AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MT/MT_fusions008_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249837 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 echA13 224 echA13 #1 fadE26 214 fadE26 #2 Rv3545c 111 hypothetical protein Rv3545c #3 fadE30_fadD3 47 fadE30: fadE30, fadD3: fadD3 Motif 1 ATCCGACCGGTACAACCAGGAAGGGTTGAC 0 11 0 CAGCGCGCCGGGCATCCGACCGGTACAACC 0 24 0 TTGGCTAAGGGACGGGTAACCTCGCACAGG 0 174 1 ACTGGACGTGAACGGCTGACCTGTGCGAGG 0 193 0 TGGAACTAGCAGCGACCGGGGGGATGGTCA 1 26 0 AAGGCCCTGCTACATCCGAGGAAACGGTCG 1 60 1 CTCTGAATCCAGCGACCGTTTCCTCGGATG 1 72 0 TAGAACGTGTTACAACCGGGAAGACGGCCG 1 104 1 CAACCGGGAAGACGGCCGGGTTGCCGTTGG 1 116 1 ACTAGCTGTCGACAACCAACGCCAACGGCA 1 137 0 GTTGGTTGTCGACAGCTAGTGGACGGCTGC 1 147 1 ACTGGCCGTCAGCAGCCGTCCACTAGCTGT 1 158 0 GACGGCTGCTGACGGCCAGTGATAAAGACG 1 168 1 TTCAATCGGAGGCAGCTGAG 1 204 1 TCATTACTATGACAAGCAAGGTTGCTTCAA 2 31 1 ********** MAP Score: 13.0537 Motif 2 AGCGCGCCGGGCATCCGACCGGTACAACCAGGA 0 20 0 CAGGTCAGCCGTTCACGTCCAGTAAGGAGCGGA 0 200 1 CAGCGACCGGGGGGATGGTCAGGGTAAGGAGGG 1 14 0 CCCTGACCATCCCCCCGGTCGCTGCTAGTTCCA 1 23 1 CTACATCCGAGGAAACGGTCGCTGGATTCAGAG 1 69 1 TTACAACCGGGAAGACGGCCGGGTTGCCGTTGG 1 113 1 GGCGTTGGTTGTCGACAGCTAGTGGACGGCTGC 1 144 1 TCGACAGCTAGTGGACGGCTGCTGACGGCCAGT 1 155 1 GTGGACGGCTGCTGACGGCCAGTGATAAAGACG 1 165 1 * ********* MAP Score: 10.1097 Motif 3 AACCCTTCCTGGTTGTACCGGTCGGATGCCCGGCGCGC 0 14 1 CGGTCGGATGCCCGGCGCGCTGCGGTGGCGCCCTTTGC 0 32 1 GGACGGGTAACCTCGCACAGGTCAGCCGTTCACGTCCA 0 183 1 CTTACCCTGACCATCCCCCCGGTCGCTGCTAGTTCCAC 1 19 1 CCTGCTACATCCGAGGAAACGGTCGCTGGATTCAGAGA 1 65 1 CGTGTTACAACCGGGAAGACGGCCGGGTTGCCGTTGGC 1 109 1 GCCGGGTTGCCGTTGGCGTTGGTTGTCGACAGCTAGTG 1 130 1 GTTGTCGACAGCTAGTGGACGGCTGCTGACGGCCAGTG 1 151 1 GGGGCCAGGCTAGAACACGTTTCATTACTATGACAA 2 8 1 TCCTAACAAAGCAAGTGCTTGGTAGGTTAGCCTACAGG 3 17 1 ** * * **** * * MAP Score: 9.08368 Motif 4 CGTCAACCCTTCCTGGTTGTACCGGTCGGATGCCCGGCGCGC 0 7 1 TATACGCAAAGGGCGCCACCGCAGCGCGCCGGGCATCCGACCGGT 0 30 0 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GTTGGCTAAGGGACGGGTAACCTCGCACAGGTCAGCCGTTCAC 