AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944247977 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 parB 125 Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis #1 gryB 101 Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae #2 dnaN 300 Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus #3 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #4 rpsO 157 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus #5 MG422 45 Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium #6 G12_orf140b 300 Mycoplasma pneumoniae, G12_orf140b Protein Motif 1 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCGAA 0 9 1 TGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGT 3 208 1 TAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATA 3 38 0 AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC 3 112 1 TAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA 2 27 1 TCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 3 241 1 TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA 2 245 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG 3 4 1 GACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATT 2 144 1 CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAG 4 54 0 GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGA 4 133 0 TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCC 3 186 1 TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC 3 263 1 TGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGTCATCT 4 8 0 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGAT 1 6 1 ACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA 2 199 0 ****** * *** MAP Score: 25.7663 Motif 2 TAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCCATAAAT 1 24 1 TTAATTGTCTTCCATTTAATGTGCA 1 86 0 AACAAACAACTAATTTTCTTCATTGTTTAACCAT 2 59 0 CAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAAATAACTAT 2 214 0 TTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGGCC 2 247 0 TTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATT 2 261 0 GCCCTTTTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGT 2 276 0 ACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGT 3 19 0 CTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAA 3 217 1 CCACTTAAGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTAT 4 51 1 GGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGT 4 125 1 CCCTTAGTCTTATTGATTTTAGTACTAG 5 27 0 GTCCTCATTTTTTCTCTAATAACTGTCA 6 4 1 AAGACCTTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCTT 6 143 1 * ***** ** ** MAP Score: 12.0522 Motif 3 CCGTCCAAATTTAAACTAGAATTATCCTTGAA 0 101 0 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAAT 1 6 1 AAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTA 2 173 1 TTTATTTGATTTTATTTATTATGGATGGCCAA 2 245 0 ATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 3 7 0 CCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATATA 3 104 0 AATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGGTA 3 255 0 ATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTAG 3 268 0 TGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAA 4 17 0 GTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGGGG 4 63 1 TAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTA 4 128 1 GTCCTCATTTTTTCTCTAATAACTGTCAAT 6 8 1 TATATGAAGTTTTAGCACTCATTGACAGTTAT 6 28 0 GCTGTAGGTATTATTCTCTACTTTATCTCTTC 6 80 1 AAGACAATGATTAAGGTCTTATCATTACTTAC 6 131 0 GTTTGGCGCTTTAAATTCTCCTTACACATTCA 6 252 1 **** **** ** MAP Score: 11.5789 Motif 4 GCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACGTG 1 49 1 TAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCT 2 176 0 CTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTATTTATTATGGATG 2 250 0 ATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 3 2 0 ATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATTATT 3 33 0 ATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAA 3 105 1 TAAATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGGTATTATT 3 250 0 AGATGACTTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAA 4 8 1 GTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAGTTTGGGGGCTG 4 60 1 CTGGGCTAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTAT 4 122 1 CCTTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCTTCAATCATCA 6 147 1 TATTAACGCCTGTGTTTTTTGAATTATTTACCTGTTCAA 6 187 1 * ** ** ** ** * MAP Score: 10.5594 Motif 5 CTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAA 2 25 1 ATTTATACTTAATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGA 2 200 1 CATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAA 2 250 1 AGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 3 5 0 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185 0 CCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAA 2 249 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATAT 3 5 1 TAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAAT 3 25 1 AGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA 3 50 1 AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTA 3 253 1 AATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGC 4 126 0 TTGGTGTAAGTAATGATAAGACCTTAATCATTGTCT 6 126 1 *** *** **** MAP Score: 6.65399 Motif 8 CTTTACTATATATGTACATAGTACATATATAAG 2 99 1 TAGCATAATACTAAATAAATACT 3 0 1 TACCTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTA 3 25 0 AAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT 3 42 1 TAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAA 3 56 1 CTATACTATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTA 3 98 1 ACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGT 3 201 1 ATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT 3 234 1 GGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGC 3 259 1 GGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCA 4 19 0 AAAAGAAACGTAGTCAAATAAAAAAGTTTGGCG 6 227 1 *** ***** ** MAP Score: 5.70152 Motif 9 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGA 0 4 1 TCCAAATTTAAACTAGAATTATCCTTGAAGCC 0 98 0 ATTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 1 6 0 AAGGGCCAGAACAAACAACTAATTTTCTTCAT 2 70 0 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