AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions001_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248336
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ndaD	206	PAB0090
#1	dppA-1	27	PAB0091
#2	PAB0102	106	PAB0102
#3	PAB2439	105	PAB2439
#4	PAB2147	166	PAB2147
#5	PAB1844	123	hypothetical protein
#6	PAB0537	300	PAB0537
#7	hisH-like	30	PAB0538
#8	PAB0539	67	hypothetical protein
#9	fdhA-like	49	PAB2442
#10	appA	138	PAB0627
#11	appB-2	38	PAB0628
#12	PAB1344	40	PAB1344
#13	PAB1343	185	PAB1343

Motif 1
         ACTTTTACTTTTTTGTAAAAA	0	1	1
TCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGT	0	43	1
AATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGC	0	75	1
GGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGAT	0	110	0
CACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAA	2	15	1
TAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCG	2	76	1
CTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAA	5	16	1
GTTAAGAACACTTTACATTTTAACTTAAAA	5	27	0
TTTAGCAATATTTTTATTTTAGCATTAATG	5	78	1
         TCTTCTCATTTCTTTTTTGGA	7	1	1
    CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAA	8	6	1
GCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC	9	29	1
TTTATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAAT	10	55	1
TTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAAT	10	83	0
ACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGAT	10	102	0
          TTTTTCTTTTCTTTTAATTT	11	0	1
TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG	11	10	1
CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG	12	12	1
ATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAA	13	36	1
ATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAAT	13	146	1
          **********
MAP Score: 27.3295

Motif 2
 TACTTAAGTCACCTCATTCCCTGATTATTAATTAA	0	181	0
   AGTTCTTCACCTCCAAAAATGGTGCGC      	1	4	0
          CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGA	3	0	1
TGGTTAAAAGTATTTCCATGCTTTTTGACCGAAATC	4	53	1
       CTTCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAA	5	3	1
   TTCTTACCACCTCTGTTTTGTATTGCATTAATG	5	100	0
TTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT         	6	1	0
TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCACT	6	235	0
    ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTCATATCAAGT	6	278	0
         TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTA	7	1	1
         CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAAC	8	1	1
     GACTCTACCTCCGACTGTTTTCATGAACTAT	10	5	1
     TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGG	11	5	1
          CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGT	12	0	1
CTTTAATGGGCTTCTCCTTAGCTGCTCATAATTTTC	13	60	1
   ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTCAAATT	13	162	0
          ******  *   ** *
MAP Score: 18.2235

Motif 3
   GCCTAAACCTCCAAAAAAGAAATGAGAA	7	12	0
      GCTCCCTCCAAAGAATTAAAATTAA	11	23	0
   CTCTTACCCTCCCTACAAAATTTAAAAA	12	22	0
AGGAATATATCCTCCCAGGGATGACCTTCTT	6	48	0
   GCTATCACCCCCAAAGAACTAAGAAGTA	3	87	0
 AGTTCTTCACCTCCAAAAATGGTGCGC   	1	7	0
  ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTCATATCA	6	281	0
TTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT      	6	4	0
    TTCAATCCCCCCAGTTAGCTTGACATT	4	6	1
CCCGTTAACGTCTCCCTAGAAACCTTTATCT	6	97	0
     CTTCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTT	5	5	1
          ******** **
MAP Score: 12.5371

Motif 4
ACCATTTTTGGAGGTGAAGAACT        	1	14	1
GAAAAGCTCGTAGGTGGTTAA          	2	0	0
AAAGAACTAAGAAGTAAATAAAACTCTAAAG	3	72	0
TTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC         	3	93	1
CAAGCTAACTGGGGGGATTGAA         	4	1	0
CCAATATCTCGAAGTGGTTAAAAGTATTTCC	4	39	1
ATACAAAACAGAGGTGGTAAGAA        	5	110	1
AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAATTCC	6	10	1
TAAAATTCCCGGGGTAAAGAAGGTCATCCCT	6	32	1
TGTTTTCCTCGTGGTTGACAAGAAGGATCGG	6	167	1
GAAGGATCGGGAGCGGGTGAAGAGGGAGATA	6	188	1
AGCGGGTGAAGAGGGAGATAGAGAAGCTAGC	6	199	1
AGCTAGCCCAGGAGTGGAAGAAATAAATCAA	6	223	1
CTTATAAATAGAGAGGGTTGATTATATTACG	10	114	1
AAATTTTGTAGGGAGGGTAAGAG        	12	27	1
TAAATCATAGGTGGGAGTTAAC         	13	1	0
AAATTATAATGAGGTGGACAAAT        	13	172	1
          ******** **
MAP Score: 7.63142

Motif 5
TACTTTCCAATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGGAC	0	31	1
AAATAAAAGACTTGGCATTATACATTTGTCCAAATG	0	58	0
TATATTAAATTTTCACACTAATTTTTGTTAATCAGG	0	138	0
AGTGGAAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACA	2	64	1
          CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGA	3	0	1
TTCAATGATACTTATGGATGATCTTTAGAGTTTTAT	3	50	1
       CTTCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAA	5	3	1
        TTCTTACCACCTCTGTTTTGTATTGCAT	5	105	0
AACCGTCGCTCTTAGCAACTAGCTTTAACCCCGTTA	6	121	0
TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCACT	6	235	0
         TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTA	7	1	1
         CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAAC	8	1	1
ATTGGTCAATTTTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTG	9	15	1
TGATTTATAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTG	10	70	0
     TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGG	11	5	1
          CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGT	12	0	1
          ***  *  * * ****
MAP Score: 6.56214

Motif 6
TGTAAAAATACTTTCCAATTTCATTGAAACTTTT	0	23	1
TCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGTATAA	0	43	1
AATTTAATATATTAGCAATTAATTAATAATCAGG	0	163	1
CACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAAAAGC	2	15	1
        CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGA	3	2	1
GTTTTATTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATA	3	79	1
TAGCTTGACATTTACCAATATCTCGAAGTGGTTA	4	25	1
       CTTCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTA	5	3	1
CACATTGGTGTTTAGCAATATTTTTATTTTAGCA	5	68	1
TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCA	6	237	0
         TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTT	7	1	1
         CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAA	8	1	1
TTTATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTGGA	10	55	1
          TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAAT	11	0	1
   CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGA	12	7	1
GTTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTTCTCC	13	43	1
          *** *** **  **
MAP Score: 1.34245