AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all003_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944247841 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 dnaJ 45 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaJ; similar to Swiss-Prot Accession Number P17631, from B. subtilis #1 pmd1_mtd1 335 pmd1: Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe, mtd1: Mycoplasma pneumoniae, 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase; similar to GenBank Accession Number A64081, from H. influenzae #2 D02_orf128 300 Mycoplasma pneumoniae, D02_orf128 Protein #3 groES 187 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis #4 lcnDR3 103 Mycoplasma pneumoniae, lactococcin transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P37608, from L. lactis #5 MG388 121 Mycoplasma pneumoniae, MG388 homolog, from M. genitalium #6 P200 99 Mycoplasma pneumoniae, protein P200; similar to GenBank Accession Number L38997_6, from M. pneumoniae #7 H03_orf152 169 Mycoplasma pneumoniae, H03_orf152 Protein #8 adh 213 Mycoplasma pneumoniae, NADP-dependent alcohol dehydrogenase; similar to Swiss-Prot Accession Number P14941, from T. brockii #9 obg 203 Mycoplasma pneumoniae, GTP-binding protein Obg; similar to Swiss-Prot Accession Number P20964, from B. subtilis #10 ileS 42 Mycoplasma pneumoniae, isoleucine-tRNA ligase; similar to GenBank Accession Number S40178, from S. aureus #11 yihA 287 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli #12 MG269 300 Mycoplasma pneumoniae, MG269 homolog, from M. genitalium #13 yaaF 147 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yaaF) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37529, from B. subtilis #14 MG267 34 Mycoplasma pneumoniae, MG267 homolog, from M. genitalium #15 rpl21 146 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L21; similar to Swiss-Prot Accession Number P26908, from B. subtilis #16 nrdE 23 Mycoplasma pneumoniae, ribonucleoside-diphosphate reductase; similar to Swiss-Prot Accession Number Q08698, from S. typhimurium #17 thyA 300 Mycoplasma pneumoniae, thymidylate synthase; similar to Swiss-Prot Accession Number P13954, from S. aureus #18 rplK 55 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L11; similar to Swiss-Prot Accession Number P29395, from T. maritima #19 oppB 275 Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis Motif 1 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACAC 0 4 1 CTCTTAAGTTGTTGTTTTTTGTCAAG 1 5 1 GCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGC 1 303 1 TAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 1 324 1 TCGCTAATGAAAACGGTTTTAACTCGATAAA 2 14 0 CTACTTGTTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAAAC 5 22 1 AGAAAGCTGCAAGCTGTCTTTAATAATTTGC 5 79 0 CTTGGAGCAGTTTTTTCAATCAACC 7 4 1 TTGTAGTTAAAAGCTGTGTTAATAAAACACT 8 66 0 AAAGAATGGTAAGCAGTTGTAGTTAAAAGCT 8 82 0 ATCTCATGTCAAGCTGCTTTTTAATTAATAA 9 116 1 GGTTATCACGAATCTGTTTTTTAAAGATTTT 11 152 0 TGCTAAGATTAAGCACTTTTATGCGTGTTAT 12 137 1 ATACCAAAAGAAACGGTTTTATTGAAA 15 129 1 AGACACTAAAAAGCCGTTTTAGCAGCTCAAT 17 76 0 AAGGCTTTCTAAGCGCTTATAAGACACTAAA 17 97 0 GGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTGTTT 17 180 1 ATAAGCTTTAAAGCGGTTTTAACACTGCAAA 17 255 0 **** ****** MAP