AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248372
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	sucC-like	166	PAB0203
#1	PAB2112	133	PAB2112
#2	PAB1937	93	hypothetical protein
#3	PAB1936	49	PAB1936
#4	ftsZ-2	300	PAB0851
#5	soj	48	PAB0852
#6	PAB0854	99	hypothetical protein
#7	PAB1431	51	hypothetical protein

Motif 1
CTTCCCCAGAATTTAATTCATGGCCTAGATTCTCTTGT	4	132	1
TCGATACTATAAATATTTAATGGTTTAGATGAACATTT	0	28	1
AAAAGTATTTAACTAATTAAAGGCTAGGCTTAGAATAG	4	37	1
ATCGCTTAGGAAGCATTTACTGGTGAAGCAA       	6	78	1
TTAATTAGTTAAATACTTTTTGGCCTAAATTATTTTTG	4	19	0
TAAAAACGCTATCTAGGTGGAGGTGATGGC        	7	31	1
TTCCTTTCCCACTTCTTTTTAGGTGATGAA        	5	28	1
ATCACCTCTAATTTAATTTTCAGTTTTGAATTCCCGGG	1	101	0
      AACGAGGTACTTTTGGGCTCGATACTATAAAT	0	4	1
AAATACTTTTAACCACTTCGAGATATTGGTAAATGTCA	0	118	1
 CGAATGTCGAAGTCATTATCGACAAAAAAAGACGGGA	2	9	1
          *  ** **   *** * *
MAP Score: 7.39648

Motif 2
GAGGTACTTTTGGGCTCGATACTATAAATA	0	13	1
AAATATTTAATGGTTTAGATGAACATTTGA	0	38	1
CCTCCCAAATTCGCTTCAATTTTTGATTTT	2	66	0
AAATACTTTTTGGCCTAAATTATTTTTGTG	4	17	0
GTTGTAGGAATGGCCAAGATGAAAATAATA	4	93	1
ATTTAATTCATGGCCTAGATTCTCTTGTTA	4	142	1
GCTACTCTGATGGCTTCGCTTCTATTCGGA	4	185	0
          **********
MAP Score: 6.66919

Motif 3
ATTTCGGTCAAAAAGCATGGAAATACTTTTAA	0	98	1
CAATATCTCGAAGTGGTTAAAAGTATTTCCAT	0	114	0
CAAGCTAACTGGGGGGATTGAA          	0	154	1
TCAAACGGACAAAAGGTTTTAAATTAACTCCA	1	23	0
TTATGAAAAGGAGATCATCAAACGGACAAAAG	1	40	0
AAAAAGACGGGAAAGGTTATAACATTTGTCGA	2	35	1
AGCGAATTTGGGAGGGATAGAA          	2	81	1
ATTTCACTAAAGGGTGTTGTAGGAATGGCCAA	4	78	1
GTAGCCATAAGAGAGCTTCTAAAGAAGGAGCT	4	210	1
GATAAATTTTGGGGGGAGTGAAAG        	4	286	1
ATGTATCTTTGAGAGGATCAAGGTCTAAGAAA	6	37	1
CAAGGTCTAAGAAATCTTATAAGATCGCTTAG	6	55	1
CTATACCCTGAGGATGTTAAAAACGCTATCTA	7	14	1
          ********  **
MAP Score: 5.2422

Motif 4
       AACGAGGTACTTTTGGGCTCGATACTA	0	3	1
TAATGGTTTAGATGAACATTTGAGAGAAAGATAT	0	45	1
TAAAACTTTTAAGTAAGACTAGCGAAAATATTCC	1	69	1
TCAAAACTGAAAATTAAATTAGAGGTGATACTC 	1	110	1
TTTTTGGCCTAAATTATTTTTGTGATAATAT   	4	7	0
CTAGGCCATGAATTAAATTCTGGGGAAGTTGGAC	4	126	0
ATACGTTGTTAGATAAATTTTGGGGGGAGTGAAA	4	275	1
TGATGTTCAAGAAATAAATTAGTGAAA       	6	3	0
CTTGAACATCAATGTATCTTTGAGAGGATCAAGG	6	26	1
          ** ***  **** *
MAP Score: 4.1019

Motif 5
AATATTTAATGGTTTAGATGAACATTTGAG	0	39	1
TCTTGATTTCGGTCAAAAAGCATGGAAATA	0	93	1
AAATAATTTAGGCCAAAAAGTATTTAACTA	4	22	1
TTAAAGGCTAGGCTTAGAATAGGGAATTTC	4	53	1
TTGTAGGAATGGCCAAGATGAAAATAATAA	4	94	1
TTTAATTCATGGCCTAGATTCTCTTGTTAA	4	143	1
          **********
MAP Score: 4.06026

Motif 6
AATGGTTTAGATGAACATTTGAGAGAAAGATATCCG	0	46	1
TGGTAAATGTCAAGCTAACTGGGGGGATTGAA    	0	144	1
TCAAAAATTGAAGCGAATTTGGGAGGGATAGAA   	2	70	1
GAAATATAAAAACCTTATTTGAGAAGTCGAG     	3	28	1
TATTATCACAAAAATAATTTAGGCCAAAAAGTATTT	4	11	1
GACGCTTATTATTTTCATCTTGGCCATTCCTACAAC	4	93	0
TAGGCCATGAATTAAATTCTGGGGAAGTTGGACGCT	4	123	0
CTCTTTTAACAAGAGAATCTAGGCCATGAATTAAAT	4	142	0
ATACGTTGTTAGATAAATTTTGGGGGGAGTGAAAG 	4	275	1
TTCCTTTCCCACTTCTTTTTAGGTGATGAA      	5	28	1
TTGAACATCAATGTATCTTTGAGAGGATCAAGGTCT	6	27	1
GGATGTTAAAAACGCTATCTAGGTGGAGGTGATGGC	7	25	1
          *     ******* **
MAP Score: 3.89912

Motif 7
GTACTTTTGGGCTCGATACTATAAATATTTAA	0	16	1
CCTTTTGTCCGTTTGATGATCTCCTTTTCATA	1	39	1
TTTTATATTTCATCGATGTTCTTTAGCTG   	3	7	0
TAATTCATGGCCTAGATTCTCTTGTTAAAAGA	4	145	1
ACTCTGATGGCTTCGCTTCTATTCGGATAAAT	4	180	0
GAAGCTCTCTTATGGCTACTCTGATGGCTTCG	4	197	0
GGGATTTCTTCCTGGATTTCCTCCTTGTATAG	4	240	0
CTCAAAGATACATTGATGTTCAAGAAATAAAT	6	18	0
ATTTCTTAGACCTTGATCCTCTCAAAGATACA	6	38	0
          *** *** ****
MAP Score: 3.46113