AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248072 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 MG068 300 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #1 putative 156 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium #2 MG395 140 Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium #3 putative 212 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG395 homolog, from M. genitalium #4 MG068 57 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #5 putative 73 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium #6 MG067 61 Mycoplasma pneumoniae, MG067 homolog, from M. genitalium #7 MG068 300 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #8 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG068 homolog, from M. genitalium #9 MG068 175 Mycoplasma pneumoniae, MG068 homolog, from M. genitalium #10 MG395 67 Mycoplasma pneumoniae, MG395 homolog, from M. genitalium Motif 1 CTTTTATGATTTAAGTTTTACGCTTAGGTTTC 0 177 1 ACCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACGGGCTGA 0 212 1 GCATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGAC 1 33 1 AGCTTTTTCATTAATTTTTCGTATTTGTTTAA 1 123 1 TCGTATTTGTTTAAGTTTTTTTAAT 1 141 1 CCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCCGAATCA 2 53 0 ATAGAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGA 3 15 1 CTTGATTCAATTAATCATTGATGGTTTAAGTG 3 117 1 AAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGC 4 31 1 GGTTAAGGAGTTAATTTTTAAGCAAAATCCCA 5 30 0 AATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAG 5 46 1 CAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTA 7 13 1 AACCTTTGCTTTAACTTTTACTAATAAAACTA 7 25 1 GGCCTATGACTTAATCTTTGGTAACAAAGACA 8 94 1 CGACCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAA 8 196 1 ATTTTGTGGTTTAATCCTTTGGGATATCACTG 8 238 1 ACAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACT 8 273 1 TTAAGTATTTTTTACCTTTGATTCGTTATCTA 9 63 0 ********* * MAP Score: 18.774 Motif 2 TCCAGCTTCGGGTAAATATACCCCTGGCTTA 0 99 1 TAAATTGGTCGCTAGATAAGCGGTAAATTTG 0 276 0 TAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAAGA 2 13 1 GTCACCCAATGCTATATAAGCTTTCATCGCC 2 59 0 TGACAGTACTGGTATATTCGCCAGTTAACCA 2 86 1 CTCTTTATTTACTAGATAAACCGGGCTATAA 3 150 1 TCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCTTTATTAG 4 25 1 TAAGTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGT 7 141 0 TTTTCGAATAGGCAAATACACTCACGTTCGT 7 252 1 AAAGCCAATGGCCATAATAACGATGGCACAA 8 56 1 TAATAACGATGGCACAAACACAGTGGCCTAT 8 70 1 ACAGAAAAACGCCACATACACAAACCTAGAC 9 103 0 TAAGCGGTACGGCAAATAAACAAGACTAGCA 9 137 0 AATCGTGGCACATCCACTAAGCGGTAC 9 158 0 **** ****** MAP Score: 16.9501 Motif 3 GACAAGCAAGCATTAAAACCAGATCCAGCTT 0 76 1 AGCTTCGGGTAAATATACCCCTGGCTTAAAG 