Score: 25.7286 Motif 2 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACACTCG 0 7 1 AGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAG 1 306 1 CCTAATGCTAATTTCTTTTAAACCCTAAAAA 2 56 0 TTGGTTTTTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTA 2 259 1 ACAGGCTTTCAATAAGCAGATA 4 1 1 CTACTACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTG 4 19 0 GTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGCACCTTA 4 46 1 TGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAA 5 61 1 CAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAGAATTT 5 94 1 CTTGGAGCAGTTTTTTCAATCAACCGCA 7 7 1 CCATTTTCTCCAGTGTTTTATTAACACAGCT 8 55 1 AACTGCTTACCATTCTTTGAAGCCATTTGAA 8 95 1 GTTTGAGACGCTTGCTTTTAATAATTTTTGT 8 143 1 TACCAACATGCTTTTTTTGAAAGCTAACTTA 9 16 0 GCAGCTATCCCAGTGTTTCAAGTACGGGGAA 9 71 0 GATAGCTGCTCTTTGTTTGAACAATCTCATG 9 93 1 AACTTACTAACCTGGTTTTAATAACCAACAT 9 146 1 GTTGAGCTCGCTTGGTTTTAATTTTCGTATT 9 181 0 TATCACGAATCTGTTTTTTAAAGATTTTGAT 11 149 0 TTAATTACTTCTGGTTTTTAATGGAGCGCAT 11 263 0 CGGTTATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTA 17 193 1 AGGTTATTAACATTGTTTTAAAAGGCTCCAT 17 215 1 TTAAACGCCTTTTTTTAAAGCTTTATAA 17 282 0 * ********* MAP Score: 21.7735 Motif 3 ATCCCCATTATTGGTGGAAGTAAATGGACTTGAACCATCGA 1 164 1 TAGATTTATCGAGTTAAAACCGTTTTCATTAGCGA 2 4 1 CCAATTAATTTTTTAGGGTTTAAAAGAAATTAGCATTAGGC 2 47 1 TTTTAAGCCTTTAATGGGTGTTGAAAAGTTTGTGGTAGTTT 2 154 1 CCTGATTTATTTACTAGTAGATTAAGCGTTTATTGCCAATA 3 51 0 TAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAAT 3 128 1 CAGCTTCAAAGTTTTTGCCAAAAAAGCGCTTAAACAAGTAG 5 22 0 CCTTGAGGCGTTTTGCGATTAATAAAATTTTAATTTTTAAT 6 43 0 GTGGGTGTTATTAGGGGAAATTAATGCCTTAGGTTTTAACT 7 109 1 TTCAAATGGCTTCAAAGAATGGTAAGCAGTTGTAGTTAAAA 8 85 0 GGTTGCCTGTTTCCCCGTACTTGAAACACTGGGATAGCTGC 9 61 1 TCCGCGTGATTTTAGCGATGTAGAAACTTTTAAAAGTACTA 12 92 1 TTTATGCGTGTTATTCGAGCAAAATCCCCTTCTTTTTGTTT 12 154 1 ATTAAGACTATTTAATGAGTGTGATGGTTTTTTATTGCATA 13 84 1 AAAACGGCTTTTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTT 17 87 1 TACAGGCCGTTTTGGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTG 17 167 1 TTAGCTCATTTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTAT 17 245 1 AACGCCTTTTTTTAAAGCTTTATAAGCTTTAAAGCGGTTTT 17 266 0 GCTAAAAACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTCTACAAAAAA 19 27 0 TAACAATGTTTTTAGCGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAG 19 52 1 TTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGTGTTCAAGTATATT 19 214 1 ** * * **** ** MAP Score: 20.8942 Motif 4 CTCTTAAGTTGTTGTTTTTTGTCAAG 1 0 1 GCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAG 1 297 1 ATGGCGTAGAGTTTTTAGTTTTTATTGTTGAAACTT 2 119 1 AACTTTTTAAGCCTTTAATGGGTGTTGAAAAGTTTG 2 150 1 TTTTTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTATTTCCAAAC 2 263 1 TACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCTGT 4 10 0 CTCATTGGGTCATTTATGTAAGTGATAAAGCCCC 4 79 1 TTAACCGGGAGCTTTAGCTTCTTTTTGGTCTTTGTC 7 59 1 AATGCCTTAGGTTTTAACTTTGTCATTGCCCCAAAT 7 131 1 TGAGACGCTTGCTTTTAATAATTTTTGTTTATTTAA 8 146 1 GGCATACATCGCCTTAATTTGGTTTTCGGTGATTGG 11 185 0 TAAGATTAAGCACTTTTATGCGTGTTATTCGAGCAA 12 140 1 TATAATTTCACGCTTATTTGCGTCTTCTGCGGTTCC 15 74 1 TCAATAAAACCGTTTCTTTTGGTATTTTGTATAAAC 15 118 0 AACGCTGAATGCTTTTTGTATTTTTTGTCTTATGGC 17 11 0 CTTAACCACCGGTTTGAATAGTTAATTGAGCTGCTA 