AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_sum_all003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944247818
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dnaJ	45	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaJ; similar to Swiss-Prot Accession Number P17631, from B. subtilis
#1	pmd1_mtd1	335	pmd1: Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe, mtd1: Mycoplasma pneumoniae, 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase; similar to GenBank Accession Number A64081, from H. influenzae
#2	groES	187	Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis
#3	obg	203	Mycoplasma pneumoniae, GTP-binding protein Obg; similar to Swiss-Prot Accession Number P20964, from B. subtilis
#4	ileS	42	Mycoplasma pneumoniae, isoleucine-tRNA ligase; similar to GenBank Accession Number S40178, from S. aureus
#5	yihA	287	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli
#6	yaaF	147	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yaaF) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37529, from B. subtilis
#7	MG267	34	Mycoplasma pneumoniae, MG267 homolog, from M. genitalium
#8	rpl21	146	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L21; similar to Swiss-Prot Accession Number P26908, from B. subtilis
#9	rplK	55	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L11; similar to Swiss-Prot Accession Number P29395, from T. maritima
#10	oppB	275	Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis

Motif 1
     ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAAT	0	5	1
AGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCTTGACAAA	1	27	0
CTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAG	1	304	1
ATTAACAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGTGCAAAT	2	140	0
ACACTGGGATAGCTGCTCTTTGTTTGAACAATCTCA	3	86	1
TCTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTAC	3	117	1
         AAGCAGTTAAGTGTTAGAATTTAGAGC	6	1	1
TAGAATTTAGAGCCGTCACATCATTACGGTCGAATC	6	24	1
TGACTTTAGCAGGGGTTAATTTGTTATAATTTCACG	8	50	1
          *** ***   *  ***
MAP Score: 12.9559

Motif 2
GTGTTAATTATAAAACTGCTTTGAT        	0	2	0
       CTCTTAAGTTGTTGTTTTTTGTCAAG	1	3	1
TTAATTTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCT	1	289	1
GGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTT	2	117	1
TTTTTGAAAGCTAACTTAATTTGG         	3	1	0
GGACCATGTACCAACATGCTTTTTTTGAAAGCT	3	22	0
CAATCTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAA	3	114	1
AATAAACTTACTAACCTGGTTTTAATAACCAAC	3	142	1
  TAATTACGCTATTCTGATTTTATAAGATTCT	5	8	1
TGGGTTATCACGAATCTGTTTTTTAAAGATTTT	5	152	0
ATACATCGCCTTAATTTGGTTTTCGGTGATTGG	5	185	0
TTTTTAGCGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAG	10	60	1
          * ** *** ****
MAP Score: 12.5364

Motif 3
ATAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAA	1	293	0
CTACCAATTATTAACAATTAGCAGTTAAATGC	2	153	0
TAAGTTAGCTTTCAAAAAAAGCATGTTGGTAC	3	16	1
CATGAGATTGTTCAAACAAAGAGCAGCTATCC	3	92	0
AGTTTATTAATTAAAAAGCAGCTTGACATGAG	3	118	0
AATACGAAAATTAAAACCAAGCGAGCTCAACC	3	181	1
ATCAAAATCTTTAAAAAACAGATTCGTGATAA	5	149	1
ATGCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAAT	5	263	1
          *******  ***
MAP Score: 10.4292

Motif 4
ACAAAAAACGCCTAACTTAATCTTATATGACTAGTT	1	40	1
TATCAGTTGAGCTACATCCCCATTATTGGTGGAAGT	1	149	1
ACTAGCTTTGGCTAAATTAATATAATTATGAAGCGA	1	273	0
CGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTA	2	116	1
GCATTTAACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATA	2	153	1
   TAATTACGCTATTCTGATTTTATAAGATTCTAG	5	7	1
GTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAAATCTTT	5	125	1
CATGCTTAAGGCTAGACTTACTATATGTATTTATAT	8	16	0
TTTAGCAGGGGTTAATTTGTTATAATTTCACGCTTA	8	54	1
TTCTGCGGTTCCTAAATTTTGTTTATACAAAATACC	8	98	1
AATTGTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACCA	9	26	1
          ****  **    ****
MAP Score: 10.2056

