AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i MT/MT_fusions015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944250336 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 Rv0654 70 hypothetical protein Rv0654 #1 Rv0986 300 hypothetical protein Rv0986 #2 modA 161 modA #3 subI 124 subI Motif 1 TAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGACGGATGGCGCGGT 1 173 1 GCACCGCCACGACGCGCAGACGATCTTGGTAACCATTAG 2 123 1 CCGTTGCCATGGGGAGCTGACGCTGCCGGGATCCGGTGC 1 84 1 TTCGCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGGGA 1 151 1 AGAAAAACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCT 1 38 1 GGCGACGGATGGCGCGGTGGCCAGGACAGTGATCGAGAT 1 194 1 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAG 1 1 1 TTCCCGTAGCGGCGGAAAGGCGATCGCTGAACATTGCAG 3 62 0 GTTGTTTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACCGT 1 124 1 GCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATGTTCAG 3 36 1 ATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACTGGACAGTAGCTA 2 70 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTCT 3 4 1 GGATCGCTCACAGCTGAAGGCGTTGTTGGCGTGATGTCA 1 232 0 CAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCCATGGGGAG 1 61 1 GCTGAACCCAGACCCTGGACCGTTGCCTGGAATCGCATC 2 28 1 CGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 95 1 GACCTCCTCGTGTTCAACGCTGAACCCAGACC 2 3 1 ACGCTGCCGGGATCCGGTGCTGTTGTTTGTTGACGGGAT 1 103 1 TTGGATATTTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACA 1 259 0 TCGTGGCGGTGCGGAGTTTCCCCGAATAGCTACTGTCCA 2 96 0 * ** * * ** *** MAP Score: 24.7036 Motif 2 GCGTAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGACGGATGGCGCGG 1 170 1 CAACAAACAACAGCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCCC 1 94 0 AATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGTTGT 3 66 1 TCCCAGCGTCGTGGCCATTGACACCACCTGGTCTAGTTTTT 1 40 0 CAGTGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGCCTTCAGCTG 1 220 1 CCTTGCCATGTTCTCACCAAGGGCGTACCGTT 0 1 1 CCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACGGCGATCCCAGCGT 1 72 0 CTACGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCC 3 92 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTC 3 1 1 GTGTTCAACGCTGAACCCAGACCCTGGACCGTTGCCTGGAA 2 19 1 ATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACTGGA 2 59 1 GGATATTTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCTG 1 255 0 AGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAG 2 101 1 TCCCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGCGAAGT 1 149 0 CGCGGCGACGGATGGCGCGGTGGCCAGGACAGTGATCGAGA 1 191 1 GAACATTGCAGGACTCACGAACTCCACATCAGACCGCGCAC 3 32 0 CACGGTCAGCGAAGTCAAGGGCATCCCGTCAACAAACAACA 1 123 0 * ** * * * ** ** MAP Score: 23.8464 Motif 3 ACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTT 1 44 1 TTGCCATGGGGAGCTGACGCTGCCGGGATCCGGTGCTGTTGTTTG 1 87 1 GTTTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACCGTGGTGTGCGC 1 127 1 ATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGG 1 159 0 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCC 1 186 0 TGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGCCTTCAGCTGTGAGCGA 1 223 1 TATTTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCTGAAGGCGT 1 248 0 ACCGTTGCCTGGAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGAT 2 46 1 AGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAGACGATCT 2 104 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTCTGAT 3 1 1 GAACATTGCAGGACTCACGAACTCCACATCAGACCGCGCACGGGT 3 28 0 GCAATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGTTGTCC 3 64 1 CTACGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 92 1 * ** * * **** * MAP Score: 22.0322 Motif 4 AACGGTACGCCCTTGGTGAGAACATGGCAAGG 0 1 0 AAAAACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGGA 1 40 1 TCAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCCATGGGGAGC 1 60 1 ATCGCCGTTGCCATGGGGAGCTGACGCTGCCGGGATCCGGT 1 80 1 TGCTGTTGTTTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACC 1 120 1 CCCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGCGAAGTC 1 148 0 CCGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGC 1 170 0 ACGCGGCGACGGATGGCGCGGTGGCCAGGACAGTGATCGAG 1 190 1 GGCGTTGTTGGCGTGATGTCATCTCGATCACTGTCCTGGCC 1 212 0 TTGCCTGGAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGAT 2 50 1 CGCGTCGTGGCGGTGCGGAGTTTCCCCGAATAGCTACTGTC 2 98 0 CTCCGCACCGCCACGACGCGCAGACGATCTTGGTAACCATT 2 119 1 GACCGCGCACGGGTGGGGAGTCAGCGACAACA 3 1 0 GTGCGCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATGTTC 3 32 1 ATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCG 3 77 1 ** ** ** * ** * MAP Score: 20.397 Motif 5 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCGT 1 190 0 AGAAAAACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGG 1 38 1 AGCTGTGAGCGATCCGGGCTAGACTACCGCCGAAATATCCA 1 256 1 ACAGCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACG 1 85 0 CCAGGCAACGGTCCAGGGTCTGGGTTCAGCGTTGAACACGA 2 17 0 CGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGCG 1 169 0 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTC 3 1 1 CAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCCATGGGGAGCT 1 61 1 TGACTTCGCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGG 1 147 1 GGTCAGCGAAGTCAAGGGCATCCCGTCAACAAACAACAGCA 1 120 0 GTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 102 1 GTCCTGCAATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGA 3 59 1 GACAGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCG 2 98 1 TGAAGGCGTTGTTGGCGTGATGTCATCTCGATCACTGTCCT 1 216 0 GGAACGGTACGCCCTTGGTGAGAACATGGCAAGG 0 3 0 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAGAA 1 1 1 ATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACTGGA 2 59 1 * ** ** * * * ** MAP Score: 19.9179 Motif 6 CCTTGCCATGTTCTCACCAAGGGCGTACCGTTCC 0 4 1 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAGA 1 1 1 CAGCGTCGTGGCCATTGACACCACCTGGTCTAGTTTTTCT 1 38 0 GCTCCCCATGGCAACGGCGATCCCAGCGTCGTGGCCATTG 1 61 0 CAACAAACAACAGCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCC 1 95 0 GGTCAGCGAAGTCAAGGGCATCCCGTCAACAAACAACAGC 1 121 0 CGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGCGAAGTCA 1 147 0 GCGCGTAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGACGGATGGCG 1 168 1 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCG 1 191 0 GGCCAGGACAGTGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGC 1 212 1 GGATATTTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCT 1 256 0 CGTGTTCAACGCTGAACCCAGACCCTGGACCGTTGCCTGG 2 18 1 GAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACT 2 57 1 GCGTCGTGGCGGTGCGGAGTTTCCCCGAATAGCTACTGTC 2 98 0 ACCGCGCACGGGTGGGGAGTCAGCGACAACA 3 1 0 GTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATGTTCAGCGAT 3 39 1 GCAATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGT 3 64 1 CTACGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGC 3 92 1 * ** ** ** ** * MAP Score: 14.7985 Motif 7 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAGA 1 1 1 GGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACGGCGATCCCAGCGTC 1 71 0 CAACAAACAACAGCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCC 1 95 0 TTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACCGTGGTGTG 1 129 1 GCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGC 1 154 0 GCGTAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGACGGATGGCGCG 1 170 1 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCG 1 191 0 GGACAGTGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGCCTTCA 1 217 1 GACCTCCTCGTGTTCAACGCTGAACCCAGACCC 2 3 1 AACCCAGACCCTGGACCGTTGCCTGGAATCGCATCGTGAT 2 32 1 CCAGTAACATCTACCGGAGCTTACGCCATCACGATGCGAT 2 59 0 GACAGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGC 2 98 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGT 3 1 1 TGCGCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATGTTC 3 33 1 AATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGTTG 3 66 1 CTACGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGC 3 92 1 * * ** * **** * MAP Score: 14.0971 Motif 8 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAGAAAAACTAGAC 1 9 1 AGAAAAACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGG 1 38 1 CCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACGGCGATCCCAGCGTC 1 71 0 ACGCTGCCGGGATCCGGTGCTGTTGTTTGTTGACGGGATGCC 1 103 1 TTCGCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGGGAACG 1 151 1 TAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGACGGATGGCGCGGTGGC 1 173 1 GACGGATGGCGCGGTGGCCAGGACAGTGATCGAGATGACATC 1 197 1 GGATCGCTCACAGCTGAAGGCGTTGTTGGCGTGATGTCATCT 1 229 0 AGCTGTGAGCGATCCGGGCTAGACTACCGCCGAAATATCCAA 1 256 1 GACCTCCTCGTGTTCAACGCTGAACCCAGACC 2 0 1 ATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACTGGACAGTAGCTATTC 2 70 1 TCTGCGCGTCGTGGCGGTGCGGAGTTTCCCCGAATAGCTACT 2 101 0 GCACCGCCACGACGCGCAGACGATCTTGGTAACCATTAGGTT 2 123 1 ACCCGTGCGCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATG 3 28 1 TTGGACAACGTTCCCGTAGCGGCGGAAAGGCGATCGCTGAAC 3 69 0 GTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 102 1 * ** * * * *** * MAP Score: 13.4472 Motif 9 GTTTTTCTAGGTGTTCCACTCGCGGACTGCCGGCCG 