17 52 1 CTGCTAAAACGGCTTTTTAGTGTCTTATAAGCGCTT 17 82 1 TATTAACATTGTTTTAACAGGTTATTAACATTGTTT 17 197 1 AGCTTTATAAGCTTTAAAGCGGTTTTAACACTGCAA 17 256 0 GTTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGTGTT 19 209 1 * *** * * ** ** MAP Score: 15.5684 Motif 5 AAGCAGTTTTATAATTAACACTCGAATGAT 0 14 1 AAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTT 1 313 1 TATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA 3 4 0 TATTCTACCAATTATTAACAATTAGCAGTT 3 159 0 TTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCTTGCA 5 73 1 GCGTTTTGCGATTAATAAAATTTTAATTTT 6 47 0 TAAAAGCTGTGTTAATAAAACACTGGAGAA 8 60 0 ATAAACAAAAATTATTAAAAGCAAGCGTCT 8 148 0 TTAAAATTCAGTTATTAAAGCAACAGCAGA 8 178 1 AACAGCAGAGGTAAATAAAGTTTT 8 199 1 GCTTATGTTGGTTATTAAAACCAGGTTAGT 9 151 0 TTAGTTAAATATTAATAAAATTACTATGCT 10 20 1 TTGGCTAATCATTAATAACGG 16 1 0 CTTACAAGCGGTTATTAACATTGTTTTAAC 17 185 1 GTTTTAACAGGTTATTAACATTGTTTTAAA 17 207 1 ********** MAP Score: 15.3957 Motif 6 AGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCCATCA 2 117 0 TTTGGAAATAACAAATACTTAAAACAACTAAAAAACC 2 261 0 CAGGCTTTCAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGT 4 11 1 GTTTTTGCCAAAAAAGCGCTTAAACAAGTAGTTAGAG 5 16 0 GATGTAGTAGACAAAGACCAAAAAGAAGCTAAAGCTC 7 67 0 AAAACACTGGAGAAAATGGCAAATAAACTAATCCAGC 8 37 0 TTAAATAAACAAAAATTATTAAAAGCAAGCGTCTCAA 8 145 0 TTAGCGATGTAGAAACTTTTAAAAGTACTATGCGTGC 12 103 1 GATTGCTAACACAAAACTAGTAAACAAAAAGAAGGGG 12 179 0 TTTTGTTTATACAAAATACCAAAAGAAACGGTTTTAT 15 114 1 GCCATAAGACAAAAAATACAAAAAGCATTCAGCGTTT 17 11 1 AACAATGTTAATAACCTGTTAAAACAATGTTAATAAC 17 195 0 TTAACACTGCAAAAATGAGCTAATGGAGCCTTTTAAA 17 231 0 TTTAAAGCTTATAAAGCTTTAAAAAAAGGCGTTTAA 17 274 1 TCGAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCTGGTTCT 19 201 0 * *** ***** * MAP Score: 15.0432 Motif 7 ATAAGATTAAGTTAGGCGTTTTTTGTTTAGCT 1 34 0 TTTATCGAGTTAAAACCGTTTTCATTAGCGAG 2 14 1 GTTGAAACTTTTTAAGCCTTTAATGGGTGTTG 2 145 1 TTACTAGTAGATTAAGCGTTTATTGCCAATAA 3 50 0 TTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAATT 3 138 1 GTTGTAGTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGCA 4 40 1 TAACTACTTGTTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAA 5 19 1 ACTAAATGCCTTGAGGCGTTTTGCGATTAATA 6 60 0 TTACCATTCTTTGAAGCCATTTGAAGGCGTTC 8 101 1 GAAAACCAAATTAAGGCGATGTATGCCAAAAT 11 194 1 TTAAGGCCTTTTCACGGAAAAA 12 288 0 TTTCAATAAAACCGTTTCTTTTGGTATT 15 128 0 TAAGACACTAAAAAGCCGTTTTAGCAGCTCAA 17 77 0 TTTAGTGTCTTATAAGCGCTTAGAAAGCCTTT 17 97 1 AAATGAGCCCTACAGGCCGTTTTGGGGGCTTA 17 157 1 TTTGGGGGCTTACAAGCGGTTATTAACATTGT 17 177 1 TTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTATA 17 255 1 AAGCTTTAAAAAAAGGCGTTTAA 17 287 1 ** ***** *** MAP Score: 14.1667 Motif 8 ATCAAAGCAGTTTTATAATTAACA 0 1 1 CTCTTAAGTTGTTGTTTTTTGTCAAG 1 3 1 TTAATTTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCT 1 289 1 ATTTATCGAGTTAAAACCGTTTTCATTAGCGAG 2 13 1 GGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTT 3 117 1 ACCGGGAGCTTTAGCTTCTTTTTGGTCTTTGTC 7 62 1 CAGTGTTTTATTAACACAGCTTTTAACTACAAC 8 65 1 CCAAATTAAGTTAGCTTTCAAAAAAAGC 9 5 1 AATAAACTTACTAACCTGGTTTTAATAACCAAC 9 142 1 ATACATCGCCTTAATTTGGTTTTCGGTGATTGG 11 185 0 TTTTTGTTTACTAGTTTTGTGTTAGCAATCTTT 12 186 1 AATTGAGCTGCTAAAACGGCTTTTTAGTGTCTT 17 75 1 CAAGCGGTTATTAACATTGTTTTAACAGGTTAT 17 189 1 