0 102 1 TTAGTGTTGAACTTTAAGCCAGGGGTATATT 0 113 0 CTAAGCGTAAAACTTAAATCATAAAAGGGAC 0 173 0 TAAATCGACCAACTTAACCAACCCACACTAA 1 56 1 AACCAACCCACACTAAAGCAAGCTTATATAA 1 71 1 ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAAAA 1 137 0 CGCCAGTTAACCATTAACCCAATACCAAAAC 2 104 1 TTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAG 3 36 1 AATAAAGAGACACTTAAACCATCAATGATTA 3 128 0 GGAGCTAAACCATTATAGCCCGGTTTATCTA 3 162 0 TCAGCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCA 4 8 1 TTTTGCTTAAAAATTAACTCCTTAACCCTTT 5 35 1 CCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG 5 60 1 TCAAGTTAAACCCACTTTAATTA 6 2 1 CGAAAGGGTTCATTTAACCCCCCCCGCTACC 7 119 0 GTTGGTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTCA 7 138 0 TTGCTAAACAACATAAAACCCATTTGTTTGA 8 147 1 TTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAACGACC 8 170 1 TATCCCAAAGGATTAAACCACAAAATTTTTA 8 233 0 ** ******** MAP Score: 13.4351 Motif 4 TTGGTTAAGTTGGTCGATTTAACACAAAGCTA 1 45 0 ATTTAAGTAATAAGCAAGATAAGCAGATTAAA 2 10 1 CTTTGTTTGCTAAACGAAATAAAACCCACCTG 3 30 1 CTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTAGCGCC 7 54 1 TTGTCGAACCTAGTCAAGTTAAA 7 287 1 GAAAAGCCAATGGCCATAATAACGATGGCACA 8 54 1 CTCAATTTGCTAAACAACATAAAACCCATTTG 8 141 1 CCCATTTGTTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAAC 8 165 1 CTCACTTTTATGGGCAAATTAAATCTGCGCGA 9 12 1 TACACAAACCTAGACAATTTAATTTAAGTATT 9 86 0 *** *** **** MAP Score: 12.337 Motif 5 GCTTTTACTGCTTGTGCTCCG 0 0 1 TATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACACTAACT 0 115 1 TAAGTTTTACGCTTAGGTTTCAAGACCAAGC 0 188 1 CGTACCAAAAGCTAAACTTGCTTGGTCTTGA 0 207 0 CAAATTTACCGCTTATCTAGCGACCAATTTA 0 276 1 TCTTTAATCTGCTTATCTTGCTTATTACTTA 2 13 0 GGCGATGAAAGCTTATATAGCATTGGGTGAC 2 59 1 AGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAAAT 3 19 1 ACCCTTTCGGGTTTATTTAGCCACCAACTTA 7 141 1 AAAGTACTACGCTCAATTTGCTAAACAACAT 8 130 1 TCGTTGCTTTGCTTAATTTGCTCAAACAAAT 8 168 0 ****** **** MAP Score: 11.9047 Motif 6 TAATGCTTGCTTGTCTTTTGGTTGAACTGCACT 0 58 0 CCAAGCAAGTTTAGCTTTTGGTACGGGCTGACT 0 213 1 GCATACTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGACC 1 33 1 TGAAAGCTTATATAGCATTGGGTGACAGTACTG 2 64 1 TGGGTATCGTTTTGGTATTGGGTTAATGGTTAA 2 110 0 ATAGAGACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAA 3 15 1 ATTTGTAGTTAAAACCTTTGGGATTTTGCTTAA 5 12 1 ATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCC 5 47 1 CAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTAC 7 13 1 TAAAGTTATCTTGCCCATTGTTAGTAGTTTTAT 7 48 0 CATCGTTATTATGGCCATTGGCTTTTCAACGCA 8 48 0 GATTAAGTCATAGGCCACTGTGTTTGTGCCATC 8 77 0 AACAACATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTA 8 153 1 CGACCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAAA 