AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_profile002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247565
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	infC	89	Mycoplasma pneumoniae, translation initiation factor IF3; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05426, from M. fermentans
#1	C09_orf223	300	Mycoplasma pneumoniae, C09_orf223 Protein
#2	fruA	300	Mycoplasma pneumoniae, fructose-permease IIBC component; similar to Swiss-Prot Accession Number P20966, from E. coli
#3	ptsG	51	Mycoplasma pneumoniae, PTS system, glucose-specific IIABC component; similar to Swiss-Prot Accession Number P20166 and P08875, from B. subtilis

Motif 1
TATTGGCGCTATACAAAGTAGTCTTTACGACTCGCCCGA	0	60	1
AATCGGAAGCAGAATTAGAAGCCTTTAAGAAACATAACA	1	179	1
TTTAAGAAACATAACACTAAGGTTTTTTGAACGAAGGTA	1	202	1
GTATGAACTGATACCAAAGAAACTTTGAGTTCTACAAGC	1	238	1
GTTGCAAACAATTTATAAAAATTTTTGCGTTTTCTTTTA	2	12	0
TGTTAACAAGAAAGAAACGGAATTTTTAGAAGAGCTCGC	2	69	0
CTTACAATTTATATTGAGAAATTTTTATGGCGGAAGCGG	2	144	1
TAAATTTATTATAAATATTGGATTTTCTGACTTTAGG  	2	273	1
          * *   *  ** ****  *
MAP Score: 7.07987

Motif 2
  AATTACTCCTTAATGGTTAATTGAGTTA	0	8	1
GTTGGAGATTGTTAAAATATTGGCGCTATA	0	43	1
TCTTCTTTGCCTTACTGTTTTATGCCATTT	1	20	1
CTGGTTTACTGTCACTGTTTGTTTTACCAG	1	62	1
GGTCCACAGGGTTAAAGTATTCAATTCGTT	1	131	0
TGTTATGTTTCTTAAAGGCTTCTAATTCTG	1	188	0
GCTTGTAGAACTCAAAGTTTCTTTGGTATC	1	247	0
TGATGGTCTGCTTACAATTTATATTGAGAA	2	134	1
       TCCCTCAATGTTTAAGTAACAAA	3	3	1
TTTTTAAATCCTTAAATTTTTGTTACTTAA	3	21	0
          **********
MAP Score: 6.83292

Motif 3
CGGTTGGAGATTGTTAAAATATTGGCGCTATACAAAGTAGT	0	41	1
AATCTTGCGCTTTTCCCAGAACTTTCCTGGTAAAACAAACA	1	77	0
AGTGTTATGTTTCTTAAAGGCTTCTAATTCTGCTTCCGATT	1	179	0
CATACCTTCGTTCAAAAAACCTTAGTGTTATGTTTCTTAAA	1	202	0
AAACTTTGAGTTCTACAAGCGTTTGGTTAATTGTCTTTCTG	1	257	1
TGCAAACAATTTATAAAAATTTTTGCGTTTTCTTTTATT  	2	8	0
GAAACGGAATTTTTAGAAGAGCTCGCTTAATTCCGGAATTT	2	54	0
GAATCTAAATTTATTATAAATATTGGATTTTCTGACTTTAG	2	268	1
 AAATGAACCTTTTTTAAATCCTTAAATTTTTGTTACTTAA	3	21	0
          ** *  ***   * *  *  *
MAP Score: 5.48961

Motif 4
TTAATTGAGTTAAAACGGTTGGAGATTGTTAAAA	0	26	1
ATGCCATTTGTTATGTGTTAGCTGGTTTACTGTC	1	41	1
AGCGCAAGATTTACTTGGAAGATGAACGAATTGA	1	107	1
ATCACATCTTTAAATCGGAAGCAGAATTAGAAGC	1	167	1
AAAATTTTTATAAATTGTTTGCAACAGCAAATTC	2	26	1
TTTCTCAATATAAATTGTAAGCAGACCATCAGTG	2	131	0
GAGAAATTTTTATGGCGGAAGCGGTGGGATTCGA	2	159	1
TAGAACGATCTAACACCTTAGCAGGGTGTCCTCT	2	205	1
          ***  *** *** *
MAP Score: 4.03485

Motif 5
CTTTGTATAGCGCCAATATTTTAACAATCTCCAACCG	0	41	0
TTTGTTTTACCAGGAAAGTTCTGGGAAAAGCGCAAGA	1	79	1
TCTGCTTCCGATTTAAAGATGTGATAAGCCTGGTCCA	1	155	0
AGAAACATAACACTAAGGTTTTTTGAACGAAGGTATG	1	206	1
TAAAAGAAAACGCAAAAATTTTTATAAATTGTTTGCA	2	12	1
ACCGCTTCCGCCATAAAAATTTCTCAATATAAATTGT	2	147	0
        TCCCTCAATGTTTAAGTAACAAAAATTTA	3	2	1
AGTAACAAAAATTTAAGGATTTAAAAAAGGTTCATTT	3	24	1
          *   ** *****   **
MAP Score: 3.85797

Motif 6
ATGGTTAATTGAGTTAAAACGGTTGGAGATTGTTAAAATATTG	0	22	1
AATGGCATAAAACAGTAAGGCAAAGAAGATCCCTGAGGA    	1	6	0
ATTTACTTGGAAGATGAACGAATTGAATACTTTAACCCTGTGG	1	115	1
CACATCTTTAAATCGGAAGCAGAATTAGAAGCCTTTAAGAAAC	1	169	1
 AATAAAAGAAAACGCAAAAATTTTTATAAATTGTTTGCAACA	2	9	1
AACAAGAAAGAAACGGAATTTTTAGAAGAGCTCGCTTAATTCC	2	61	0
CTTTCTTGTTAACAAAAAGCGCAATAAAAAAGCAGACCACTGA	2	94	1
AAAATTTCTCAATATAAATTGTAAGCAGACCATCAGTGGTCTG	2	126	0
CAGGAACTGGAATCTAAATTTATTATAAATATTGGATTTTCTG	2	259	1
TAAGTAACAAAAATTTAAGGATTTAAAAAAGGTTCATTT    	3	22	1
          **  * **    **  * *   *
MAP Score: 3.39083

Motif 7
GGTTAATTGAGTTAAAACGGTTGGAGATTGTTAAAATATTGGC	0	24	1
AAATATTGGCGCTATACAAAGTAGTCTTTACGACTCGCCCGA 	0	57	1
TTCATCTTCCAAGTAAATCTTGCGCTTTTCCCAGAACTTTCCT	1	90	0
TTAAATCGGAAGCAGAATTAGAAGCCTTTAAGAAACATAACAC	1	176	1
GCCTTTAAGAAACATAACACTAAGGTTTTTTGAACGAAGGTAT	1	199	1
       AATAAAAGAAAACGCAAAAATTTTTATAAATTGTTT	2	3	1
CTTTTTGTTAACAAGAAAGAAACGGAATTTTTAGAAGAGCTCG	2	70	0
ATCTAAATTTATTATAAATATTGGATTTTCTGACTTTAGG   	2	270	1
ATGTTTAAGTAACAAAAATTTAAGGATTTAAAAAAGGTTCATT	3	17	1
          *  * **   *  *  ***   *
MAP Score: 3.28756