AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all009_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248150 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pmd1 300 Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe #1 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #2 cysA 67 Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp #3 MG412 241 Mycoplasma pneumoniae, MG412 homolog, from M. genitalium #4 lcnDR3 103 Mycoplasma pneumoniae, lactococcin transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P37608, from L. lactis #5 cbiO 157 Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium #6 oppB 275 Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis #7 rpsJ 93 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S10; similar to Swiss-Prot Accession Number P38518, from T. maritima #8 VXpSPT7_orf112 246 Mycoplasma pneumoniae, VXpSPT7_orf112 Protein Motif 1 AAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT 1 42 1 AGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTA 1 68 1 AAGTGGTATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTG 1 140 0 ATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT 1 234 1 ATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCT 3 88 1 AAGCAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGG 3 110 1 TAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATTGGCAA 3 123 1 AAGGAAACAATTGGCAAAGAATAAACGCCAGAA 3 139 1 GTGCTTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCTG 3 167 0 AATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 3 222 1 TTTCGAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCT 6 207 0 ACCCATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACA 8 64 0 TCAATGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAA 8 162 1 GCAAACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGT 8 198 1 * ** *** **** MAP Score: 15.1725 Motif 2 ATAATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAA 1 40 0 GTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGTAA 5 10 0 GAACCAGGTTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTCGAAAGT 6 202 1 CGCTTGCAGGCCTTATTATTTTCCCATAATCATTGAAATT 8 158 0 AGGTTCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTAGT 0 234 1 AGTTTGCTTAAATTCTAATATTTATTTAGTATTATTCCGG 1 257 0 ATAGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 1 9 0 ATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGGTAAATAA 1 215 1 CTACTACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCTGT 4 10 0 AACGCCAGAAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCACAA 3 162 1 AAACGCCTAACTTAATCTTATATGACTAGTTAGACGTTTG 0 10 1 GGTCCCTCAGCATGCTAATATTCTGGTTACCTGAAAGATT 6 159 0 GTACTTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTT 6 3 1 TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA 5 133 0 GTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGCACCTTAGCCTCATTG 4 46 1 * * * **** ** * MAP Score: 12.8471 Motif 3 TTAGCCAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTA 0 259 1 TATATACCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGC 1 161 1 AGAGGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACC 3 91 0 CCTTTGCTAATTTCTTTTTACGAGAGGCTG 3 113 0 CCAGAAAATCGTTGTTTTTAACTACTTAAA 3 166 1 TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTTT 3 226 0 TACTACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTG 4 19 0 GTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACT 5 20 0 CAGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTAT 5 41 1 ACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTT 5 95 1 TTCAATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAAA 5 124 1 TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAA 5 139 0 CAGGTTCCTTTTTCTTTTTTATTAGTATTC 6 206 1 TGTTAGTAAGTTTCTTTTAACAATTAAATG 8 64 1 AGCGGGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTT 8 128 1 ********** MAP Score: 10.9694 Motif 4 TAGCATAATACTAAATAAATACTA 1 4 1 TAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTA 1 252 1 ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTA 1 24 1 TAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTA 1 49 1 AATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAAT 5 119 0 AACTAGTCATATAAGATTAAGTTAGGCGTT 0 11 0 CGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATAT 1 105 0 TCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAA 0 238 1 TAATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAA 1 60 1 TGATTATGGGAAAATAATAAGGCCTGCAAG 8 166 1 ACACTTTCGAATACTAATAAAAAAGAAAAA 6 214 0 ********** MAP Score: 8.72344 Motif 5 ACTAGTCATATAAGATTAAGTTAGGCGTTT 0 6 0 CTACTTGCTTTAATTATAAGACCGCTTAAAAACT 0 271 0 AATATTAAGATAATATTATGTTAAAGAAAAAGTT 1 61 1 GGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTA 1 187 1 GGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTC 1 209 1 GGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCA 1 259 1 GTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCTCGTAA 3 92 1 CAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAAC 3 113 1 GCAACTTGCTTAATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTA 3 211 1 AATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGTAGTACA 4 20 1 AAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTGTACTACTACA 4 