AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248117 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 gryB 101 Mycoplasma pneumoniae, DNA gyrase subunit B; similar to Swiss-Prot Accession Number P22447, from M. pneumoniae #1 dnaN 300 Mycoplasma pneumoniae, DNA polymerase III beta subunit; similar to GenBank Accession Number S54708, from S. aureus #2 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #3 cysA 67 Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp #4 rpmH 22 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein L34; similar to Swiss-Prot Accession Number P22836, from P. mirabilis #5 D02_orf128 300 Mycoplasma pneumoniae, D02_orf128 Protein #6 groES 187 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis #7 lcnDR3 103 Mycoplasma pneumoniae, lactococcin transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P37608, from L. lactis #8 MG388 121 Mycoplasma pneumoniae, MG388 homolog, from M. genitalium #9 yihA 287 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (yihA) (era like) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P24253, from E. coli #10 hypothetical 27 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI1366) homolog; similar to GenBank Accession Number G64026, from H. influenzae #11 cmk 26 Mycoplasma pneumoniae, cytidylate kinase; similar to Swiss-Prot Accession Number P38493, from B. subtilis #12 hypothetical 300 Mycoplasma pneumoniae, hypothetical protein (HI0136) (era like) homolog; similar to GenBank Accession Number F64143, from H. influenzae Motif 1 ATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAG 2 14 1 AGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACG 5 123 0 CCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATAT 2 105 0 GTGGTTAGTAATTAAAACTAA 6 0 0 ATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGATT 1 185 0 GCCAGTTCAATTAAACACTTAAAGAATTATA 3 16 0 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 2 251 1 TTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 0 6 0 AGCATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCTGT 5 78 1 TCTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATA 9 38 1 TTAATATCCCTTTAATACCAAGATGGTTAAA 1 37 1 CTTATTGGCAATAAACGCTTAATCTACTAGT 6 49 1 TCAACACCCATTAAAGGCTTAAAAAGTTTCA 5 147 0 CAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGTGCAAAT 6 140 0 AATTTAAACAATAACAATTAGTTC 10 3 1 ATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTA 2 269 0 TAAGGTATTGAAAAAGATTAAGGACAAACCG 12 144 1 TTATAATACTTAGCGCTGTATC 4 1 1 TTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCGC 5 41 0 TTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGT 5 249 0 GCATCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTAT 1 161 1 TATTAACTCTAACTACTTGTTT 8 1 1 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTA 2 48 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTA 2 3 1 ***** ***** MAP Score: 18.5884 Motif 2 AATTTATGGCGAATCCAAACAATTATACCACAT 0 26 0 TCCAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTA 1 164 1 CATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAA 1 254 1 AAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAG 1 274 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAAT 2 6 1 TAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAA 2 41 1 TTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCC 2 121 1 TATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAA 2 233 1 ATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT 2 254 1 TTTCATTAGCGAGTCCAATTAATTTTTTAGGGT 5 33 1 CAAACTTTTCAACACCCATTAAAGGCTTAAAAA 5 153 0 AGTATTTGTTATTTCCAAACAAATATTTTTC 5 279 1 TGTATATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA 6 5 0 CGCTTAATCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGC 6 64 1 TAAATGCTTAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAG 6 127 0 ATTATTAACAATTAGCAGTTAAATGCTTAAAGT 6 146 0 CAGGCTTTCAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTG 7 11 1 AATGAGGCTAAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTG 7 52 0 GTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGCTCGATGCC 8 62 0 ATAGAAATAAAATAGCCAATAATGACACCGACT 9 118 0 CCAATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTAT 9 185 1 ATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 9 272 1 CGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACC 12 173 1 * ********* MAP Score: 17.11 Motif 3 AATTAAGTATTTATACTTAATTATAGTTATTTTAT 1 192 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA 2 5 1 ATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAA 2 39 1 GGTATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAA 2 231 1 AATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTT 2 253 1 GAAAAATATTTGTTTGGAAATAACAAATACTTAAA 5 275 0 GTTGAGTGCCTTATTGGCAATAAACGCTTAATCTA 6 40 1 ACGCTTAATCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGCT 6 63 1 ACCGAAATAGTGCTGCTAAATTAGCGTGCCTGATT 6 85 0 ATTTCGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCA 6 112 1 ATTTAACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATAT 6 155 1 TTTAAGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGG 8 29 1 CATCGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCT 