AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_profile001_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247529
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaN	300	Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus
#1	argS	27	Mycoplasma pneumoniae, arginyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P41253, from B. lactofermentum
#2	MG377	42	Mycoplasma pneumoniae, MG377 homolog, from M. genitalium
#3	MG369	54	Mycoplasma pneumoniae, MG369 homolog, from M. genitalium
#4	MG328	300	Mycoplasma pneumoniae, MG328 homolog, from M. genitalium
#5	putative	300	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium
#6	dnaK	55	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae
#7	cbiO	157	Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium

Motif 1
AGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATA	0	159	1
AATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAA	5	89	1
AAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAAC	0	264	1
TAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCTTT	5	256	1
AACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC    	0	280	1
CATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACA	0	250	1
CAAGATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTT	0	55	1
ATTACAGGTCAAATAAGACATAAAAAAAGAGCAG	7	49	0
CATAAAGTGAAAAAAATTGCGAATTGATTGTTCT	4	178	0
TTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATG	7	118	0
TAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA         	7	142	1
TTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAA	0	201	0
TAGATCAGTTAGAGAAAGAACAATCAATTCGCAA	4	162	1
          *** ***  * ***
MAP Score: 16.3225

Motif 2
ACCATCTTGGTATTAAAGGGATATTAAGTTA	0	33	0
GCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTAT	0	161	1
AAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCA	0	260	1
AATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATA	0	271	1
AAATTGTAATTCTTAAACCAACGCCCTT   	2	7	0
AAGAATTACAATTTAAACGATATTAAAT   	2	24	1
ATTAATGGCAATATAAACCGATTTATCACAG	3	11	1
TTTGACGAAAACTTAAACGAACAAAGTTTGC	4	23	1
TATGGTGTGGTCAAAAGCCAACCCCATGTTG	4	217	1
CATGTTGATGTGTTAAACCACTTCGCTAACC	4	241	1
AACTCCAAGTTCATAAACCGCAAACCGTTGA	4	272	1
 ACCAATTGGTGATAAGCGGATTAAAACAGG	5	9	1
AAAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATTTCTT	5	66	1
ATTTTGTACATTTTAAACCACGATGGCATGA	5	135	0
AAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATTAAGC	5	153	1
TAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACC	5	256	1
GTGCTAAATATTATAAACAAATCGTTAGCAC	6	26	0
TTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATT	7	100	1
          * *********
MAP Score: 14.6201

Motif 3
GAACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCATCT	0	57	0
TGGCCCTTTACTATATATGTACATAGTACATATATAA	0	94	1
CCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAA	0	212	0
TTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGGCCAA	0	245	0
AGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTAT	0	262	0
       GCCCTTTTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTT	0	280	0
TGAGCAAACTTTGTTCGTTTAAGTTTTCGTCAAAATC	4	20	0
GGAACTGTTATTGTTTCCCTTGTTGGTTCTAGGGTAA	4	84	0
GAATTGATTGTTCTTTCTCTAACTGATCTAATTCGCC	4	155	0
AATTCGCAATTTTTTTCACTTTATGGTAGATATGGTG	4	187	1
TTTTATCTAACTATTTAAGTAAATCTATTCCTGTTTT	5	32	0
TTCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATTGAT	5	86	0
ATCTCTTGGCTTAATTTTGTACATTTTAAACCACGAT	5	142	0
GGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTAT	5	198	1
TTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGT	7	12	0
AGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTG	7	42	1
TTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTATTTTTAAAA	7	110	1
   TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA	7	133	0
          ** *** * **  *  *
MAP Score: 13.8031

Motif 4
AGAAAATTAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTAC	0	74	1
ATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGATGCCTAT	0	157	0
TTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATT	0	261	0
TTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTA	0	273	0
ATTGTTTCCCTTGTTGGTTCTAGGGTAATGT	4	81	0
TGCGAATTGATTGTTCTTTCTCTAACTGATC	4	164	0
CAATTCGCAATTTTTTTCACTTTATGGTAGA	4	186	1
AAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATT	5	89	0
ACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACT	5	201	1
AAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGGCACTT	5	258	0
 TAACGCGGTTTTTGCTCTCTAAAGGTTAAA	5	280	0
AACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCT	7	47	1
    TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAA	7	140	0
          ***** *****
MAP Score: 11.4033

Motif 5
TTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAAAAGCTAGTTTTTACCT	5	239	0
AGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA	0	28	1
TATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAAT	7	90	1
TGTTGATGTGTTAAACCACTTCGCTAACCAACTCCAAGTT	4	243	1
TAGTTGTTTGTTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAGT	0	81	1
TTAACAAAATTAGTGACATTTGGCCATCCATAATAAATAA	0	226	1
AAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCATCTTGGTATT	0	50	0
TAAAGCAAAAATTTAACCTTTAGAGAGCAAAAACCGCGTT	5	269	1
GAATTGATTGTTCTTTCTCTAACTGATCTAATTCGCCAAA	4	152	0
CAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATTGATTGCTT	5	81	0
TATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGAC	0	203	1
TATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATTAATTTGGC	0	177	0
GGCACTAAAGCAGTTTTTCTTACTTATCAATACTTATTTT	5	198	1
AATTCGCAATTTTTTTCACTTTATGGTAGATATGGTGTGG	4	187	1
TACTTATCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTA	5	218	1
AATATCGTTTAAATTGTAATTCTTAAACCAACGCCCTT  	2	8	0
          ** *  * ***    * * *
MAP Score: 6.96453

Motif 6
TTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGCCATCCA	0	221	1
CATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAG	0	254	1
AAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGG	0	274	1
ATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCA	5	55	1
AATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTTTGAAA	5	89	1
TAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGATTAAGCTA	5	151	1
TTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCTTT	5	255	1
GTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCT	7	21	1
AATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTTAACTGCCCT	7	37	0
TTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAATGG	7	117	0
          ****  ***  ** *
MAP Score: 4.89397

Motif 7
TAATACCAAGATGGTTAAACAATGAAGAAAA	0	49	1
     TTTGCAAGGTTAAATATAATTTAAGT	1	5	1
   AAGGGCGTTGGTTTAAGAATTACAATTT	2	7	1
TAGATATGGTGTGGTCAAAAGCCAACCCCAT	4	213	1
GGTTAGCGAAGTGGTTTAACACATCAACATG	4	241	0
TCATGCCATCGTGGTTTAAAATGTACAAAAT	5	135	1
GGTTTAAAAAGTGCTTAAAGACGTCTATAAA	7	88	0
          ********* *
MAP Score: 3.37471