Motif 5
CAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAATG	0	12	1
TTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTA	1	277	1
TTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGT	1	311	1
      TTAGTTTTAATTACTAACCACATA	2	4	1
TCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTACT	3	124	1
ACTAACCTGGTTTTAATAACCAACATAAGC	3	151	1
GCTCGCTTGGTTTTAATTTTCGTATTGCTT	3	177	0
GTTAGTTAAATATTAATAAAATTACTATGC	4	19	1
         TTATTAATTACTTCTGGTTTT	5	276	0
        CTTTATAATTTAATTAGCTTAA	7	2	1
GGTTAATTTGTTATAATTTCACGCTTATTT	8	63	1
          **********
MAP Score: 7.68064

Motif 6
TAAGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGC	1	35	0
ATATGACTAGTTAGACGTTTGGATCTTTAA	1	64	1
TACTAGTAGATTAAGCGTTTATTGCCAATA	2	51	0
TATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAAT	2	139	1
    AAGCAGTTAAGTGTTAGAATTTAGAG	6	6	1
AAGTCTAGCCTTAAGCATGACTTTAGCAGG	8	33	1
GAAGACGCAAATAAGCGTGAAATTATAACA	8	71	0
TGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACC	9	31	1
AAGTATATTCTTAAACGTTTGGGTTTGGCA	10	246	1
          **********
MAP Score: 5.32277

Motif 7
TTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATCTTTAATGG	1	62	1
      AAGCAGTTAAGTGTTAGAATTTAGAGCCG	6	4	1
CTAAAAACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTCTACA	10	32	0
TATAAGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCTTG	1	32	0
AACAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGTGCAAATAA	2	138	0
GATAGAAGTTAGTTAAATATTAATAAAATTACTAT	4	12	1
CCCCTTTCCCTGTTAGTCGGTGTCATTATTGGCTA	5	104	1
TGTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACCAAT	9	29	1
AACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATATTGAC	2	159	1
TTGTATATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA      	2	4	0
TCCCACAATTTGCTAGAAATTTTAAA         	9	1	0
GTATTGCTTATGTTGGTTATTAAAACCAGGTTAGT	3	151	0
          ******  ***   *
MAP Score: 4.02507

Motif 8
AGTGCAAATCAGGTGCTCTATCAGTTGAGCTACAT	1	131	1
AATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGC	2	130	1
ACACTGGGATAGCTGCTCTTTGTTTGAACAATCTC	3	86	1
TCTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTA	3	117	1
CGGTGTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAAA	5	121	1
TTAGCGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAGTGGAA	10	63	1
CCCTGTAGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGGTT	10	118	1
          *  **** *** * *
MAP Score: 2.96356

Motif 9
CCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGTGTTCAAG	10	212	1
     TTAGTTTTAATTACTAACCACATATACAAGGT	2	5	1
TTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAAATCTTTAAAAA	5	129	1
CAAGCTGCTTTTTAATTAATAAACTTACTAACCTGGT	3	125	1
ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAATGATTAA	0	10	1
AGCATAGTAATTTTATTAATATTTAACTAACTTCTAT	4	13	0
TTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 	1	309	1
GCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATTTAACT	2	126	1
CTAACCTGGTTTTAATAACCAACATAAGCAATACGAA	3	152	1
TAACTTAATCTTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATC	1	52	1
AAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCTTGACAAAAAACAA	1	21	0
GCAAGATCATTCATATCTATATCTTAATCTTAATCCT	5	45	0
          ****** * **     *
MAP Score: 1.99217

Motif 10
CCACCATTAAAGATCCAAACGTCTAACTAGT	1	69	0
AGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATT	1	291	0
GTTGGTTATTAAAACCAGGTTAGTAAGTTTA	3	144	0
TACGAAAATTAAAACCAAGCGAGCTCAACC 	3	183	1
CCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGT	5	185	1
CGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA	5	266	1
GTTTATACAAAATACCAAAAGAAACGGTTTT	8	118	1
GAGGGACCTGAGAACCAGGTTCCTTTTTCTT	10	191	1
          ********* *
MAP Score: 0.0443605