AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_sum_all008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248099
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	gryB	101	Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae
#1	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#2	cysA	67	Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp
#3	rpmH	22	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L34; similar to Swiss-Prot Accession Number P22836, from P. mirabilis
#4	MG388	121	Mycoplasma pneumoniae, MG388 homolog, from M. genitalium
#5	yihA	287	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli
#6	hypothetical	27	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI1366) homolog; similar to GenBank Accession Number G64026, from H. influenzae
#7	cmk	26	Mycoplasma pneumoniae, cytidylate kinase; similar to Swiss-Prot Accession Number P38493, from B. subtilis
#8	hypothetical	300	Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI0136) (era like) homolog; similar to GenBank Accession Number F64143, from H. influenzae

Motif 1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAG	1	24	1
TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTAT	1	49	1
        TTATAATACTTAGCGCTGTATC 	3	2	1
TAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAA	1	60	1
TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAG	1	252	1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAA	1	4	1
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAA	1	112	1
CAAGCTGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGC	4	70	0
CTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATAT	5	39	1
AATTTAAACAATAACAATTAGTTCAGT    	6	10	1
TTAATGTGGTATAATTGTTTGGATTCGCCAT	0	23	1
   TCCTTTTATAATTCTTTAAGTGTTTAAT	2	7	1
    AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAA	0	6	1
          ****** ****
MAP Score: 12.2729

Motif 2
ATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATTATTAGT	1	30	0
AGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTT	1	53	1
AATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAAT	1	198	1
GGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAA	1	231	1
AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAA	1	253	1
AGCTTCAAAGTTTTTGCCAAAAAAGCGCTTAAACAAGTAGTT	4	20	0
GCGCAAATTCTGGTTGAAAAGAAAGCTGCAAGCTGTCTTTAA	4	87	0
CTCTAGAATCTTATAAAATCAGAATAGCGTAATTA       	5	3	0
TTGGCTATTTTATTTCTATCAAAATCTTTAAAAAACAGATTC	5	132	1
AACAGATTCGTGATAACCCACCAATCACCGAAAACCAAATTA	5	165	1
TTTCCTTGACTTGTGTTTCAGAAAGCTTACGACCCATTTTGG	5	219	0
TAATTACTTCTGGTTTTTAATGGAGCGCATAATTTCCTTGAC	5	251	0
AATCTGTTCTTGGTAAGACACCAAGAAGATAATCGCATTAGC	8	79	0
CCGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCTCAAACCA	8	172	1
          *  *     *  **** *  **
MAP Score: 7.09578

Motif 3
GCACGTTGGAAAGTTAAAAGCCATAAGCAAAAT	0	56	0
CGTGCACATTAAATGGAAGACAATTAA      	0	84	1
ATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTC	1	120	1
GTATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGC	1	135	0
TGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGCTCGATGC	4	63	0
GGGAATTCCCAAACCTAAGGCAAGCGCAAGATC	5	74	0
AAGCTTTCTGAAACACAAGTCAAGGAAATTATG	5	233	1
CTCCAACAACAAATTGAAGTCCAAGTTCGAGCA	8	34	1
ATAAATCAGAAAACCTCAAACCAGATGCTTATG	8	191	1
          ****  *** ***
MAP Score: 7.06924

Motif 4
CGCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAA	0	48	1
AACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACTAAT	1	114	0
TTTAATTGAACTGGCCTGTCCCGTTGTTAAACCTGA	2	32	1
TAAGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGGCAT	4	31	1
AACTTTGAAGCTGGCATCGAGCTTTGTTTGCAAATT	4	50	1
TTAAAGACAGCTTGCAGCTTTCTTTTCAACCAGAAT	4	87	1
TATGAATGATCTTGCGCTTGCCTTAGGTTTGGGAAT	5	67	1
TGCCTTAGGTTTGGGAATTCCCCTTTCCCTGTTAGT	5	85	1
GCTGCTCGAACTTGGACTTCAATTTGTTGTTGGAGC	8	33	0
CAGCTTTGGGTTTGGCCAACCCGTTTGTGTGAGTGC	8	246	1
GAGTGCTAGCCATGGCATTGGCATTGGTAACCTA  	8	276	1
          *****   *  * ***
MAP Score: 5.22499

Motif 5
ACCACATTAAAAATTAAGCGATT         	0	1	0
ATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACAT	0	26	0
   TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT	1	7	1
AATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAA	1	27	1
TAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTA	1	52	1
AGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCT	1	68	1
TACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT	1	255	1
TAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGCG	1	273	1
GGAATTCCCAAACCTAAGGCAAGCGCAAGATC	5	74	0
CAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTAT	5	186	1
TCTGAAACACAAGTCAAGGAAATTATGCGCTC	5	239	1
          AATTTAAACAATAACAATTAGT	6	0	1
GAGCAGCCTTAAGTCAAGCTAATGCGATTATC	8	62	1
          ** ****** **
MAP Score: 5.19804

Motif 6
      TTAATTGTCTTCCATTTAATGTGCACGTTG	0	81	0
CTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 	1	9	0
GAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACT	1	117	0
TTTTTCGCGGTTGGGCACATTTTAATACCACGTTGG	1	175	1
TAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGG	1	197	1
     TCCTTTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGA	2	5	1
GCATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCT	4	63	1
GTCGGTGTCATTATTGGCTATTTTATTTCTATCAAA	5	119	1
TCGCCTTAATTTGGTTTTCGGTGATTGGTGGGTTAT	5	177	0
ACTGAACTAATTGTTATTGTTTAAATT         	6	1	0
CTGCTCGAACTTGGACTTCAATTTGTTGTTGGAGCG	8	32	0
ACCGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCT	8	171	1
          ****  **   *** *
MAP Score: 4.91076

Motif 7
ATTTAATGTGCACGTTGGAAAGTTAAAAGC	0	68	0
ATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAAT	1	193	1
ATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGT	1	215	1
ACTGGCCTGTCCCGTTGTTAAACCTGACAT	2	41	1
GTTTGGCCAACCCGTTTGTGTGAGTGCTAG	8	255	1
          **********
MAP Score: 0.787443