AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MP/MP_sum_all009_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248191 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pmd1 300 Mycoplasma pneumoniae, transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P36619, from S. pombe #1 soj 300 Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis #2 cysA 67 Mycoplasma pneumoniae, sulfate transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P14788, from Synechococcus sp #3 hsdS 300 Mycoplasma pneumoniae, restriction-modification enzyme subunit S1B; similar to GenBank Accession Number L25415_6, from M. pulmonis #4 MG413 85 Mycoplasma pneumoniae, MG413 homolog, from M. genitalium #5 MG414 114 Mycoplasma pneumoniae, MG414 homolog, from M. genitalium #6 MG412 241 Mycoplasma pneumoniae, MG412 homolog, from M. genitalium #7 D02_orf128 300 Mycoplasma pneumoniae, D02_orf128 Protein #8 groES 187 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein GroES; similar to Swiss-Prot Accession Number P28599, from B. subtilis #9 lcnDR3 103 Mycoplasma pneumoniae, lactococcin transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number P37608, from L. lactis #10 putative 300 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG307 homolog, from M. genitalium #11 dnaK 55 Mycoplasma pneumoniae, heat shock protein DnaK; similar to GenBank Accession Number A49230, from E. rhusiopathiae #12 cbiO 157 Mycoplasma pneumoniae, abc transport ATP-binding protein; similar to Swiss-Prot Accession Number Q05596, from S. typhimurium #13 oppB 275 Mycoplasma pneumoniae, oligopeptide transport system permease protein OppB; similar to Swiss-Prot Accession Number P24138 and P24691, from B. subtilis #14 rpsJ 93 Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S10; similar to Swiss-Prot Accession Number P38518, from T. maritima #15 VXpSPT7_orf112 246 Mycoplasma pneumoniae, VXpSPT7_orf112 Protein #16 putative 121 Mycoplasma pneumoniae, putative lipoprotein, MG149 homolog, from M. genitalium #17 MG148 153 Mycoplasma pneumoniae, MG148 homolog, from M. genitalium #18 hlyC 25 Mycoplasma pneumoniae, hemolysin (hlyC) homolog protein; similar to GenBank Accession Number G64060, from H. influenzae #19 infB 280 Mycoplasma pneumoniae, protein synthesis initiation factor 2; similar to Swiss-Prot Accession Number P04766, from B. stearothermophilus Motif 1 TTTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTG 2 13 1 TTTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTGCTAAT 8 137 1 AACAGCTTACCTTTAAGCGTTTTTGTAACAGT 19 207 0 CTTAGTTGTGCTTTAAGTAGTTAAAAACAACG 6 175 0 