AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_profile001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247513
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#1	argS	27	Mycoplasma pneumoniae, arginyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P41253, from B. lactofermentum
#2	MG377	42	Mycoplasma pneumoniae, MG377 homolog, from M. genitalium
#3	MG369	54	Mycoplasma pneumoniae, MG369 homolog, from M. genitalium
#4	MG328	300	Mycoplasma pneumoniae, MG328 homolog, from M. genitalium
#5	cbiO	157	Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium

Motif 1
ATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCTAC	0	108	1
GGCTACCATGACATTATATATAATAGGCATCCA	0	135	1
ATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTT	0	171	1
TTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAA	0	202	0
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC	0	245	1
AAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAAC	0	265	1
AACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC   	0	280	1
    TTTGCAAGGTTAAATATAATTTAAGTA  	1	6	1
AAACCGATTTATCACAGATAAAACAGGTTTTAA	3	25	1
CACGATTTTGACGAAAACTTAAACGAACAAAGT	4	17	1
AGAACCAACAAGGGAAACAATAACAGTTCCCCT	4	91	1
TTACTGTTGCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCA	5	10	1
CAGGTCAAATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTT	5	46	0
AAAGTGCTTAAAGACGTCTATAAACCATTATTA	5	79	0
TTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGA	5	125	0
AAATTTAAAAATAAAAACTTAAA          	5	144	1
          *  * ********
MAP Score: 14.9205

Motif 2
AGATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTTC	0	57	1
TTATATATGTACTATGTACATATATAGTAAAGGGCCA	0	94	0
TTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATAC	0	198	0
TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAA	0	245	1
ATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACT	0	262	1
AACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC       	0	280	1
GATTTTGACGAAAACTTAAACGAACAAAGTTTGCTCA	4	20	1
TTACCCTAGAACCAACAAGGGAAACAATAACAGTTCC	4	84	1
GGCGAATTAGATCAGTTAGAGAAAGAACAATCAATTC	4	155	1
CACCATATCTACCATAAAGTGAAAAAAATTGCGAATT	4	187	0
TTACTGTTGCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTA	5	10	1
CAGGTCAAATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTTAACT	5	42	0
TTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATGGTTTAAAA	5	110	0
TCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA   	5	133	1
          *  *  ** * *** **
MAP Score: 12.9531

Motif 3
TTCTTCATTGTTTAACCATCTTGGTATTAA	0	48	0
ATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATA	0	163	1
ATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAA	0	262	1
ATTGTAATTCTTAAACCAACGCCCTT    	2	6	0
GAATTACAATTTAAACGATATTAAAT    	2	26	1
TAATGGCAATATAAACCGATTTATCACAGA	3	13	1
TGACGAAAACTTAAACGAACAAAGTTTGCT	4	25	1
TGGTGTGGTCAAAAGCCAACCCCATGTTGA	4	219	1
TGTTGATGTGTTAAACCACTTCGCTAACCA	4	243	1
CTCCAAGTTCATAAACCGCAAACCGTTGAT	4	274	1
AAAGACGTCTATAAACCATTATTACAGGTC	5	73	0
TAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTA	5	102	1
          **********
MAP Score: 5.41675

Motif 4
AAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCATCTTGGTATTAAA	0	47	0
AAATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAG	0	77	1
TATAATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACA	0	189	1
TGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGGC	0	248	0
    GCCCTTTTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATT	0	271	0
AATTCGCAATTTTTTTCACTTTATGGTAGATATGGTGTGGTCA	4	187	1
TAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTAATAATGG	5	45	1
GTAATAATGGTTTATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCAT	5	78	1
TTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAA	5	110	1
          TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAG	5	134	0
          ***      **  *  *  ** *
MAP Score: 3.39237