42 0 AGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCT 5 20 1 AAATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTTAACTGCC 5 39 0 TTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAAAAAA 5 120 0 TTTTAGCGACTAAAATGCTGTTTGACTCCGAGTG 6 61 1 CTCAGCATGCTAATATTCTGGTTACCTGAAAGAT 6 160 0 ***** * *** * MAP Score: 8.34796 Motif 6 CTTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATCTTTA 0 26 1 CAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAA 0 264 1 GAAAACAAATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAA 1 121 0 GCAAACAAATTTGTTTTCCATTTTCCTATATA 1 135 1 TACCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGCACATTT 1 165 1 TACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGC 4 14 0 TAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACC 5 45 1 GCTAAAAACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTC 6 36 0 ACTAACAATGTTTTTAGCGACTAAAATGCTGT 6 50 1 AGCTTGGAGCTTTTTTGCTGTTAGTAAGTTTC 8 46 1 GTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTATTGTGTC 8 107 0 GGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTC 8 132 1 TTTTCCAAACTAGTTTGCCGCTTGCAGGCCTT 8 184 0 GCTTTTAGCAGTCACAATTGAAC 8 233 0 ***** ** *** MAP Score: 8.19144 Motif 7 AATTTGTTTTCCATTTTCCTATATACCACTTTCTTTTTCGCGGTT 1 142 1 TTACGAGAGGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACCAATGGCCGTG 3 81 0 TTAAAAACAACGATTTTCTGGCGTTTATTCTTTGCCAATTGTTTC 3 142 0 TACTACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCTGT 4 4 0 AGTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGCACCTTAGCCTCATTGGGTC 4 45 1 GTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCTACTGCAACAGTAA 5 5 0 AGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTATTTGACCTGTAATAATG 5 42 1 CGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTATTT 5 96 1 TTACTAGTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAAT 6 14 1 TAGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGGTTACATCAAATCTTTCA 6 123 1 AAAATGACTACGCTTTTCGGTGTATCCACTTCGACCAAAGCCTTA 7 26 0 GTAGTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTATTGTGTCACTTTAAAAG 8 97 0 AGCGGGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATGATTAT 8 128 1 * ***** * ** * MAP Score: 7.88419 Motif 8 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA 1 4 1 ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAAT 1 24 1 TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA 1 46 1 AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTT 1 112 1 TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACC 1 186 1 ACCGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAGATGCTACC 1 209 0 ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAAT 1 238 1 TAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACG 1 263 1 CAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGTAGTACAGCCCT 4 19 1 AAAACATTCTACAAAAAAACGATACTAGTAAGTAC 6 5 0 CATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACAGCAAAAAAGC 8 54 0 * **** * ** ** MAP Score: 7.85684 Motif 9 AAACTAACCAGATGTTGACCTGATCTTTATCAGCGATT 3 20 1 AAGAAGGGTTGTAGTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGC 4 33 1 TAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCT 5 30 1 ATGGTTTATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATT 5 84 1 GTTTCCACTCGGAGTCAAACAGCATTTTAGTCGCTAAA 6 62 0 CTTCAAAAAAGTAGTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTA 8 114 0 * ** * ** **** MAP Score: 7.83203 Motif 10 TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTT 3 227 0 TACTACTACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATT 4 20 0 TTGTAGTAGTACAGCCCTTTTTTTATTGGCAC 4 41 1 GAGCAGTTTAACTGCCCTCTTTTTATTGATCT 5 23 0 GGGCAGTTAAACTGCTCTTTTTTTATGTCTTA 5 38 1 TAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAAACCATTTT 5 92 1 CCTGTAGCCATCTGCACTTTTAGTTGGACTGG 6 119 1 GGTCAAAATGACTACGCTTTTCGGTGTATCCA 7 43 0 AAAAGTAGTAACCCCGCTTTTTGGCGATCTTA 8 114 0 ** ** ****** MAP Score: 6.88256 Motif 11 CGCCTAACTTAATCTTATATGACTAGTTAGACGTTTGGATC 0 13 1 TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGCT 1 6 1 ATATTATCTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATATT 1 36 0 CGACGAAATTAATACCATCAGGGTATTAAGATGCTACCAAC 1 206 0 TTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATT 1 240 1 ACAACTAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGTTGGTTAA 3 198 1 CTAAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTGTACTACTACAACCCT 4 37 0 GCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTT 5 18 1 TCTATAAACCATTATTACAGGTCAAATAAGACATAAAAAAA 5 55 0 AAATAAGACTAATTGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAA 5 100 0 TATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 5 136 1 *** * * * *** * MAP Score: 4.97896 Motif 12 GTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTTCCATTT 1 118 1 TGGTATATAGGAAAATGGAAAACAAATTTGTTTGCCGTTT 1 130 0 CTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATTGGCAAAGA 3 119 1 ACTAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGTTGGTTAAAA 3 201 1 GACTCCGAGTGGAAACCGATTATAAATCGCGTTTCCCTGT 6 84 1 AATCTTTCAGGTAACCAGAATATTAGCATGCTGAGGGACC 6 159 1 AATAAGGCCTGCAAGCGGCAAACTAGTTTGGAAAAAGATA 8 181 1 AAACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTCAGTTCAAT 8 200 1 * ** *** * ** * MAP Score: 0.907462