AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_fusions001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248353 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB0088 300 hypothetical protein #1 PAB0089 39 hypothetical protein #2 ndaD 206 PAB0090 #3 dppA-1 27 PAB0091 #4 PAB0102 106 PAB0102 #5 PAB2439 105 PAB2439 #6 PAB2227 288 PAB2227 #7 PAB3055 115 hypothetical protein #8 PAB2147 166 PAB2147 #9 PAB1844 123 hypothetical protein #10 PAB1842 82 PAB1842 #11 PAB0537 300 PAB0537 #12 hisH-like 30 PAB0538 #13 PAB0539 67 hypothetical protein #14 fdhA-like 49 PAB2442 #15 appA 138 PAB0627 #16 appB-2 38 PAB0628 #17 PAB1344 40 PAB1344 #18 PAB1343 185 PAB1343 Motif 1 TTTTGATTTTTCTTTTCATCATTTTG 0 6 1 TTTTCATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGG 0 22 1 ACATCACCTATTTATACTTTCCCAAATAAA 0 43 0 ACTTTTACTTTTTTGTAAAAA 2 1 1 TCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGT 2 43 1 AATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGC 2 75 1 GGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGAT 2 110 0 CACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAA 4 15 1 TAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCG 4 76 1 TATGCAAATTTTTATAAATTACCGACCTTA 7 37 0 CTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAA 9 16 1 TTTAGCAATATTTTTATTTTAGCATTAATG 9 78 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAA 13 6 1 GCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC 14 29 1 TTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAAT 15 83 0 ACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGAT 15 102 0 TTTTTCTTTTCTTTTAATTT 16 0 1 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG 16 10 1 CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG 17 12 1 ATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAA 18 36 1 ATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAAT 18 146 1 ********** MAP Score: 26.2227 Motif 2 GCGCACCATTTTTGGAGGTGAAGAACT 3 7 1 TACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 5 87 1 ACATATATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 6 270 1 GATGAACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 7 95 1 AACTTAAAAAATTTATGGAGAAGAAG 9 3 0 ACCTAATATTTTATAAGTAGAGGTTTACATAGT 10 37 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAA 11 4 1 AAGAAGGTCATCCCTGGGAGGATATATTCCTCA 11 48 1 AGATAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAACGGGGT 11 97 1 TGATATGACATTGAAGGGAGGTGCTTGAT 11 281 1 TTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 12 12 1 TTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC 16 23 1 TTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTAAGAG 17 22 1 ATTCTATAAATCATAGGTGGGAGTTAAC 18 5 0 TTGAACGAAATTATAATGAGGTGGACAAAT 18 165 1 ** ** ***** * MAP Score: 14.829 Motif 3 ATTTTGTAATTTTTTTATTTGGGAAAGTATAAATAGGT 0 30 1 ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAAT 2 4 1 TAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT 2 74 1 AAAATTGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTAT 2 96 1 TATTAATTAATTGCTAATATATTAAATTTTCACACTAA 2 153 0 CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGAAACACTTT 5 6 1 GTATTTAAGGTCGGTAATTTATAAAAATTTGCATAAGA 7 32 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAACGTGATATATT 13 9 1 TATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTT 15 38 1 TAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTT 15 61 0 CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG 17 4 1 ATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAAT 18 138 1 * ** *** *** * MAP Score: 11.586 Motif 4 AATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT 2 75 1 CACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTC 4 15 1 CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG 17 5 1 TAATCAGGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATC 2 109 0 CCTTTTGTTTTAAACTATTTTTGGCTA 10 0 1 GTTAAGAACACTTTACATTTTAACTTAAAAAATTTAT 9 20 0 TAAGATCGGCCCAAGACTTTTAAGCTAGTTGATGAAC 7 65 1 ATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT 18 140 1 ATAATCAACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGAT 15 102 0 CATAATATTACCGTTTGTTTTTACAAACGTAAAGGTT 6 162 1 AATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTT 15 61 0 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAG 16 10 1 GGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC 14 28 1 AAAAGTATTTCCATGCTTTTTGACCGAAATCAAGACT 8 58 1 AAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCG 4 69 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAAC 13 0 1 GACTCTACCTCCGACTGTTTTCATGAACTATAAACTA 15 10 1 TATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACTTCTTAGTT 5 62 1 TTTAATTATCCTTTAAGTTATTATCATATGCCCGGGG 6 32 1 TTTGGCTAACCTAATATTTTATAAGTAGAGGTTTACA 10 29 1 TTAACTCCCACCTATGATTTATAGAATAACATGTTCT 18 11 1 ** * **** * ** MAP Score: 11.5619 Motif 5 ACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGGAG 17 0 0 TAAACCTCCAAAAAAGAAATGAGAAGA 12 1 0 GTTTTCTAACAAAAATAAAAGCAAAGG 13 1 0 CCAAAGAATTAAAATTAAAAGAAAAGAAAAA 16 5 0 TGTTAACTTAAAAAAGTTCTGTTAAGCGTTTCCACT 4 64 0 TTTAACTTAAAAAATTTATGGAGAAGAAG 9 3 0 TAACGGGGTTAAAGCTAGTTGCTAAGAGCGACGGTT 11 121 1 GATTTGAGATAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAACGG 11 91 1 TTACAAACGTAAAGGTTACTATCGAGAAATGCCGAA 6 182 1 CCTGATTAACAAAAATTAGTGTGAAAATTTAATATA 2 138 1 AAAAAATTACAAAATGATGAAAAGAAAAATCAAAA 0 9 0 AAATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAACTTG 11 247 1 TGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGAAAGT 2 32 0 TCAATGCCTGAAAACGTTCAACCGAACATATATGTT 6 245 1 ATGCAATACAAAACAGAGGTGGTAAGAA 9 105 1 TTCGGTTTGGAAAAATATAGAGAAAAG 5 1 0 AATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGTTGATT 15 101 1 TCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTAAGAG 17 16 1 AAGCTTCATCTAAACGATAAGTGGAAACGCTTAACA 4 45 1 CCAAGACTTTTAAGCTAGTTGATGAACCATACTTAA 7 75 1 ATGAAGCTTTTAAAGGTCAAAATGAAAAGCTCGTAG 4 18 0 **** ** * *** MAP Score: 11.2111 Motif 6 CATCACCTATTTATACTTTCCCAAATAAAAAA 0 40 0 CAGGAGAATATTTACTGCTCCCTT 1 2 0 AGTTCTTCACCTCCAAAAATGGTG 3 13 0 TTAACCACCTACGAGCTTTTCA 4 0 1 AAAAGTTCTGTTAAGCGTTTCCACTTATCGTT 4 57 0 GCTATCACCCCCAAAGAACTAA 5 93 0 ACCTGGGCGGGTTATTACCCCCGCACCTATTC 6 95 1 TTCTACCCCTCCGAATGAACATA 6 275 0 ATTACCGACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTG 7 18 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGG 7 101 0 TTCAATCCCCCCAGTTAGCTTG 8 0 1 GGAAATACTTTTAACCACTTCGAGATATTGGT 8 38 0 GGGAATTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 11 10 0 TTTAACCCCGTTAACGTCTCCCTAGAAACCTT 11 102 0 GGCTAGCTTCTCTATCTCCCTCTTCACCCGCT 11 199 0 TTTTCCTTGATTTATTTCTTCCACTCCTGGGC 11 228 0 ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTC 11 287 0 GTTAACTCCCACCTATGATTTA 18 0 1 **** * ***** MAP Score: 5.91565 Motif 7 AACAAGGAGGTACAGCTGGGCGGCAAAGATAAGCG 0 173 1 CAAAATGAAAAGCTCGTAGGTGGTTAA 4 2 0 TTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 5 85 1 TTCATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGGC 6 61 0 GCGGAGTCGATGAACCTGGGCGGGTTATTACCCCC 6 82 1 GCTCTCACCACATACAAAGGGGGTATTTAAGGTCG 7 10 1 CACATGGTTTAACACATTGGTGTTTAGCAATATTT 9 56 1 AATGCAATACAAAACAGAGGTGGTAAGAA 9 104 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAA 11 2 1 TAAAGAAGGTCATCCCTGGGAGGATATATTCCTCA 11 46 1 TAGTTCATGAAAACAGTCGGAGGTAGAGTC 15 5 0 TTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC 16 21 1 GTTATTCTATAAATCATAGGTGGGAGTTAAC 18 6 0 ** ** * ** ** * MAP Score: 5.13572 Motif 8 GCGGCGCTTATCTTTGCCGCCCAGCTGTACC 0 181 0 AGTTCTTCACCTCCAAAAATGGTG 3 13 0 GCTATCACCCCCAAAGAACTAAG 5 92 0 TTCTACCCCTCCGAATGAACAT 6 276 