1 3 0 AGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTG 1 47 1 CCGTTGCCATGGGGAGCTGACGCTGCCGGGATCCGGTGCTGTT 1 84 1 TTCGCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGGGAACGC 1 151 1 GCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGCGCAC 1 166 0 GATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCG 1 185 0 GGATCGCTCACAGCTGAAGGCGTTGTTGGCGTGATGTCATCTC 1 228 0 TTGGATATTTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCTG 1 255 0 GCTGAACCCAGACCCTGGACCGTTGCCTGGAATCGCATCGTGA 2 28 1 AGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAGAC 2 101 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTCTGATG 3 4 1 GCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTGCAATGTTCAGCGAT 3 36 1 TTCCCGTAGCGGCGGAAAGGCGATCGCTGAACATTGCAGGACT 3 58 0 CGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 95 1 * ** ** **** * MAP Score: 7.08139 Motif 10 CCTTGCCATGTTCTCACCAAGGGCGTACCGTTCCAATAT 0 9 1 CCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTG 1 50 1 TCCCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACGGCGATCCCAG 1 75 0 GGTCAGCGAAGTCAAGGGCATCCCGTCAACAAACAACAGC 1 121 0 CCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGCGAAGTC 1 148 0 CGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGC 1 170 0 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCG 1 191 0 TGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGCCTTCAGCTGTG 1 223 1 TTCGGCGGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCTGAAGGC 1 250 0 GACCTCCTCGTGTTCAACGCTGAACCCAGAC 2 1 1 ATCTACCGGAGCTTACGCCATCACGATGCGATTCCAGGCA 2 51 0 AGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAGAC 2 104 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGT 3 1 1 CAGGACTCACGAACTCCACATCAGACCGCGCACGGGTGGG 3 25 0 GCAATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGT 3 64 1 TTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 103 1 * * ** ** **** MAP Score: 5.55957 Motif 11 CGGCCGGCAGTCCGCGAGTGGAACACCTAGA 1 1 1 AGAAAAACTAGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTG 1 38 1 AATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCCATGGGGAGCT 1 62 1 TTGCCATGGGGAGCTGACGCTGCCGGGATCCGGTGCTGTT 1 87 1 GGTCAGCGAAGTCAAGGGCATCCCGTCAACAAACAACAGC 1 121 0 GACTTCGCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGG 1 148 1 CGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGC 1 170 0 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCG 1 191 0 GGCCAGGACAGTGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGC 1 212 1 AGCTGTGAGCGATCCGGGCTAGACTACCGCCGAAATATCC 1 256 1 TGCCTGGAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGAT 2 51 1 TCTGCGCGTCGTGGCGGTGCGGAGTTTCCCCGAATAGCTA 2 103 0 CAGACCGCGCACGGGTGGGGAGTCAGCGACAACA 3 4 0 CCCACCCGTGCGCGGTCTGATGTGGAGTTCGTGAGTCCTG 3 25 1 ACGTTCCCGTAGCGGCGGAAAGGCGATCGCTGAACATTGC 3 64 0 * ** ** * * ** * MAP Score: 5.33468 Motif 12 TTTCTAGGTGTTCCACTCGCGGACTGCCGGCCG 1 1 0 CCCAGCGTCGTGGCCATTGACACCACCTGGTCTAGTTTTTCT 1 38 0 GGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCCATGGGGAGCTGACGC 1 65 1 ACAACAGCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAA 1 87 0 GTTGTTTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACCGTGGT 1 124 1 TCCCGACCGGCCGGTTACGCGCACACCACGGTCAGCGAAGTC 1 148 0 CGCGCCATCCGTCGCCGCGTTCCCGACCGGCCGGTTACGCGC 1 168 0 CTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGCGTT 1 189 0 AGGCGTTGTTGGCGTGATGTCATCTCGATCACTGTCCTGGCC 1 212 0 GGTAGTCTAGCCCGGATCGCTCACAGCTGAAGGCGTTGTTGG 1 242 0 GACCTCCTCGTGTTCAACGCTGAACCCAGACCCTG 2 3 1 CTGGAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTAC 2 54 1 AGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAGA 2 101 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTCTGAT 3 4 1 CATTGCAGGACTCACGAACTCCACATCAGACCGCGCACGGGT 3 28 0 TTCCCGTAGCGGCGGAAAGGCGATCGCTGAACATTGCAGGAC 3 59 0 CGGGAACGTTGTCCAAAGTCCCGCACCGGAAGGTCGCCA 3 95 1 * ** * ** * * * * MAP Score: 5.02169 Motif 13 AGACCAGGTGGTGTCAATGGCCACGACGCTGGGATCGCCGTTGCC 1 47 1 GCACCGGATCCCGGCAGCGTCAGCTCCCCATGGCAACGGCGATCC 1 78 0 GTTTGTTGACGGGATGCCCTTGACTTCGCTGACCGTGGTGTGCGC 1 127 1 GCTGACCGTGGTGTGCGCGTAACCGGCCGGTCGGGAACGCGGCGA 1 154 1 TGTCATCTCGATCACTGTCCTGGCCACCGCGCCATCCGTCGCCGC 1 192 0 TGATCGAGATGACATCACGCCAACAACGCCTTCAGCTGTGAGCGA 1 223 1 CGCCATCACGATGCGATTCCAGGCAACGGTCCAGGGTCTGGGTTC 2 31 0 GAATCGCATCGTGATGGCGTAAGCTCCGGTAGATGTTACTGGACA 2 57 1 AGTAGCTATTCGGGGAAACTCCGCACCGCCACGACGCGCAGACGA 2 101 1 TGTTGTCGCTGACTCCCCACCCGTGCGCGGTCTGATGTG 3 4 1 GCAATGTTCAGCGATCGCCTTTCCGCCGCTACGGGAACGTTGTCC 3 64 1 * * ** * *** * * MAP Score: 3.95876