Motif 1
AGTTGTAGGCTAAAAGAAGGGGAATTAACAAA    	0	6	0
ATTTTCTTGATAAAAAGAAAGGGAATCTTTTAACAA	0	53	0
TTTTAAGACATAAAAAAAGAGATTTTCTTGATAAAA	0	74	0
TTTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCA	0	94	1
TATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAAAAACAGTCAAA	0	118	1
GTTTTTGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAATTTGACTG	0	146	0
AATTTAACTGCAAAAACTGTTCAAAAAATCTCACAA	0	165	1
CGCTTGCCCCCTAAAACTGGGATAAATTTTCTTGCA	0	218	0
CAAGCGGGGTCAAAAATTGCTACAATAAATACCGTT	0	248	1
GTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAGTTAAA       	0	281	1
TATACCACATTAAAAATTAAGCGATT          	1	0	0
AAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCAAACAAT	1	36	0
ATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGCCATCCA	2	220	1
CCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAG	2	253	1
   TAATTGCTTAAAATTAAGATAATAATTTTTTAA	3	7	1
       AAGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT    	4	6	0
TTACAAGACGCAAAAGTAGCGGCTTAGCAAAAGACT	5	68	0
TTGCGTCTTGTAAAATTAGAGCATCAACTACGGGTG	5	91	1
CGCTCCAGTTTTAAAGCAGCTACACTTAAATAATAC	5	156	0
ACAAAAACGCTTAAAGGTAAGCTGTTCTGACGCAGA	5	213	1
TATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAAGCG       	5	261	1
          *****  ** *  * *
MAP Score: 19.4367

Motif 2
TTTGTTAATTCCCCTTCTTTTAGCCTACAAC	0	10	1
CCTACAACTTCTCTTTTTTCTTGTTAAAAGA	0	33	1
TTAAAAGATTCCCTTTCTTTTTATCAAGAAA	0	56	1
TCAAGAAAATCTCTTTTTTTATGTCTTAAAA	0	79	1
CTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAAT	0	103	1
ACAATAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTA	0	269	1
       AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTA	1	3	1
TTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACGTGCA	1	59	1
CAACACTATTCCCTTAGCTCTAACTTAATAT	2	13	1
TTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATGTACAT	2	87	1
TGTCATGGTAGCCTTTCTTATATATGTACTA	2	117	0
ATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTAT	2	157	0
AGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGA	2	268	0
          GCCCTTTTTATAGTTTTTTTG	2	289	0
TTTTGCTAAGCCGCTACTTTTGCGTCTTGTA	5	72	1
CGTAGTTGATGCTCTAATTTTACAAGACGCA	5	92	0
    CGCTTTCCCTTTCCTTTAAACAAGCAA	5	263	0
          ****** ****
MAP Score: 15.9934

Motif 3
TTTAGCCTACAACTTCTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTT	0	28	1
TTTATCAAGAAAATCTCTTTTTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTT	0	75	1
TATGTCTTAAAAGTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCC	0	98	1
TTTGTGCTAAAAATTTGACTGTTTTTGGACTAAATTTTGAACC	0	124	0
AAATCTCACAAAATTGCAATCATTTTTTTGCAAGAAAATTTAT	0	190	1
TTGCTACAATAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAGTT	0	264	1
CAGAACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCATCTTGGT	2	53	0
TTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAATTA	2	191	0
ATGGATGGCCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAACTAT	2	214	0
TAATTGCTTAAAATTAAGATAATAATTTTTTAAATTTGTCTTC	3	10	1
ACGCAGAGCTAGATCACATTATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGA	5	242	1
          ** *     *  *  ***   **
MAP Score: 15.6948

Motif 4
TATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAAAAACAGTCAAA	0	118	1
AAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCAAACAAT	1	36	0
TTACAAGACGCAAAAGTAGCGGCTTAGCAAAAGACT	5	68	0
ATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAA	2	267	1
AAAAACTGTTCAAAAAATCTCACAAAATTGCAATCA	0	176	1
AATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTAT	2	156	1
CAAGCGGGGTCAAAAATTGCTACAATAAATACCGTT	0	248	1
ATTTTTAGCACAAATTTAACTGCAAAAACTGTTCAA	0	153	1
       CTCCAACACTATTCCCTTAGCTCTAACTT	2	3	1
ATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGCCATCCA	2	220	1
         ATAAAATTTAAACCTAATTTAACTT  	4	1	1
AGTAAAGGGCCAGAACAAACAACTAATTTTCTTCAT	2	70	0
GACAAATTTAAAAAATTATTATCTTAATTTTAAGCA	3	14	0
AATTTTGAACCAAAATAAAGACCACTTTTAAGACAT	0	99	0
AAAACTGGGATAAATTTTCTTGCAAAAAAATGATTG	0	206	0
          ***** **    * **
MAP Score: 15.0665

Motif 5
TCTTTTTATCAAGAAAATCTCTTTTTTTAT	0	71	1
AAATTTAGTCCAAAAACAGTCAAATTTTTA	0	130	1
AATTTAACTGCAAAAACTGTTCAAAAAATC	0	165	1
AAAAACTGTTCAAAAAATCTCACAAAATTG	0	176	1
ATTTTTAAAGAAAAAACGGTATTTATTGTA	0	268	0
GTACATATATAAGAAAGGCTACCATGACAT	2	119	1
AAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGG	2	279	1
GTTTAGTTACCAGAAAGTCTTTTGCTAAGC	5	53	1
AAAACTGGAGCGGAAAAACTTTAAAGCACT	5	180	1
AGCACTGTTACAAAAACGCTTAAAGGTAAG	5	204	1
AGCTCTGCGTCAGAACAGCTTACCTTTAAG	5	222	0
          **********
MAP Score: 8.77086

Motif 6
AACTTCTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTTT	0	38	1
AAAAAAGAGATTTTCTTGATAAAAAGAAAGGGAA	0	64	0
GTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAAA	0	110	1
CTGGGATAAATTTTCTTGCAAAAAAATGATTGCA	0	204	0
TAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAGTT	0	273	1
ATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAAT	2	211	0
          ****  *  *****
MAP Score: 5.2908

Motif 7
CTTCTCTTTTTTCTTGTTAAAAGATTCCCTTTC	0	40	1
AAAAGAGATTTTCTTGATAAAAAGAAAGGGAAT	0	63	0
TCTCTTTTTTTATGTCTTAAAAGTGGTCTTTAT	0	88	1
GTGGTCTTTATTTTGGTTCAAAATTTAGTCCAA	0	110	1
AATTTGACTGTTTTTGGACTAAATTTTGAACCA	0	123	0
TGCAGTTAAATTTGTGCTAAAAATTTGACTGTT	0	144	0
GGATAAATTTTCTTGCAAAAAAATGATTGCAAT	0	202	0
TTAGGGGGCAAGCGGGGTCAAAAATTGCTACAA	0	240	1
TAAATACCGTTTTTTCTTTAAAAATTAAGTAGT	0	273	1
TAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATT	2	195	1
AATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATA	2	213	0
          TAATTGCTTAAAATTAAGATAAT	3	0	1
ATTTAAGTGTAGCTGCTTTAAAACTGGAGCGGA	5	161	1
ATCACATTATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAA	5	254	1
          * **** * ****
MAP Score: 1.76561