TGTTGAAACTTTTTAAGCCTTTAATGGGTGTT 7 144 1 TTTTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTATTTCCA 7 264 1 ATCGTTAGCACTTTTAGCGTTTGAGTG 11 5 0 CAAAGCTAGTTTTTAAGCGGTCTTATAATTAA 0 264 1 GGTTCTTTTAAGTAGTCTTTTTAGGGT 16 5 1 AAAATTAGTGCTTTAAAGCTTTTTAAATTA 4 8 0 TGTAACAGTGCTTTAAAGTTTTTCCGCTCCAG 19 184 0 ATGGCATTAACTTTAAATTGTTTGCCAGGTGA 17 131 0 TGGCGTAGAGTTTTTAGTTTTTATTGTTGAAA 7 120 1 TCCAATTAATTTTTTAGGGTTTAAAAGAAATT 7 46 1 TTTTGTTATTTTTTAAAAGTTT 5 0 0 GACGCCAATTTTTTAAAAGTTTTTATTTATCC 5 47 0 TTTGCTACAATCTTAAGGCTTTGGTCGAAGTG 14 13 1 GCTTTTAGCAGTCACAATTGAAC 15 233 0 TCACTTTTTACCTTAAGAATTCCACAAACATT 3 193 0 AGAGGCTTATTTTTAAAAATTCAAAATAAGCA 16 68 1 TAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGA 12 133 0 TCAAGTATATTCTTAAACGTTTGGGTTTGGCA 13 244 1 TTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAAT 15 135 1 ******* *** MAP Score: 30.7887 Motif 2 TGACAACTGCTTTTTGTTATTTTTTAAAAGTTT 5 5 0 TGTTGAAAAGTTTGTGGTAGTTTTTCAATTAAATTTCC 7 172 1 TTTCAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAGAAATTGAT 10 86 0 GTATCGTTTTTTTGTAGAATGTTTTGAACCACTAACAA 13 20 1 TCAGCATTGGTTTTTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTAT 7 253 1 TTTCGGTACTTTTTAACCAACTTTTAATTAAGCAAGT 6 214 0 TTAAGCACTTTTTAAACCATTTTTTCAATTAGTCTTAT 12 101 1 TTTAAGTTTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTA 12 130 0 TTATATTTGCTTATTTTGAATTTTTAAAAATAAGCCTC 16 69 0 GTAATAATGGTTTATAGACGTCTTTAAGCACTTTTTAA 12 78 1 GGTTCTTTTAAGTAGTCTTTTTAGGGTAGAAATT 16 6 1 AGTGATGAAATTAATCCTAAGTTTTTAGCTTATGCACT 3 220 1 AATTTTTGCTTTATTTTGGCACTTTAAAAGCTAGTTTT 10 244 0 TTTGGCGATCTTATTGTGTCACTTTAAAAGACCCATTT 15 89 0 TTTTTTGCTGTTAGTAAGTTTCTTTTAACAATTAAATG 15 56 1 GCTAAATTATTTTTATTTGCACTTTAAGCATTTAACTG 8 126 1 GTTGGACTGGTTACATCAAATCTTTCAGGTAACCAGAA 13 141 1 AGAGGCTGCTTTTCTTTTAATCATTCAACCAATGGCCG 6 83 0 GTGCTAACGATTTGTTTATAATATTTAGCACATAAACA 11 26 1 GGGTTACTACTTTTTTGAAGTTGTTTAATTTCAATGAT 15 132 1 ACAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCTGT 9 7 0 ACTAACCTGCTTTTATCTAACTATTTAAGTAAATCTAT 10 41 0 TTAGTTTTTATTGTTGAAACTTTTTAAGCCTTTAATGG 7 133 1 GTTAAAAACTTTAGTTCAATTTATTGAATGTAAAGATT 4 54 1 TAGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA 1 10 0 TTAAGCGTTTTTGTAACAGTGCTTTAAAGTTTTTCCGC 19 189 0 TTGACGCCAATTTTTTAAAAGTTTTTATTTATCCGTTT 5 43 0 *** * **** ** MAP Score: 26.8807 Motif 3 GGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCT 6 91 1 TTTTTAGGGTTTAAAAGAAATTAGCATTAG 7 56 1 CATTTAATTGTTAAAAGAAACTTACTAACA 15 64 0 TATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAAGCG 19 261 1 CAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGG 6 113 1 ACAAAAACGCTTAAAGGTAAGCTGTTCTGA 19 213 1 TGGTTAGTAATTAAAACTAA 