AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i MP/MP_sum_all019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248578
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	soj	300	Mycoplasma pneumoniae, protein (soj) homolog; similar to Swiss-Prot Accession Number P37522, from B. subtilis
#1	deaD_rpsO	157	deaD: Mycoplasma pneumoniae, ATP-dependent RNA helicase; similar to GenBank Accession Number F64056, from H. influenzae, rpsO: Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S15; similar to Swiss-Prot Accession Number P05766, from B. stearothermophilus
#2	MG422	45	Mycoplasma pneumoniae, MG422 homolog, from M. genitalium
#3	argS	27	Mycoplasma pneumoniae, arginyl-tRNA synthetase; similar to Swiss-Prot Accession Number P41253, from B. lactofermentum
#4	MG377	42	Mycoplasma pneumoniae, MG377 homolog, from M. genitalium
#5	rpsB	300	Mycoplasma pneumoniae, ribosomal protein S2; similar to Swiss-Prot Accession Number P34831, from S. platensis

Motif 1
      TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA	0	4	1
ATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAAT	0	24	1
TATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTAAA	0	46	1
AGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAAATTTGTTTT	0	112	1
TGGGCACATTTTAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACC	0	186	1
TGGTAGCATCTTAATACCCTGATGGTATTAATTTCGTCGG	0	208	1
ATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAAT	0	238	1
GGAATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTA	0	259	1
       GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAG	1	3	1
AAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCTTAAGTGG	1	86	1
AGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAAAG	1	121	1
        ATTTAATATCGTTTAAATTGTAATTCTTAAAC	4	20	0
TAACAAAATCAAAATAAGTTATCAGATGTATTTACATGGA	5	56	0
          * ****       * ** **
MAP Score: 14.4271

Motif 2
AATAGCTTAATATTATTAGTATTTATTTAGTATTATGCTA   	0	7	0
TAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTATGTTA	0	41	1
ATACTATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTAAACGGCAAACAA	0	100	1
TATTAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAA	0	233	1
TAATTTCTTATTTTGTTATAATTCAACAAGTATTAATTC    	1	6	0
CCTTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAACTATCAA	1	116	1
   AAGGGCGTTGGTTTAAGAATTACAATTTAAACGATATTAA	4	7	1
TGTGTTAAGGGATTTTTAGGACTATCCATGTAAATACATCTGA	5	32	1
CTTATTTTGATTTTGTTAGCAATAACACCAAAATCCACATCTA	5	78	1
AAAGTCACCTGTTTTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACT	5	132	1
ATGACAATGTTTGGCTTAACACTTTGGCACAAAAATGGTGTTG	5	206	1
CAAAAATGGTGTTGGTTAGCAATCATTAATTAAGTTAACTTGC	5	235	1
          *  * ***  * *       ***
MAP Score: 11.8935

Motif 3
TATATAGAAGATTAGTATTTAATAGTAAACGG	0	104	1
TTTGATAGTTATTAGTAATTAATTAGTTAACA	1	128	0
CTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTAT	0	268	1
TGGTTTAAGAATTACAATTTAAACGATATTAA	4	18	1
TGCAAGGTTAAATATAATTTAAGTA       	3	12	1
ATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAG	0	251	1
ATATTAAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAA	0	37	1
TTGGTTAGCAATCATTAATTAAGTTAACTTGC	5	246	1
    TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAA	0	6	1
TACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATTA	1	17	1
AATAAATACTAATAATATTAAGCTATTAGTAG	0	23	1
CCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAAC	1	82	1
          **** ** ****
MAP Score: 10.9885

Motif 4
        TAGCATAATACTAAATAAATACT	0	2	1
CATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAA	0	13	1
CCTACTAATAGCTTAATATTATTAGTATTTA	0	25	0
GCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAAT	0	44	1
TTTTTCTTTAACATAATATTATCTTAATATT	0	61	0
GCCGTTTACTATTAAATACTAATCTTCTATA	0	106	0
TAATTTCGTCGGTAAATAATACCGGAATAAT	0	236	1
AATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATT	0	250	1
AATAATACTAAATAAATATTAGAATTTAAGC	0	261	1
         GAATTAATACTTGTTGAATTAT	1	1	1
TGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAACT	1	123	1
ACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATTAAGG	5	172	1
          * *********
MAP Score: 8.77181

Motif 5
ACCACTTTCTTTTTCGCGGTTGGGCACATTTT	0	166	1
TTTATTATAAGTTTGGGGGCTGATTTTGTGGG	1	68	0
AACAGCCCACTTAAGGTGGTTGTTTTGGTTTA	1	100	0
AACAACCACCTTAAGTGGGCTGTTAACTAATT	1	108	1
        TTGTTACTGGGATGACCCTAGTAC	2	2	1
ATAAGAATTATTAAGGAGCTTGCAGTTCCACA	5	166	0
ATAATTCTTATTAAGGAGGATGACAATGTTTG	5	187	1
          ****** ** **
MAP Score: 8.42171

Motif 6
          TAGCATAATACTAAATAAATACTAAT	0	0	1
AATTTGTTTGCCGTTTACTATTAAATACTAATCTTC	0	110	0
TTTTTCGCGGTTGGGCACATTTTAATACCACGTTGG	0	175	1
TAATACCACGTTGGTAGCATCTTAATACCCTGATGG	0	197	1
TAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAGA	0	248	1
CTTAAGTGGGCTGTTAACTAATTAATTACTAATAAC	1	117	1
CCGTTAAAAACAGGTGACTTTTTGGTTTGCTTTAGA	5	117	0
CTGTTTTTAACGGGTGGCTTTTTAATTGTGGAACTG	5	140	1
AATTGTGGAACTGCAAGCTCCTTAATAATTCTTATT	5	163	1
TTAACTTGCTCTGTTTGGTGCATAATGTAAAATTAC	5	269	1
          * *   ***  *****
MAP Score: 4.88471

Motif 7
  TAGCATAATACTAAATAAATACTAATAATATTAAGC	0	8	1
AAGCTATTAGTAGGTAAATAATATTAAGATAATATTAT	0	42	1
CGGTAAATAATACCGGAATAATACTAAATAAATATTAG	0	245	1
ACTAAATAAATATTAGAATTTAAGCAAACTTATACGCG	0	267	1
GAATTAATACTTGTTGAATTATAACAAAATAAGAAATT	1	10	1
CCCCCAAACTTATAATAAATAAACCAAAACAACCACCT	1	81	1
CCCTAGTACTAAAATCAATAAGACTAAGGG        	2	25	1
          TACTTAAATTATATTTAACCTTGCAAA 	3	9	0
TAAGAATTACAATTTAAACGATATTAAAT         	4	23	1
GTGTTATTGCTAACAAAATCAAAATAAGTTATCAGATG	5	68	0
TAACACCAAAATCCACATCTAAAGCAAACCAAAAAGTC	5	100	1
TTTTACATTATGCACCAAACAGAGCAAGTTAACTTAAT	5	263	0
          **    **  * * ****
MAP Score: 4.51847