0 173 1 GGCACCCTCCTTACCCTGACCATCCCCCCGGTCGCTGCTAGTT 1 10 1 TCCACCATAAGGCCCTGCTACATCCGAGGAAACGGTCGCTGGA 1 52 1 TCAGAGACTAGAACGTGTTACAACCGGGAAGACGGCCGGGTTG 1 96 1 GTCCACTAGCTGTCGACAACCAACGCCAACGGCAACCCGGCCG 1 128 0 GTTGCTTCAATGCCTTTTGTCTGCGGTGAAGGCATGTTTTACT 2 51 1 * ** * *** * * * MAP Score: 6.70621 Motif 7 CGTCAACCCTTCCTGGTTGTACCGGTCGGATGCCCGGCGCG 0 5 1 CGGTCGGATGCCCGGCGCGCTGCGGTGGCGCCCTTTGCGTATATCA 0 32 1 ACTCTCATGTGCGTATTGGCTATGGACATGTTGGCTAAGGGACGGG 0 144 1 TTGGCTAAGGGACGGGTAACCTCGCACAGGTCAGCCGTTCACGTCC 0 174 1 TCCTTACCCTGACCATCCCCCCGGTCGCTGCTAGTTCCACCATAAG 1 17 1 TGAATCCAGCGACCGTTTCCTCGGATGTAGCAGGGCCTTATGGTGG 1 53 0 CAGAGACTAGAACGTGTTACAACCGGGAAGACGGCCGGGTTGCCGT 1 97 1 CGGCCGGGTTGCCGTTGGCGTTGGTTGTCGACAGCTAGTGGACGGC 1 128 1 TTGCTTCAATGCCTTTTGTCTGCGGTGAAGGCATGTTTTACTGGCA 2 52 1 *** * * * * * * * MAP Score: 4.44517 Motif 8 AACCCTTCCTGGTTGTACCGGTCGGATGCCCGGCGCGCTGCGGTG 0 14 1 GTCGGATGCCCGGCGCGCTGCGGTGGCGCCCTTTGCGTATATCAC 0 34 1 TCTCATGTGCGTATTGGCTATGGACATGTTGGCTAAGGGACGGGT 0 146 1 GGCTAAGGGACGGGTAACCTCGCACAGGTCAGCCGTTCACGTCCA 0 176 1 GGTGGAACTAGCAGCGACCGGGGGGATGGTCAGGGTAAGGAGGGT 1 13 0 ATAAGGCCCTGCTACATCCGAGGAAACGGTCGCTGGATTCAGAGA 1 58 1 GAGACTAGAACGTGTTACAACCGGGAAGACGGCCGGGTTGCCGTT 1 99 1 GAAGACGGCCGGGTTGCCGTTGGCGTTGGTTGTCGACAGCTAGTG 1 123 1 GGCGTTGGTTGTCGACAGCTAGTGGACGGCTGCTGACGGCCAGTG 1 144 1 GCTTCAATGCCTTTTGTCTGCGGTGAAGGCATGTTTTACTGGCAG 2 54 1 CGGACGCTCCTAACAAAGCAAGTGCTTGGTAGGTTAGCCTA 3 6 1 * * ** ** * * * * MAP Score: 3.33228 Motif 9 CCTGGTTGTACCGGTCGGATGCCCGGCGCGCTGCGGTGGCGCCCT 0 21 1 CCTCCTTACCCTGACCATCCCCCCGGTCGCTGCTAGTTCCACCAT 1 15 1 TCTGAATCCAGCGACCGTTTCCTCGGATGTAGCAGGGCCTTATGG 1 56 0 CAACGGCAACCCGGCCGTCTTCCCGGTTGTAACACGTTCTAGTCT 1 100 0 GTTGGTTGTCGACAGCTAGTGGACGGCTGCTGACGGCCAGTGATA 1 147 1 TGATAAAGACGCGATCATTCAATCGGAGGCAGCTGAG 1 187 1 * ** * *** * * * MAP Score: 1.56 Motif 10 CGTCAACCCTTCCTGGTTGTACCGGTCGGA 0 8 1 CCACCGCAGCGCGCCGGGCATCCGACCGGTAC 0 28 0 ACGCAAAGGGCGCCACCGCAGCGCGCCGGGCA 0 40 0 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* * * *** * ** MAP Score: 0.456253