8 0 0 TTTTTTATATATAAAGGAAATTGCTGATTA 17 35 0 GTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACG 7 123 0 TTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGA 12 125 0 TTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 12 138 1 TTTTGAATTTTTAAAAATAAGCCTCTAATT 16 64 0 GAATACTAATAAAAAAGAAAAAGGAACCTG 13 206 0 AAAAGACTACTTAAAAGAACC 16 1 0 TAATATTATGTTAAAGAAAAAGTTTCTCTA 1 71 1 CAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGTA 9 19 1 AAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTTAACCT 10 258 1 GGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 282 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAG 5 7 1 TAACAAATACTTAAAACAACTAAAAAACCA 7 260 0 TTTATATATAAAAAAGGTAATACAACGATA 17 50 1 TAAAGTGCAAATAAAAATAATTTAGCAACA 8 122 0 AAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 6 226 1 TAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAA 0 259 0 TATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGT 10 232 1 AAACAACTTCAAAAAAGTAGTAACCCCGCT 15 128 0 TTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCTGG 6 166 0 AATTTCTTTCAAAAAAAAAAAAAAAACGTT 10 89 1 CTGATTAAACAAAAAGCTAAATTATTTACC 17 12 0 CAAATAAGACATAAAAAAAGAGCAGTTTAA 12 44 0 TAAGGTGCCAATAAAAAAAGGGCTGTACTA 9 47 0 ACTAGTTTGGAAAAAGATAAGGAATTAGTC 15 202 1 CCCAACCGCGAAAAAGAAAGTGGTATATAG 1 160 0 ********** MAP Score: 22.5207 Motif 4 TTCGCTTCATAATTATATTAATTTAGCCAAAGCTAG 0 237 1 TTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTA 1 48 1 ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGAATT 1 251 1 AATAACGGTGAAATCGGTAAGATAAAGGATTGTGAT 3 73 1 TAATTTAGGAATAGGGCAAGCATAATTAACAAATT 3 275 0 AATTTTCTAAAAATTGGCAAGTTAAAAACTTTAGTT 4 34 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAG 5 1 1 AGCAGTTGTCAAAACGGATAAATAAAAACTTTTAAA 5 32 1 CCATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCTCTC 6 86 1 CAAAGGAAACAATTGGCAAAGAATAAACGCCAGAAA 6 137 1 TAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGTTGGTTAA 6 203 1 ATTTCTTTTAAACCCTAAAAAATTAATTGGACTCGC 7 41 0 AAAAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTACGC 7 122 0 AGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAAAGCAATCAATT 10 57 1 TCGTGGTTTAAAATGTACAAAATTAAGCCAAGAGAT 10 143 1 ACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAAAAATTT 10 247 1 AGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAAACTGCTCTTTT 12 23 1 TTTTATTTTTAAATTTTAAAAATAAGACTAATTGAA 12 124 0 TTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 12 140 1 GATTTGATGTAACCAGTCCAACTAAAAGTGCAGATG 13 127 0 TAACAGCAAAAAAGCTCCAAGCTAAAAGCATTGGGA 15 33 0 ATTTTCCCATAATCATTGAAATTAAACAACTTCAAA 15 145 0 