8 196 1 CAAAATTTTTAAGACTTTTGGTTTTTAACAAAG 8 211 0 TTTTGTGGTTTAATCCTTTGGGATATCACTGCA 8 239 1 TTAAGTATTTTTTACCTTTGATTCGTTATCTAC 9 62 0 ** ****** ** MAP Score: 10.6361 Motif 7 CTTCGGGTAAATATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACAC 0 104 1 TAACTGGCGAATATACCAGTACTGTCACCCAATGCTA 2 76 0 TAAACGAAATAAAACCCACCTGTATAGTGAAATTCAA 3 40 1 AGCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAACTCT 4 12 1 TTTTTAAGCAAAATCCCAAAGGTTTTAACTACAAATT 5 11 0 TCAAGTTAAACCCACTTTAATTAGGAATAAAGG 6 6 1 GTGGCTAAATAAACCCGAAAGGGTTCATTTAACCCCC 7 128 0 AGCCGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACGATCCTTAT 7 180 1 GCTGCGTTGAAAAGCCAATGGCCATAATAACGATGGC 8 46 1 TAAACAACATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTAAG 8 151 1 TACCTTTGTTAAAAACCAAAAGTCTTAAAAATTTTGT 8 208 1 GTTTGCAGTGATATCCCAAAGGATTAAACCACAAAAT 8 238 0 *** **** * * * MAP Score: 10.145 Motif 8 GCTTGCTTGTCTTTTGGTTGAACTGCACTAAC 0 55 0 CCGAAGCTGGATCTGGTTTTAATGCTTGCTTG 0 78 0 GTAAATATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACACT 0 110 1 CTTTCATTAGCTTTGTGTTAAATCGACCAACT 1 38 1 TCGAAAAAGATCCTTGATTCAATTAATCATTG 3 105 1 CTCCTTGGCTATCTGTATTAAAATAGTTAGTC 3 189 1 GCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC 4 35 1 AACCTTTGGGATTTTGCTTAAAAATTAACTCC 5 24 1 AACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCAC 5 50 1 TATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAA 7 17 1 ACTGGCTGGCTCATTGATTGAAAAGGTAGCGG 7 95 1 AACATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTAAG 8 156 1 CCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAAAGT 8 199 1 GGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACTCGTT 8 277 1 CTGCGCGAGACCCTAGTTTAAAATATGTAGAT 9 36 1 ****** ** ** MAP Score: 9.09075 Motif 9 ATCATCCGCTTTAGGAATAAAGTTAGTGTTG 0 135 0 CCCACTTTAATTAGGAATAAAGGCGATAATT 6 20 1 AACAAAGGGTTAAGGAGTTAATTTTTAAGCA 5 38 0 CCAACCTTGGTAATGAATAAAACGGGGCAAA 10 19 1 TTCGTCCCTTTTATGATTTAAGTTTTACGCT 0 170 1 ACACAGTGGCCTATGACTTAATCTTTGGTAA 8 87 1 TGCCAACTATGATTTAACCTTTGCTTT 7 6 1 TCTGGCACTTTTGGGATTAAATGCCAGCTGA 4 10 0 AAAAGACAAGCAAGCATTAAAACCAGATCCA 0 72 1 AACCGGAGCACAAGCAGTAAAAGC 0 3 0 GTGATATCCCAAAGGATTAAACCACAAAATT 8 237 0 GTTAGTAGTTTTATTAGTAAAAGTTAAAGCA 7 31 0 CTTATCTTGCTTATTACTTAAAT 2 2 0 CTAATTCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACTT 4 31 0 ****** **** MAP Score: 7.64875 Motif 10 AATTTTTCGTATTTGTTTAAGTTTTTTTAA 1 135 1 GACTATTATGCTTTGTTTGCTAAACGAAAT 3 20 1 TTAAGTGTCTCTTTATTTACTAGATAAACC 3 142 1 CCTTGGCTATCTGTATTAAAATAGTTAGTC 3 191 1 CAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC 4 37 1 CTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCAC 5 52 1 ACGAACGTGAGTGTATTTGCCTATTCGAAA 7 253 0 TCATAGGCCACTGTGTTTGTGCCATCGTTA 