AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248405
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2043	72	PAB2043
#1	PAB2042	35	hypothetical protein
#2	PAB2041	55	hypothetical protein
#3	PAB2040	69	PAB2040
#4	PAB2039	124	hypothetical protein
#5	PAB0547	300	hypothetical protein

Motif 1
TTAAACAATAAACCCTTTAAACTACAACTT	3	23	1
    TTTCAAAACCTTTATATACTTCTCCT	2	6	1
TACCGGTCCAAACTCTTAAATTTGAAGTTA	0	22	1
TCATCTTCACAACTTTTAAAGTTAATCGAG	4	77	0
         GAACCTTTTTATTCCCTCCCT	1	1	1
ATGTTAAAATAAACCTTAAAAATCGGTCAA	5	267	1
AAACAAGGTAAAGTTTTTAATTCATGCATT	5	25	0
          **********
MAP Score: 6.63497

Motif 2
       GGTGGCCAGATATACCGGTCCAAACTCTTAAA	0	3	1
AATGCGGAAATTATAAAGAATCTAGAAAAGGAGAAGTAT	2	25	0
TCTTCTTTTTTAAACAATAAACCCTTTAAACTACAACTT	3	14	1
CAATCACCATGAACAAATATGCCCTGAAATATTTAAGCC	4	12	1
TTCACAACTTTTAAAGTTAATCGAGAGAACTTGAAGCTT	4	63	0
TACTTCACAATATTACATAAACAAGGTAAAGTTTTTAAT	5	34	0
AGTCATGCAAGTCTAAATATCCAGTCTTATCATTCAGAG	5	114	0
TAAGGTTTATTTTAACATATACATGCAAAATAATGGATA	5	246	0
GCATGTATATGTTAAAATAAACCTTAAAAATCGGTCAAT	5	259	1
          *   * **** *  *  **
MAP Score: 3.26351

Motif 3
CCAGATATACCGGTCCAAACTCTTAAATTTGAAGTTAGATTTT	0	15	1
CCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTATAATTTCCGC	2	18	1
ATCACCATGAACAAATATGCCCTGAAATATTTAAGCCATTTTA	4	14	1
TCGCCTAACTCAATTCATCTTCACAACTTTTAAAGTTAATCGA	4	78	0
TGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTGTGAA	5	27	1
TTTAGACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATATGTT	5	136	1
GAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGTAAGGAAATTTAAACC	5	195	1
ATTTAAACCCAACACCCTATCCATTATTTTGCATGTATATGTT	5	229	1
          *    * *  **   * * ** *
MAP Score: 3.16221

Motif 4
CTGAAATATTTAAGCCATTTTATGAAAGAAGCTTCA	4	35	1
TTACCTTGTTTATGTAATATTGTGAAGTAGATCTTT	5	44	1
TCTTTAGTAGTATGTCAGTTTGTGGCTCTCTGCTGA	5	75	1
TTTGGAGTTATATGTTAGATTAAGGCTCCGAGGAGA	5	163	1
TTTCCCAAAGTAAGGAAATTTAAACCCAACACCCTA	5	212	1
TTTGCATGTATATGTTAAAATAAACCTTAAAAATCG	5	256	1
       TTCTATGTAAAAATTGACCGATTTTTAAG	5	281	0
          ****  * ***  * *
MAP Score: 2.98249

Motif 5
   GAACCTTTTTATTCCCTCCCTCACTCTCTTTTATC         	1	7	1
ATAAAATGGCTTAAATATTTCAGGGCATATTTGTTCATGGTGATTGC	4	11	0
AGCCATTTTATGAAAGAAGCTTCAAGTTCTCTCGATTAACTTTAAAA	4	47	1
CTCGATTAACTTTAAAAGTTGTGAAGATGAATTGAGTTAGGCGAGCC	4	77	1
AATGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTGTGAAGT	5	25	1
CTGAATTCTCTGAATGATAAGACTGGATATTTAGACTTGCATGACTT	5	107	1
TATTTAGACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATATGTTAG	5	134	1
AACATATACATGCAAAATAATGGATAGGGTGTTGGGTTTAAATTTCC	5	225	0
     TTCTATGTAAAAATTGACCGATTTTTAAGGTTTATTTTAACA	5	268	0
          ** *  *     *    * * * *  *
MAP Score: 1.46571