AGTTTCCAAAAACGGTTTTAAATTAGAGGCTTATTT 16 44 1 GCTTATTTTTAAAAATTCAAAATAAGCAAATATAAT 16 72 1 TCACCTGGCAAACAATTTAAAGTTAATGCCAT 17 131 1 CTGTTACAAAAACGCTTAAAGGTAAGCTGTTCTGAC 19 208 1 ** * *** **** MAP Score: 21.5818 Motif 5 TTTTAAGCGGTCTTATAATTAAAGCAAGTAGTTTTT 0 274 1 TTTGTGGAATTCTTAAGGTAAAAAGTGATGAAATTA 3 197 1 TAATCTAAGTGCATAAGCTAAAAACTTAGGATTAAT 3 229 0 TTTTAGAAAATTAGTGCTTTAAAGCTTTTTAAATTA 4 10 0 TTCTAAAAATTGGCAAGTTAAAAACTTTAGTTCAAT 4 38 1 CGGCCATTGGTTGAATGATTAAAAGAAAAGCAGCCT 6 83 1 AAGAAAAGCAGCCTCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAA 6 105 1 AGTTGTGCTTTAAGTAGTTAAAAACAACGATTTTCT 6 168 0 CAATTAATTTTTTAGGGTTTAAAAGAAATTAGCATT 7 48 1 CTTAAAAAGTTTCAACAATAAAAACTAAAAACTCTA 7 125 0 CAACACCCATTAAAGGCTTAAAAAGTTTCAACAATA 7 141 0 AGGCTTTCAATAAGCAGATAAAAGAAGGGTTGTAGT 9 12 1 CAATTGGTGATAAGCGGATTAAAACAGGAATAGATT 10 12 1 TTTACTTAAATAGTTAGATAAAAGCAGGTTAGTTAA 10 46 1 TCAATACTTATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAA 10 224 1 ACTGTTGCAGTAGATCAATAAAAAGAGGGCAGTTAA 12 12 1 ATTTTTAAAATTTAAAAATAAAAACTTAAA 12 137 1 AAAAACATTGTTAGTGGTTCAAAACATTCTACAAAA 13 29 0 AAACAGCATTTTAGTCGCTAAAAACATTGTTAGTGG 13 48 0 AGCAAAAAAGCTCCAAGCTAAAAGCATTGGGACTTG 15 29 0 GGAAACTAATTTCTACCCTAAAAAGACTACTTAAAA 16 15 0 TATTTAAGTGTAGCTGCTTTAAAACTGGAGCGGAAA 19 160 1 GATCACATTATTGCTTGTTTAAAGGAAAGGGAAAGC 19 253 1 * * ******** MAP Score: 14.1401 Motif 6 AAAACTTTTAAAAAATTGGCGTCAATTCCCTTT 5 56 1 AGACTAATTGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTT 12 103 0 TCTGGTAACTAAACATTGGCGCCAACTTTGCAT 19 34 0 AACAACTTCAAAAAAGTAGTAACCCCGCTTTTT 15 124 0 AATTTAATTGAAAAACTACCACAAACTTTTCAA 7 174 0 AAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 6 227 1 AGAATTCCACAAACATTGGTTGCGTTAAATTGA 3 177 0 GATAAGTAAGAAAAACTGCTTTAGTGCCCACTG 10 193 0 TTGCCAGGTGAAACAATGGTTTAGCTGTTTTCT 17 109 0 CTAATTTTCTAAAAATTGGCAAGTTAAAAACTT 4 32 1 TCTCGTAAAAAGAAATTAGCAAAGGAAACAATT 6 118 1 AAAAACTACTTGCTTTAATTATA 0 287 0 ACCGCGAAAAAGAAAGTGGTATATAGGAAAATG 1 153 0 AAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATTA 0 255 0 ATTTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCA 10 233 1 TTTTTAGGGTAGAAATTAGTTTCCAAAAACGGT 16 27 1 TTACGATAAAAAACACTACCAGCTTGGGCTCCA 3 141 0 TAGCAAAGGAAACAATTGGCAAAGAATAAACGC 6 134 1 TTACAAGACGCAAAAGTAGCGGCTTAGCAAAAG 19 71 0 TTGAATTTTTAAAAATAAGCCTCTAATTTAAAA 16 59 0 GCTAATTGTTAATAATTGGTAGAATATTGACGG 8 163 1 AAACTTTTAAAAAATAACAAAAAGCAGTTGT 5 8 1 AGGGTTTAAAAGAAATTAGCATTAGGCTTAAAA 7 61 1 TTCTTAAGGTAAAAAGTGATGAAATTAATCCTA 3 206 1 GATTTAGCGCAAACACTACCAGGTCGGGGGTAT 19 127 1 GTTTGGAAATAACAAATACTTAAAACAACTAAA 7 266 0 ACCAATTATTAACAATTAGCAGTTAAATGCTTA 8 150 0 ***** **** * MAP Score: 9.51478 Motif 7 GACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTAAATT 0 256 0 TTTTAGGTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCC 10 235 1 CCCACTGGTGCAACTAGCTTAATCTCTTGG 10 170 0 CGGTTTAATTATATTTGCTTATTTTGAATT 16 85 0 CTAAGAAATGCAACTTGCTTAATTAAAAGT 6 202 1 AAGGTAAATAATTTAGCTTTTTGTTTAAT 17 9 1 TTTAGGGTAGAAATTAGTTTCCAAAAACGG 16 29 1 TGCAAGCGGCAAACTAGTTTGGAAAAAGAT 15 190 1 AAAAACTACTTGCTTTAATTATAAG 0 285 0 GGTTTAAAAGAAATTAGCATTAGGCTTAAA 7 63 1 TAGTGCTGCTAAATTAGCGTGCCTGATTTA 8 83 0 AACGGCAAACAAATTTGTTTTCCATTTTCC 1 131 1 GGTAACCAGAATATTAGCATGCTGAGGGAC 13 168 1 TAAAGGTTAAATTTTTGCTTTATTTTGGCA 10 261 0 AGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTTTT 15 31 1 GAAAAATATTTGTTTGGAAATAACA 7 285 0 AAGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT 18 10 0 ********** MAP Score: 8.68876 Motif 8 CTTAATATTATTTACCTACTAATAGCTTAATA 1 38 0 CATCAGGGTATTAAGATGCTACCAACGTGGTA 1 200 0 TTTATAATTCTTTAAGTGTTTAATTGAACTGG 2 14 1 GTACTCTCCATTAAAATCACAATCCTTTATCT 3 92 0 TAGAAACACCTAAATTTGTTAATTATGCTTGC 3 263 1 TTAAAAAGCTTTAAAGCACTAATTTTCTAAAA 4 14 1 ACTAAAGTTTTTAACTTGCCAATTTTTAGAAA 4 37 0 TTTTCATCTATTAAATTGCTCAAAAAGGGAAT 5 80 0 GAGTGTTAGCTTTAGGTGCCACGGCCATTGGT 6 62 1 AATCGTTGTTTTTAACTACTTAAAGCACAACT 6 172 1 GCTAATTTCTTTTAAACCCTAAAAAATTAATT 7 49 0 TTAGTTTTAATTACTAACCACATATAC 8 5 1 GCGTGCCTGATTTATTTACTAGTAGATTAAGC 8 65 0 AGTTAAATGCTTAAAGTGCAAATAAAAATAAT 8 131 0 ACTTTAAGCATTTAACTGCTAATTGTTAATAA 8 146 1 CAACCCTTCTTTTATCTGCTTATTGAAAGCCT 9 12 0 TATTCCTGTTTTAATCCGCTTATCACCAATTG 10 12 0 AAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAAGCAA 10 245 1 ACTCAAACGCTAAAAGTGCTAACGATTTGTTT 11 11 1 ATGTTTATGTGCTAAATATTATAAA 11 40 0 CAAACAGCATTTTAGTCGCTAAAAACATTGTT 13 53 0 AAAAGACCCATTTAATTGTTAAAAGAAACTTA 15 70 0 ACGGTTTAATTATATTTGCTTATTTTGAATTT 16 84 0 TTTCTGCAAATTAACTCCCCTAGAACCCCTAT 17 82 0 **** ****** MAP Score: 5.32129 Motif 9 TTATAAGACCGCTTAAAAACTAGCTTTGGCTA 0 260 0 TGCTTTAAAGCTTTTTAAATTA 4 0 0 TTGAACTAAAGTTTTTAACTTGCCAATTTTTA 4 41 0 TTTTGTTATTTTTTAAAAGTTT 5 0 0 ATTAAAAGTTGGTTAAAAAGTACCGAAA 6 223 1 TTAGCATTAGGCTTAAAAATTAAATTTTCCTG 7 76 1 CCCATTAAAGGCTTAAAAAGTTTCAACAATAA 7 140 0 TTTTTTAGTTGTTTTAAGTATTTGTTATTTCC 7 263 1 TGCCATCGTGGTTTAAAATGTACAAAATTAAG 10 138 1 GTAAAAACTAGCTTTTAAAGTGCCAAAATAAA 10 241 1 CTAACGATTTGTTTATAATATTTAGCACATAA 11 29 1 TGAAAAAATGGTTTAAAAAGTGCTTAAAGACG 12 96 0 ATTAGTCTTATTTTTAAAATTTAAAAATAAAA 12 128 1 AAGTCCCAATGCTTTTAGCTTGGAGCTTTTTT 15 30 1 ATTAAATGGGTCTTTTAAAGTGACACAATAAG 15 86 1 TAGAGGCTTATTTTTAAAAATTCAAAATAAGC 16 67 1 AGTTAAATTAGGTTTAAATTTTAT 18 2 0 AAGTGTAGCTGCTTTAAAACTGGAGCGGAAAA 19 165 1 TTGTAACAGTGCTTTAAAGTTTTTCCGCTCCA 19 185 0 ******** ** MAP Score: 1.85605