8 64 1 GAGCGGGGTCTTTTGGGAAATTAATCC 12 2 0 CCGATTTTGTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCT 12 172 1 * * ** ***** * MAP Score: 13.244 Motif 4 ATAGTTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATT 1 214 1 TGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAAC 1 246 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA 2 8 1 ATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGA 2 39 1 AGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAA 2 53 1 ACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTT 2 256 1 TTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCGCT 5 40 0 GCATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCTGTTA 5 79 1 GTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCC 5 121 0 TATATGTGGTTAGTAATTAAAACTAA 6 4 0 CTTAATCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGCT 6 66 1 AAGATTTTGATAGAAATAAAATAGCCAATAAT 9 128 0 ** *** ***** MAP Score: 12.8691 Motif 5 TTGTTAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAATT 1 192 0 GGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAAACAAAAA 1 247 1 ATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGGC 1 272 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA 2 3 1 AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAAT 2 23 1 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAA 2 48 1 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGC 2 251 1 AAAAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCCATCA 5 117 0 TGGAAATAACAAATACTTAAAACAACTAAAAAACCAATGCT 5 255 0 TTAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACACTACCGAAAT 6 112 0 GCGCTCCATTAAAAACCAGAAGTAATTAATAA 9 265 1 ** ** ** ** * * MAP Score: 11.2075 Motif 6 GTACATAGTACATATATAAGAAAGGCTACCATGACAT 1 112 1 AAATAACTATAATTAAGTATAAATACTTAATTATAGA 1 187 0 TTTGGCCATCCATAATAAATAAAATCAAATAAACAAA 1 244 1 ATAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACTATAAAAAGGG 1 272 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTA 2 6 1 GTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATAT 2 243 1 AAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGCCATC 5 118 0 ACTTAAAACAACTAAAAAACCAATGCTGACAGTAGTA 5 245 0 GTTTATTGCCAATAAGGCACTCAACCTTGTATATGTG 6 28 0 TCTACTAGTAAATAAATCAGGCACGCTAATTTAGCAG 6 71 1 TGCAAATAAAAATAATTTAGCAACACTACCGAAATAG 6 110 0 TGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGCTCGATGCCAGC 8 59 0 GTTGGTCGTCAATAAATCAGAAAACCTCAAACCAGAT 12 180 1 ***** * ** ** MAP Score: 7.71243 Motif 7 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAA 0 6 1 AAAAGCCAAATTAATCTATAATTAAGTATTT 1 173 1 TAATCTATAATTAAGTATTTATACTTAATTA 1 184 1 TTAATTATAGTTATTTTATTAACAAAATTAG 1 208 1 ACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAAT 2 30 1 TTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTGG 3 15 1 GCGAGTCCAATTAATTTTTTAGGGTTTAAAA 5 41 1 ACAGGAAAATTTAATTTTTAAGCCTAATGCT 5 78 0 GCGTAGAGTTTTTAGTTTTTATTGTTGAAAC 5 122 1 TTGAAACTTTTTAAGCCTTTAATGGGTGTTG 5 146 1 TTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTATTTCCAA 5 266 1 TACTAGTAGATTAAGCGTTTATTGCCAATAA 6 50 0 TATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAATT 6 139 1 CAAGCTGTCTTTAATAATTTGCAAACAAAGC 8 70 0 CGGTTTGTCCTTAATCTTTTTCAATACCTTA 12 144 0 GGTTGGGTTCATAAGCATCTGGTTTGAGGTT 12 202 0 ****** **** MAP Score: 7.39936 Motif 8 AATCGCTTAATTTTTAATGTGGTATAATTGTT 0 2 1 GCCATAAATTTTGCTTATGGCTTTTAACTTTCCAACGTGC 0 49 1 TTATTATGGATGGCCAAATGTCACTAATTTTGTTAATAAA 1 222 0 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATA 2 0 1 GCGTATAAGTTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTAGTATT 2 264 0 TAAAAGAAATTAGCATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCT 5 67 1 ATGCCAGTGATGGCGTAGAGTTTTTAGTTTTTATTGTTGA 5 110 1 ATAGATTAACTAGCGTTAACGTTACTACTGTCAGCATTGG 5 223 1 TTACTACTGTCAGCATTGGTTTTTTAGTTGTTTTAAGTAT 5 244 1 TTCGGTAGTGTTGCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAG 6 114 1 AAGCATTTAACTGCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATATT 6 151 1 AGCGCTTTTTTGGCAAAAACTTTGAAGCTGGCATCGAGCT 8 33 1 CGAGCTTTGTTTGCAAATTATTAAAGACAGCTTGCAGCTT 8 67 1 GATCTTGCGCTTGCCTTAGGTTTGGGAATTCCCCTTTCCC 9 74 1 TTGCTTACACCCATTAAGTTAAATTT 11 0 1 GACTTTTATGTAGCTAAGGTATTGAAAAAGATTAAGGACA 12 130 1 GTGTGAGTGCTAGCCATGGCATTGGCATTGGTAACCTA 12 272 1 * ** ** ** * ** MAP Score: 7.15231 Motif 9 TTATACCACATTAAAAATTAAGCGATT 0 5 0 AAAAGCCATAAGCAAAATTTATGGCGAATCCA 0 42 0 TTAAACAATGAAGAAAATTAGTTGTTTGTTCT 1 63 1 CAGAAATAAAAGCCAAATTAATCTATAATTAA 1 166 1 TAATAAAATAACTATAATTAAGTATAAATACT 1 197 0 TTATTTTATTAACAAAATTAGTGACATTTGGC 1 218 1 AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAG 2 23 1 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTAT 2 48 1 GGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTA 2 129 0 TTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCGCT 5 40 0 CTGGCATAACAGGAAAATTTAATTTTTAAGCC 5 85 0 TATCTTGGTTAGGAAATTTAATTGAAAAACTA 5 189 0 GAAAAATATTTGTTTGGAAATAA 5 287 0 AGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACACTACC 6 117 0 TCTAGAGAGGATTAAGATTAAGATATAGATAT 9 38 1 AATCACCGAAAACCAAATTAAGGCGATGTATG 9 187 1 TAAGGTATTGAAAAAGATTAAGGACAAACCGA 12 144 1 * ********* MAP Score: 4.89045