AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_sum_all007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248053
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	putative	156	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium
#1	MG395	140	Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium
#2	putative	212	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium
#3	MG068	57	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#4	putative	73	Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium
#5	MG067	61	Mycoplasma pneumoniae, MG067 homolog, from M. genitalium
#6	MG068	300	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#7	MG068	175	Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium
#8	MG395	67	Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium

Motif 1
CATTAGCTTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACC	0	42	1
AAAGATCACTTTATTGATTCGGCGATGAAAGCT	1	39	1
GTGACAGTACTGGTATATTCGCCAGTTAACCAT	1	85	1
TAATCATTGATGGTTTAAGTGTCTCTTTATTTA	2	128	1
TTCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACTTTTGGGA	3	25	0
AAACCCGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCGCT	6	122	0
GAACCCTTTCGGGTTTATTTAGCCACCAACTTA	6	139	1
CGAAAAGCGGTCGTTCAATCGGCACTGGTATCA	6	225	0
TCACGAACGTGAGTGTATTTGCCTATTCGAAAA	6	252	0
ACACTCACGTTCGTGATTTTGTCGAACCTAGTC	6	269	1
GTCTCGCGCAGATTTAATTTGCCCATAAAAGTG	7	14	0
TTGTCTAGGTTTGTGTATGTGGCGTTTTTCTGT	7	101	1
AGTGCTAGTCTTGTTTATTTGCCGTACCGCTTA	7	135	1
CCGTACCGCTTAGTGGATGTGCCACGATT    	7	156	1
          * *** ***** *
MAP Score: 17.862

Motif 2
GAAAGTATGCTTAGCTTTTTACCGGTGTTT	0	13	0
CATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGA	0	34	1
GCTCCATTAGTTAGCTTTTTCATTAATTTT	0	111	1
CTATAATGGTTTAGCTCCTTGGCTATCTGT	2	175	1
AAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTA	3	31	1
TGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTTTGT	4	38	1
ACCAGTAAAATTATCGCCTTTATTCCTAAT	5	29	0
AACCTTTGCTTTAACTTTTACTAATAAAAC	6	25	1
CAAGATAACTTTAGCGCCTTTTCTGGCACT	6	68	1
          **********
MAP Score: 11.0162

Motif 3
TAAATCGACCAACTTAACCAACCCACACTA	0	56	1
  ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAAA	0	138	0
GTATATTCGCCAGTTAACCATTAACCCAAT	1	97	1
TTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATA	2	36	1
AATAAAGAGACACTTAAACCATCAATGATT	2	129	0
ATAGCCAAGGAGCTAAACCATTATAGCCCG	2	171	0
CAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAA	3	28	1
  AAATTTGTAGTTAAAACCTTTGGGATTT	4	8	1
TTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTT	4	35	1
        TCAAGTTAAACCCACTTTAATT	5	2	1
GTTAAAGCAAAGGTTAAATCATAGTTGGCA	6	10	0
CGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCGCTAC	6	120	0
GTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTC	6	139	0
TTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGAGAC	7	17	1
          **********
MAP Score: 10.5602

Motif 4
CGGTAAAAAGCTAAGCATACTTTCATTAGCTTTGTG	0	19	1
TAGCTTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACCAACCCA	0	45	1
CAACCCACACTAAAGCAAGCTTATATAATCGAGCAT	0	74	1
         ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAA	0	139	0
ATAAGCAGATTAAAGATCACTTTATTGATTCGGCGA	1	28	1
TCACCCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCCGAATCA	1	53	0
       TAATAATAGAGACTATTATGCTTTGTTTG	2	3	1
CTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAGTGAAATTC	2	39	1
ATTTACTAGATAAACCGGGCTATAATGGTTTAGCTC	2	156	1
     TCAAGTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAA	5	5	1
GCGGGGGGGGTTAAATGAACCCTTTCGGGTTTATTT	6	123	1
TGTTGGTTTTTTAAAACGGCTGCGACATGTAAGTTG	6	165	0
ATTACGATCCTTATAAAAACTCTGATACCAGTGCCG	6	203	1
         TTTAACTTGACTAGGTTCGACAAAATC	6	283	0
GAATCAAAGGTAAAAAATACTTAAATTAAATTGTCT	7	71	1
GTACGGCAAATAAACAAGACTAGCACTAACAGAAAA	7	126	0
          *****   ***   **
MAP Score: 8.76381

