AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248004 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 parB 125 Mycoplasma pneumoniae, topoisomerase IV subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P05652, from B. subtilis #1 grpE 22 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GrpE; similar to GenBank Accession Number I64046, from H. influenzae #2 DnaJ 300 Mycoplasma pneumoniae, DnaJ homolog protein, from M. capricolum #3 gryB 101 Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae #4 dnaN 300 Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus #5 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #6 rpsO 157 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus #7 MG422 45 Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium #8 G12_orf140b 300 Mycoplasma pneumoniae, G12_orf140b Protein Motif 1 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGAATAACAGAGTCGAA 0 9 1 TCCTTATGAATTAAAACAGCACTTACAGCAATTCCGCCAAA 2 148 1 TATAATTTTATTAATTTATAAGCCATTGCAACACGCAAACA 2 239 0 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGAT 3 6 1 TAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA 4 27 1 GACATTATATATAATAGGCATCCAGAAATAAAAGCCAAATT 4 144 1 ACTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA 4 199 0 TTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAA 4 245 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG 5 4 1 TAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATA 5 38 0 AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC 5 112 1 TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCC 5 186 1 TGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGT 5 208 1 TCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 5 241 1 TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGC 5 263 1 TGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGTCATCT 6 8 0 CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAG 6 54 0 GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGA 6 133 0 ****** * *** MAP Score: 24.975 Motif 2 TTAGAATTACAATAAATTACTC 1 1 1 TTTTAATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCA 2 130 0 ATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT 2 254 1 ATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACATTA 3 24 0 TGCACATTAAATGGAAGACAATTAA 3 86 1 ATGGTTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTT 4 59 1 ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTG 4 214 1 GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA 4 247 1 AATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAA 4 261 1 ACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 4 276 1 ACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGT 5 19 1 TTACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAG 5 217 0 ATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAGTGG 6 51 0 ACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC 6 125 0 GGGATGACCCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAA 7 18 1 TGACAGTTATTAGAGAAAAAATGAGGAC 8 4 0 AAGCTAGTACAAAAAAGACAATGATTAAGGTCTT 8 143 0 ** ** ***** * MAP Score: 15.8579 Motif 3 GGCACCAATTATTAATATTTCCTC 0 4 0 CTCCGTCCAAATTTAAACTAGAATTATCCT 0 105 0 CTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT 2 258 1 GAATCCAAACAATTATACCACATTAAAAAT 3 19 0 TTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAA 4 37 1 ATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGAT 4 186 0 ATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA 4 251 1 AACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 4 280 1 TAGCATAATACTAAATAAATACT 5 3 1 ATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA 5 14 1 CTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTA 5 25 0 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATT 5 48 1 TTTTCTTTAACATAATATTATCTTAATATT 5 61 0 CCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATA 5 106 0 TTGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGC 5 185 1 TACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATT 5 220 0 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATT 5 251 1 ATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGC 5 262 1 GAATTAATACTTGTTGAATTAT 6 145 0 TACTAAAATCAATAAGACTAAGGG 7 31 1 TAAAGTAGAGAATAATACCTACAGCTGTCG 8 75 0 ********** MAP Score: 14.0281 Motif 4 AATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCT 2 253 1 TTTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATA 4 199 0 TGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA 4 246 1 TAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAAC 4 263 1 ACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 4 281 1 GCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCT 5 12 1 TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATG 5 46 1 TTTACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAG 5 217 0 ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAA 5 238 1 GAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAA 5 260 1 AATTAATTACTAATAACTATCAAAGTCATCT 6 6 0 CCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAAGGG 7 26 1 GCTAGTACAAAAAAGACAATGATTAAGGTCTTATC 8 140 0 TTTGAACAGGTAAATAATTCAAAAAACACAGGCGT 8 192 0 **** **** * * MAP Score: 11.9461 Motif 5 TTGCAATGGCTTATAAATTAATAAAATTATA 2 249 1 TTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 3 6 0 CCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAAC 6 63 0 TGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAA 4 246 1 ATTTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTG 2 72 0 TGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCC 6 125 0 CTAATTTTGTTAATAAAATAACTATAATTAA 4 208 0 ACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT 5 256 1 AAATACTTAATTATAGATTAATTTGGCTTTT 4 173 0 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT 5 8 1 GATTTTGTCCTTATGAATTAAAACAGCACTT 2 141 1 TTGACAGTTATTAGAGAAAAAATGAGGAC 8 8 0 TAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTAT 5 71 1 AGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAA 6 25 0 TAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTAT 5 269 1 *** ******* MAP Score: 11.7496 Motif 6 AATGGCTTATAAATTAATAAAATTATACCAACTCTACTTT 2 253 1 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTTGGAT 3 7 1 CCTTAGCTCTAACTTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGT 4 24 1 ACTATATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCTACCA 4 103 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA 5 4 1 ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAAT 5 24 1 TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA 5 46 1 AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTT 5 112 1 TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACC 5 186 1 ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAAT 5 238 1 TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACG 5 263 1 TAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCCCA 6 123 0 * **** ** ** * MAP Score: 5.74581 Motif 7 TTCTGGCCCTTTACTATATATGTACATAGTACAT 4 91 1 ATATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCTA 4 106 1 AAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATA 4 173 1 TAATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTT 4 191 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATAT 5 7 1 TATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGAT 5 38 1 TGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAAT 5 230 1 TACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTA 5 255 1 TTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAACAGCC 6 18 1 *** ** *** ** MAP Score: 4.81904 Motif 8 CTGTTTTGCCCCTAAACTAATTCGGCTTCAA 0 75 1 TTTAACGATTACCAAATTAAAGCTTTAGTGC 2 71 0 CTTCGAATCCCCCACACCAATTTGGTGGAGT 2 105 1 ATTCATAAGGACAAAATCAATACACTCCACC 2 128 0 AAACAATTATACCACATTAAAAATTAAGCGA 3 12 0 AAAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCA 3 42 0 TAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTTCT 4 64 1 ATATGTACATAGTACATATATAAGAAAGGCT 4 108 1 AGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAA 4 167 1 TATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGC 4 219 1 GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC 4 247 1 AATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAA 4 266 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA 5 9 1 AATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCCA 5 124 1 TTATTTACCGACGAAATTAATACCATCAGGG 5 224 0 CCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTT 5 257 1 TTAGAATTTAAGCAAACTTATACGCGCGCAT 5 279 1 AAAATCAGCCCCCAAACTTATAATAAATAAA 6 73 0 ** ******** MAP Score: 4.78108 Motif 9 GAGGAAATATTAATAATTGGTGCCGA 0 4 1 TTAGAATTACAATAAATTACTC 1 4 1 ATTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 3 6 0 AAGGGCCAGAACAAACAACTAATTTTCTTCAT 4 70 0 TACATAGTACATATATAAGAAAGGCTACCATG 4 113 1 AGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTTATAC 4 176 1 AATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAATTA 4 191 0 TTTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAA 4 244 1 AAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAAGCAA 4 260 1 CAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 4 282 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAA 5 3 1 AATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCTA 5 16 1 ATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTA 5 47 1 GCCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATAT 5 105 0 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAG 5 251 1 TTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAGT 6 15 0 AACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCT 6 58 0 TGAATTATAACAAAATAAGAAATTAGCCCAGT 6 121 0 GTTATAATTCAACAAGTATTAATTC 6 142 1 TGAACAGGTAAATAATTCAAAAAACACAGGCG 8 193 0 TTTACCTGTTCAAAAAAAGAAACGTAGTCAAA 8 213 1 ***** ** *** MAP Score: 4.54503 Motif 10 TGTATTGATTTTGTCCTTATGAATTAAAAC 2 135 1 TCGCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAAC 3 47 1 TATAGATTAATTTGGCTTTTATTTCTGGAT 4 163 0 TTGCTTTTTGTTTTGTTTATTTGATTTTAT 4 262 0 TTTATAGTTTTTTTGCTTTTTGTTTTGTTT 4 274 0 CTATATACCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGG 5 160 1 AGGTGGTTGTTTTGGTTTATTTATTATAAG 6 58 1 ACCTTAATCATTGTCTTTTTTGTACTAGCT 8 146 1 TTATTAACGCCTGTGTTTTTTGAATTATTT 8 186 1 ********** MAP Score: 3.82443 Motif 11 CACTAAAGCTTTAATTTGGTAATCGTTAAA 2 72 1 ATCCCCCACACCAATTTGGTGGAGTGTATT 2 111 1 CGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTTT 3 13 1 CCCTTTAATACCAAGATGGTTAAACAATGA 4 44 1 CATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAA 5 192 1 CCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAA 5 225 1 AACAGCCCACTTAAGGTGGTTGTTTTGGTT 6 45 1 ********** MAP Score: 0.967099