TAACAGGTTATTAACATTGTTTTAAAAGGCTCC 17 211 1 AAAGGCTCCATTAGCTCATTTTTGCAGTGTTAA 17 235 1 TTTTGCAGTGTTAAAACCGCTTTAAAGCTTATA 17 254 1 ATTGTGGGAGCTAGTTTAGCGTTATTACCACAC 18 27 1 GTACTTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAAT 19 7 1 TTTTGAACCACTAACAATGTTTTTAGCGACTAA 19 41 1 **** * ***** MAP Score: 14.0405 Motif 9 TAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATTTAA 3 128 1 CTTTAAGCATTTAACTGCTAATTGTTAATAATT 3 147 1 AACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCTGT 4 10 0 AGCCCTTTTTTTATTGGCACCTTAGCCTCATTG 4 53 1 GCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACA 5 63 1 TAACTTATTGTCAGTTTTTGTATTAGT 8 4 1 CTGGATTAGTTTATTTGCCATTTTCTCCAGTGT 8 38 1 GTCGGTGTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATC 11 119 1 ATGTCAAGGATTATTTGCTCAATCCGCGTGATT 12 70 1 TTTAATTAGCTTAATTTCCACTTACC 14 18 1 AATTTCACGCTTATTTGCGTCTTCTGCGGTTCC 15 77 1 ******** ** MAP Score: 11.3405 Motif 10 AAGGTTGAGTGCCTTATTGGCAATAAACGCTTA 3 37 1 TGCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATT 3 125 1 TACAGCCCTTTTTTTATTGGCACCTTAGCCTCA 4 50 1 TTGTTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAA 5 26 1 CTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAG 5 60 1 ACAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAGAATTTG 5 93 1 CTTGGAGCAGTTTTTTCAATCAACCGCAA 7 6 1 TTTCTCCAGTGTTTTATTAACACAGCTTTTAAC 8 59 1 GTACCAACATGCTTTTTTTGAAAGCTAACTTAA 9 15 0 GGATAGCTGCTCTTTGTTTGAACAATCTCATGT 9 92 1 GTTTACTAGTTTTGTGTTAGCAATCTTTAACAG 12 191 1 AATTTAATTAGCTTAATTTCCACTTACC 14 16 1 ACACTAAAAAGCCGTTTTAGCAGCTCAATTAAC 17 72 0 AAGCTTTAAAGCGGTTTTAACACTGCAAAAATG 17 251 0 AGCTAGTTTAGCGTTATTACCACACCAATT 18 35 1 ** ** ** **** MAP Score: 8.17183 Motif 11 TTCATCTCCACCATTAAAGATCCAAACGTCTAACTAGT 1 69 0 AAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCCATC 2 118 0 GGTAGTTTTTCAATTAAATTTCCTAACCAAGATACGAT 2 187 1 ATACTTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGTAGT 2 246 0 GCGTTTATTGCCAATAAGGCACTCAACCTTGTATATGT 3 29 0 AAAGTTTTTGCCAAAAAAGCGCTTAAACAAGTAGTTAG 5 18 0 TAGACAAAGACCAAAAAGAAGCTAAAGCTCCCGGTTAA 7 59 0 AAAATTATTAAAAGCAAGCGTCTCAAACTATCAGGTAA 8 133 0 TCGTGATAACCCACCAATCACCGAAAACCAAATTAAGG 11 172 1 GCGATGTATGCCAAAATGGGTCGTAAGCTTTCTGAAAC 11 209 1 ATTATGCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 11 260 1 TATTTTGTATAAACAAAATTTAGGAACCGCAGAAGACG 15 94 0 TGCCATAAGACAAAAAATACAAAAAGCATTCAGCGTT 17 9 1 TTTAGCAGCTCAATTAACTATTCAAACCGGTGGTTAAG 17 52 0 ATAACCTGTTAAAACAATGTTAATAACCGCTTGTAAGC 17 184 0 GGAGCCTTTTAAAACAATGTTAATAACCTGTTAAAACA 17 206 0 *** ** * **** MAP Score: 7.49604 Motif 12 TTTGTCAAGCTAAACAAAAAACGCCTAACTTAA 1 27 1 CTAAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTGTACTACT 4 45 0 GTAGTAGACAAAGACCAAAAAGAAGCTAAAGCT 7 68 0 ATCCAGCACTAATACAAAAACTGACAATAAGTT 8 11 0 GAATTTTAAATAAACAAAAATTATTAAAAGCAA 8 154 0 CAACATAAGCAATACGAAAATTAAAACCAAGCG 9 171 1 CCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTAT 11 185 1 ACAAAACTAGTAAACAAAAAGAAGGGGATTTTG 12 173 0 AAAGATTGCTAACACAAAACTAGTAAACAAAAA 12 186 0 GTATTTTGTATAAACAAAATTTAGGAACCGCAG 15 100 0 GTTTATACAAAATACCAAAAGAAACGGTTTTAT 15 118 1 TGCCATAAGACAAAAAATACAAAAAGCAT 17 6 1 CAAAACATTCTACAAAAAAACGATACTAGTAAG 19 13 0 AATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCTGGTTC 19 202 0 ** ******* * MAP Score: 6.74459