Motif 5
CTTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACCAACCCAC	0	48	1
AAAATTAATGAAAAAGCTAACTAATGGAGCAATG	0	107	0
  ATTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAA	1	8	1
AGTACTGGTATATTCGCCAGTTAACCATTAACCC	1	90	1
AGTGTCTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTAT	2	145	1
ACAGATAGCCAAGGAGCTAAACCATTATAGCCCG	2	171	0
CTTTTGGGATTAAATGCCAGCTGA          	3	0	0
TTTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATT	3	20	1
AACTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCC	6	52	1
CTTTTCAATCAATGAGCCAGCCAGTGCCAGAAAA	6	86	0
CGGGTTTATTTAGCCACCAACTTACATGTCGCAG	6	148	1
CCGCTTTTCGAATAGGCAAATACACTCACGTTCG	6	248	1
CACTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGA	7	10	1
CGGTACGGCAAATAAACAAGACTAGCACTAACAG	7	130	0
AACATCTGGCAATACACTAGCACACGTGT     	8	48	1
          ***  ** **** *
MAP Score: 8.44414

Motif 6
AACACCGGTAAAAAGCTAAGCATACTTTCATTAGCTTTG	0	14	1
CTAGTAAATAAAGAGACACTTAAACCATCAATGATTAAT	2	126	0
TTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATT	3	21	1
AACTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCCTTTTC	6	52	1
CGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACGATCCTTATAAAAA	6	183	1
CCGCTTTTCGAATAGGCAAATACACTCACGTTCGTGATT	6	248	1
ATAACGAATCAAAGGTAAAAAATACTTAAATTAAATTGT	7	66	1
ACTAACAGAAAAACGCCACATACACAAACCTAGACAATT	7	99	0
          **  * **   * **  **
MAP Score: 1.74181

Motif 7
ATAAGCTTTCATCGCCGAATCAATAAAGTGAT	1	43	0
TACTGGTATATTCGCCAGTTAACCATTAACCC	1	92	1
TTTGGGATTAAATGCCAGCTGA          	3	0	0
TAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATT	3	22	1
TGAGCCAGCCAGTGCCAGAAAAGGCGCTAAAG	6	76	0
CTCTGATACCAGTGCCGATTGAACGACCGCTT	6	222	1
GTGCTAGTGTATTGCCAGATGTTTGCCCCGTT	8	39	0
          ******** * *
MAP Score: 1.52559

Motif 8
GAAAGTATGCTTAGCTTTTTACCGGTGTTT	0	13	0
CATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGA	0	34	1
TTGCTTTAGTGTGGGTTGGTTAAGTTGGTC	0	62	0
GCTCCATTAGTTAGCTTTTTCATTAATTTT	0	111	1
ATCTGCTTATCTTGCTTATTACTTAAAT  	1	8	0
GGTGACAGTACTGGTATATTCGCCAGTTAA	1	84	1
CGTTTTGGTATTGGGTTAATGGTTAACTGG	1	106	0
CACTATACAGGTGGGTTTTATTTCGTTTAG	2	39	0
      TCAGCTGGCATTTAATCCCAAAAG	3	4	1
GTTAAAACCTTTGGGATTTTGCTTAAAAAT	4	19	1
         CGTGGCTTAATTCTAACAAAG	4	62	0
CCTAATTAAAGTGGGTTTAACTTGA     	5	5	0
TGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAA	6	19	1
CCCATTGTTAGTAGTTTTATTAGTAAAAGT	6	38	0
ATGTAAGTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAA	6	145	0
CGTAATCCTGTTGGTTTTTTAAAACGGCTG	6	179	0
ATTAAATTGTCTAGGTTTGTGTATGTGGCG	7	95	1
          **********
MAP Score: 0.853589