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGG 7 101 0 TTCAATCCCCCCAGTTAGCTTG 8 1 1 GTTGCGGATATCTTTCTCTCAAATGTTCATC 8 100 1 TCTATCTCCCTCTTCACCCGCTCCCGATCCT 11 190 0 TTGATTTATTTCTTCCACTCCTGGGCTAGCT 11 223 0 GCCTAAACCTCCAAAAAAGAAA 12 18 0 GACTCTACCTCCGACTGTTTTC 15 1 1 CTCTTACCCTCCCTACAAAATT 17 28 0 *** ******* MAP Score: 4.06223 Motif 9 CCTCAGAAATAAAATAATATAACATCACCTATTT 0 60 0 AATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGT 2 39 1 ATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACTTGGC 2 78 0 ATAATTTTTAAATTTATTAAAGATCTGACGCCAA 2 100 0 AATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAATTAA 2 151 1 CGTTTAGATGAAGCTTTTAAAGGTCAAAATGAAA 4 27 0 CGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCG 4 72 1 TCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAATGATA 5 26 1 TTTTCAGGCTAAAATTATTTAATTATCCTTTAAG 6 15 1 TAAGGTCGGTAATTTATAAAAATTTGCATAAGAT 7 37 1 AGATCGGCCCAAGACTTTTAAGCTAGTTGATGAA 7 67 1 AAAGCATGGAAATACTTTTAACCACTTCGAGATA 8 43 0 ATGTTCATCTAAACCATTAAATATTTATAGTATC 8 122 1 TCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAA 9 12 1 TGGCTAACCTAATATTTTATAAGTAGAGGTTTAC 10 31 1 AAATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAACT 11 247 1 TTTTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACT 14 24 1 AAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAATTAGT 15 43 0 AAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTGGAGACTAA 15 61 1 AAATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGTTG 15 100 1 CCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGGAG 17 9 0 ATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAATTTAT 18 142 0 ** ******* * MAP Score: 3.00913 Motif 10 CATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGGGAAAGTAT 0 26 1 TCAGGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATC 2 109 0 CGTTTAGATGAAGCTTTTAAAGGTCAAAATGAAA 4 27 0 CGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCG 4 72 1 TACTTATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACTT 5 58 1 TTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 5 85 1 GTTATCGAATAATTCTTTACATTGATGATCATAA 6 133 1 TCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAA 9 12 1 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 12 10 1 TAGGTGTTGCTAATCTTTTAGGGTGCTGACG 13 46 1 TTTTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACT 14 24 1 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG 16 6 1 TTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC 16 21 1 CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG 17 8 1 * ***** **** MAP Score: 2.76654 Motif 11 TCCAGCATTTTCTTTCTGGTTAACAAGGAGGTA 0 152 1 TAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGT 2 74 1 TTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCGAT 4 75 1 TCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAAGT 9 15 1 TGTTTAGCAATATTTTTATTTTAGCATTAATGC 9 76 1 TGTTTTAAACTATTTTTGGCTAACCTAATATTT 10 15 1 AAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC 14 33 1 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCT 16 4 1 TAGCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATT 18 78 1 * **** ***** MAP Score: 0.519332 Motif 12 CAGCATTTTCTTTCTGGTTAACAAGGAGGTACA 0 154 1 ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAA 2 8 1 TGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAG 2 77 1 TGATTATTAATTAATTGCTAATATATTAAATTT 2 162 0 GATGAAGCTTTTAAAGGTCAAAATGAAAAGCTC 4 22 0 AACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCGATGT 4 77 1 TTTTATTTTCAGGCTAAAATTATTTAATT 6 6 1 TTGAGTCTTGATTTCGGTCAAAAAGCATGGAAA 8 65 0 CTATAAATATTTAATGGTTTAGATGAACATTTG 8 119 0 TCCATAAATTTTTTAAGTTAAAATGTAAAGTGT 9 17 1 AATATAAAGATTTTTGGCCAAAATTGACCAATT 14 14 0 TATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTC 15 38 1 *** ****** * MAP Score: 0.322037