8 73 0 TTTTTAGTGTCTTTGTTACCAAAGATTAAG 8 103 0 CATAAAACCCATTTGTTTGAGCAAATTAAG 8 158 1 CGTTGCTTTGCTTAATTTGCTCAAACAAAT 8 168 0 AACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAAAGT 8 201 1 CTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACTCGTT 8 279 1 TGCTAGTCTTGTTTATTTGCCGTACCGCTT 9 137 1 ********** MAP Score: 7.4075 Motif 11 TTCGGGTAAATATACCCCTGGCTTAAAGTTCAACAC 0 105 1 TATTCGCCAGTTAACCATTAACCCAATACCAAAACG 2 100 1 TATATCGAAAAAGATCCTTGATTCAATTAATCATTG 3 101 1 AGTGCCAGATTAACTCTTTATTAGAATTAGCAACC 4 32 1 ATTAACTCCTTAACCCTTTGTTAGAATTAAGCCACG 5 47 1 CAACTATGATTTAACCTTTGCTTTAACTTTTACTAA 7 13 1 TAAAGTTATCTTGCCCATTGTTAGTAGTTTTATTAG 7 45 0 TGGCACTGGCTGGCTCATTGATTGAAAAGGTAGCGG 7 91 1 CGACCAACAATTTACCTTTGTTAAAAACCAAAAGTC 8 196 1 CAGGGCTCCTTAACCCTTTATTAGAATTACTCGTTT 8 274 1 AAATCTGCGCGAGACCCTAGTTTAAAATATGTAGAT 9 32 1 * *** *** * ** MAP Score: 4.83512 Motif 12 TTTACTAGATAAACCGGGCTATAATGGTTTA 3 157 1 ATACAGATAGCCAAGGAGCTAAACCATTATA 3 176 0 GCTAATTCTAATAAAGAGTTAATCTGGCACT 4 32 0 CTTAATTCTAACAAAGGGTTAAGGAGTTAAT 5 47 0 AAAACTACTAACAATGGGCAAGATAACTTTA 7 50 1 CCAGTGCCAGAAAAGGCGCTAAAGTTATCTT 7 69 0 TTTAAAAAACCAACAGGATTACGATCCTTAT 7 186 1 TTCAACGCAGCAACTGAGCTACCCCTCAAGC 8 26 0 TTTGCTCAAACAAATGGGTTTTATGTTGTTT 8 152 0 CAGTGATATCCCAAAGGATTAAACCACAAAA 8 239 0 ATATCACTGCAAACAGGGCTCCTTAACCCTT 8 261 1 AGTAATTCTAATAAAGGGTTAAGGAGCCCTG 8 274 0 GTAATGAATAAAACGGGGCAAACATCTGGCA 10 28 1 **** ****** MAP Score: 4.35436 Motif 13 CAGTTCAACCAAAAGACAAGCAAGCATTAAA 0 62 1 CACTAACTTTATTCCTAAAGCGGATGATCCT 0 138 1 CTTGAAACCTAAGCGTAAAACTTAAATCATA 0 181 0 AGCCCGTACCAAAAGCTAAACTTGCTTGGTC 0 211 0 AACACCGGTAAAAAGCTAAGCATACTTTCAT 1 14 1 ATTAAAAAAACTTAAACAAATACGAAA 1 139 0 CCATTAACCCAATACCAAAACGATACCCATT 2 114 1 AGTTCCGTTATATCGAAAAAGATCCTTGATT 3 93 1 GCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCAGATTA 4 13 1 TTTTAAGCAAAATCCCAAAGGTTTTAACTAC 5 16 0 TAGTAAAAGTTAAAGCAAAGGTTAAATCATA 7 17 0 TAGTAGTTTTATTAGTAAAAGTTAAAGCAAA 7 29 0 GCCGTTTTAAAAAACCAACAGGATTACGATC 7 181 1 GTATTTGCCTATTCGAAAAGCGGTCGTTCAA 7 240 0 TTTGAGCAAATTAAGCAAAGCAACGACCAAC 8 173 1 ACCTTTGTTAAAAACCAAAAGTCTTAAAAAT 8 209 1 TTTGCAGTGATATCCCAAAGGATTAAACCAC 8 243 0 GACTAGCACTAACAGAAAAACGCCACATACA 9 114 0 ** ******** MAP Score: 3.5867 Motif 14 CAACTTTGTGATTGACAGAAGTAACCGGAGCA 0 24 0 CCGCTTATCTAGCGACCAATTTACAT 0 284 1 TTTGTGTTAAATCGACCAACTTAACCAACCCA 1 49 1 GCTGGCATTTAATCCCAAAAGTGCCAGATTAA 4 13 1 CAAAGGTTTTAACTACAAATTT 5 0 0 TTTTAAGCAAAATCCCAAAGGTTTTAACTACA 5 15 0 GGGTTTATTTAGCCACCAACTTACATGTCGCA 7 149 1 GTGCCGATTGAACGACCGCTTTTCGAATAGGC 7 233 1 GGTTCGACAAAATCACGAACGTGAGTGTATTT 7 265 0 CAAAGGATTAAACCACAAAATTTTTAAGACTT 8 227 0 GTGCTAGTGTATTGCCAGATGTTTGCCCCGTT 10 39 0 * ******* ** MAP Score: 0.838057